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使用PIMMS（实用插入突变定位系统）进行转座子插入定位

Transposon insertion mapping with PIMMS - Pragmatic Insertional Mutation Mapping System.

作者信息

Blanchard Adam M, Leigh James A, Egan Sharon A, Emes Richard D

机构信息

School of Veterinary Medicine and Science, University of Nottingham Loughborough, UK.

出版信息

Front Genet. 2015 Apr 9;6:139. doi: 10.3389/fgene.2015.00139. eCollection 2015.

DOI:10.3389/fgene.2015.00139
PMID:25914720
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4391243/
Abstract

UNLABELLED

The PIMMS (Pragmatic Insertional Mutation Mapping System) pipeline has been developed for simple conditionally essential genome discovery experiments in bacteria. Capable of using raw sequence data files alongside a FASTA sequence of the reference genome and GFF file, PIMMS will generate a tabulated output of each coding sequence with corresponding mapped insertions accompanied with normalized results enabling streamlined analysis. This allows for a quick assay of the genome to identify conditionally essential genes on a standard desktop computer prioritizing results for further investigation.

AVAILABILITY

The PIMMS script, manual and accompanying test data is freely available at https://github.com/ADAC-UoN/PIMMS.

摘要

未标记

PIMMS（实用插入突变映射系统）流程已开发用于细菌中简单的条件必需基因组发现实验。PIMMS能够使用原始序列数据文件以及参考基因组的FASTA序列和GFF文件，将生成每个编码序列的表格输出，以及相应的映射插入，并伴有归一化结果，从而实现简化分析。这使得能够在标准台式计算机上快速检测基因组，以识别条件必需基因，并对结果进行优先级排序以供进一步研究。

可用性

PIMMS脚本、手册及随附的测试数据可在https://github.com/ADAC-UoN/PIMMS上免费获取。

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