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PMS6MC：一种用于基序发现的多核算法。

PMS6MC: A Multicore Algorithm for Motif Discovery.

作者信息

Bandyopadhyay Shibdas, Sahni Sartaj, Rajasekaran Sanguthevar

机构信息

VMware Inc, Palo Alto,CA 94304,

Department of CISE, University of Florida, Gainesville, FL 32611,

出版信息

Algorithms. 2013 Nov 18;6(4):805-823. doi: 10.3390/a6040805.

DOI:10.3390/a6040805
PMID:25309700
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4193679/
Abstract

We develop an efficient multicore algorithm, PMS6MC, for the ()-motif discovery problem in which we are to find all strings of length that appear in every string of a given set of strings with at most mismatches. PMS6MC is based on PMS6, which is currently the fastest single-core algorithm for motif discovery in large instances. The speedup, relative to PMS6, attained by our multicore algorithm ranges from a high of 6.62 for the (17,6) challenging instances to a low of 2.75 for the (13,4) challenging instances on an Intel 6-core system. We estimate that PMS6MC is 2 to 4 times faster than other parallel algorithms for motif search on large instances.

摘要

我们开发了一种高效的多核算法PMS6MC，用于解决（）-基序发现问题，即在给定的一组字符串中，找到所有长度为 且最多有 个错配的字符串，这些字符串出现在该组的每个字符串中。PMS6MC基于PMS6，PMS6是目前在大型实例中进行基序发现的最快单核算法。在英特尔6核系统上，我们的多核算法相对于PMS6的加速比范围从（17,6）具有挑战性的实例的6.62到（13,4）具有挑战性的实例的2.75。我们估计，在大型实例上，PMS6MC比其他用于基序搜索的并行算法快2到4倍。