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SSBD：生物现象时空动态定量数据数据库。

SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena.

作者信息

Tohsato Yukako, Ho Kenneth H L, Kyoda Koji, Onami Shuichi

机构信息

Laboratory for Developmental Dynamics, RIKEN Quantitative Biology Center, Kobe 650-0047, Japan.

出版信息

Bioinformatics. 2016 Nov 15;32(22):3471-3479. doi: 10.1093/bioinformatics/btw417. Epub 2016 Jul 13.

DOI:10.1093/bioinformatics/btw417
PMID:27412095
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5181557/
Abstract

MOTIVATION

Rapid advances in live-cell imaging analysis and mathematical modeling have produced a large amount of quantitative data on spatiotemporal dynamics of biological objects ranging from molecules to organisms. There is now a crucial need to bring these large amounts of quantitative biological dynamics data together centrally in a coherent and systematic manner. This will facilitate the reuse of this data for further analysis.

RESULTS

We have developed the Systems Science of Biological Dynamics database (SSBD) to store and share quantitative biological dynamics data. SSBD currently provides 311 sets of quantitative data for single molecules, nuclei and whole organisms in a wide variety of model organisms from Escherichia coli to Mus musculus The data are provided in Biological Dynamics Markup Language format and also through a REST API. In addition, SSBD provides 188 sets of time-lapse microscopy images from which the quantitative data were obtained and software tools for data visualization and analysis.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

SSBD is accessible at http://ssbd.qbic.riken.jp CONTACT: sonami@riken.jp.

摘要

动机

活细胞成像分析和数学建模的快速发展产生了大量关于从分子到生物体等生物对象时空动态的定量数据。现在迫切需要以连贯和系统的方式将这些大量的定量生物动力学数据集中整合起来。这将便于重新利用这些数据进行进一步分析。

结果

我们开发了生物动力学系统科学数据库（SSBD）来存储和共享定量生物动力学数据。SSBD目前提供了311组来自大肠杆菌到小家鼠等多种模式生物中关于单分子、细胞核和整个生物体的定量数据。这些数据以生物动力学标记语言格式提供，也可通过REST API获取。此外，SSBD提供了188组从中获取定量数据的延时显微镜图像以及用于数据可视化和分析的软件工具。

可用性与实施

可通过http://ssbd.qbic.riken.jp访问SSBD。联系方式：sonami@riken.jp。

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