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生物动力学标记语言（BDML）：一种用于表示定量生物动力学数据的开放格式。

Biological Dynamics Markup Language (BDML): an open format for representing quantitative biological dynamics data.

作者信息

Kyoda Koji, Tohsato Yukako, Ho Kenneth H L, Onami Shuichi

机构信息

Laboratory for Developmental Dynamics, RIKEN Quantitative Biology Center, Kobe 650-0047, Japan and.

Laboratory for Developmental Dynamics, RIKEN Quantitative Biology Center, Kobe 650-0047, Japan and National Bioscience Database Center, Japan Science and Technology Agency, Tokyo 102-0081, Japan.

出版信息

Bioinformatics. 2015 Apr 1;31(7):1044-52. doi: 10.1093/bioinformatics/btu767. Epub 2014 Nov 19.

DOI:10.1093/bioinformatics/btu767
PMID:25414366
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4382901/
Abstract

MOTIVATION

Recent progress in live-cell imaging and modeling techniques has resulted in generation of a large amount of quantitative data (from experimental measurements and computer simulations) on spatiotemporal dynamics of biological objects such as molecules, cells and organisms. Although many research groups have independently dedicated their efforts to developing software tools for visualizing and analyzing these data, these tools are often not compatible with each other because of different data formats.

RESULTS

We developed an open unified format, Biological Dynamics Markup Language (BDML; current version: 0.2), which provides a basic framework for representing quantitative biological dynamics data for objects ranging from molecules to cells to organisms. BDML is based on Extensible Markup Language (XML). Its advantages are machine and human readability and extensibility. BDML will improve the efficiency of development and evaluation of software tools for data visualization and analysis.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

A specification and a schema file for BDML are freely available online at http://ssbd.qbic.riken.jp/bdml/.

SUPPLEMENTARY INFORMATION

Supplementary data are available at Bioinformatics online.

摘要

动机

活细胞成像和建模技术的最新进展已产生了大量关于生物对象（如分子、细胞和生物体）时空动态的定量数据（来自实验测量和计算机模拟）。尽管许多研究小组已独立致力于开发用于可视化和分析这些数据的软件工具，但由于数据格式不同，这些工具往往互不兼容。

结果

我们开发了一种开放的统一格式——生物动力学标记语言（BDML；当前版本：0.2），它为表示从分子到细胞再到生物体等对象的定量生物动力学数据提供了一个基本框架。BDML基于可扩展标记语言（XML）。其优点是机器可读性和人类可读性以及可扩展性。BDML将提高用于数据可视化和分析的软件工具的开发和评估效率。

可用性与实现

BDML的规范和模式文件可在http://ssbd.qbic.riken.jp/bdml/上免费在线获取。

补充信息

补充数据可在《生物信息学》在线版获取。

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