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iPathCase（KEGG）：一个用于 KEGG 代谢途径的 iPad 界面。

iPathCase(KEGG): An iPad interface for KEGG metabolic pathways.

机构信息

Electrical Engineering and Computer Science Department, Case Western Reserve University, Cleveland, OH USA.

出版信息

Health Inf Sci Syst. 2013 Jan 10;1:4. doi: 10.1186/2047-2501-1-4. eCollection 2013.

DOI:10.1186/2047-2501-1-4
PMID:25825656
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4336120/
Abstract

BACKGROUND

Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) is an online and integrated molecular database for several organisms. KEGG has been a highly useful site, helping domain scientists understand, research, study, and teach metabolisms by linking sequenced genomes to higher level systematic functions. KEGG databases are accessible through the web pages of the system, but the capabilities of the web interface are limited. Third party systems have been built over the KEGG data to provide extensive functionalities. However, there have been no attempts towards providing a tablet interface for KEGG data. Recognizing the rise of mobile technologies and the importance of tablets in education, this paper presents the design and implementation of iPathCase(KEGG), an iPad interface for KEGG data, which is empowered with multiple browsing and visualization capabilities.

RESULTS

iPathCase(KEGG) has been implemented and is available, free of charge, in the Apple App Store (locatable by searching for "Pathcase" in the app store). The application provides browsing and interactive visualization functionalities on the KEGG data. Users can pick pathways, visualize them, and see detail pages of reactions and molecules using the multi-touch interface of iPad.

CONCLUSIONS

iPathCase(KEGG) provides a mobile interface to access KEGG data. Interactive visualization and browsing functionalities let users to interact with the data in multiple ways. As the importance of tablets and their usage in research education continue to rise, we think iPathCase(KEGG) will be a useful tool for life science instructors and researchers.

摘要

背景

京都基因与基因组百科全书（KEGG）是一个在线的、综合性的分子数据库，涵盖了多个生物体。KEGG 一直是一个非常有用的网站，通过将测序基因组与更高水平的系统功能联系起来，帮助领域科学家理解、研究、学习和教授代谢。KEGG 数据库可通过系统网页访问，但网页界面的功能有限。已经有第三方系统在 KEGG 数据之上构建，以提供广泛的功能。然而，还没有人尝试为 KEGG 数据提供平板电脑界面。认识到移动技术的兴起和平板电脑在教育中的重要性，本文提出了 iPathCase（KEGG）的设计和实现，这是一个针对 KEGG 数据的 iPad 接口，具有多种浏览和可视化功能。

结果

iPathCase（KEGG）已经实现并可在 Apple App Store 中免费获得（在应用商店中搜索“Pathcase”即可找到）。该应用程序提供了对 KEGG 数据的浏览和交互式可视化功能。用户可以选择途径，通过多点触摸界面的 iPad 对其进行可视化，并查看反应和分子的详细页面。

结论

iPathCase（KEGG）提供了一种访问 KEGG 数据的移动接口。交互式可视化和浏览功能允许用户以多种方式与数据进行交互。随着平板电脑的重要性及其在研究教育中的使用不断增加，我们认为 iPathCase（KEGG）将成为生命科学教师和研究人员的有用工具。

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