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EcoCyc数据库:反映有关大肠杆菌K-12的新知识。

The EcoCyc database: reflecting new knowledge about Escherichia coli K-12.

作者信息

Keseler Ingrid M, Mackie Amanda, Santos-Zavaleta Alberto, Billington Richard, Bonavides-Martínez César, Caspi Ron, Fulcher Carol, Gama-Castro Socorro, Kothari Anamika, Krummenacker Markus, Latendresse Mario, Muñiz-Rascado Luis, Ong Quang, Paley Suzanne, Peralta-Gil Martin, Subhraveti Pallavi, Velázquez-Ramírez David A, Weaver Daniel, Collado-Vides Julio, Paulsen Ian, Karp Peter D

机构信息

SRI International, 333 Ravenswood Ave., Menlo Park, CA 94025, USA.

Department of Chemistry and Biomolecular Sciences, Macquarie University, Sydney, NSW, Australia.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D543-D550. doi: 10.1093/nar/gkw1003. Epub 2016 Nov 28.

DOI:10.1093/nar/gkw1003
PMID:27899573
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5210515/
Abstract

EcoCyc (EcoCyc.org) is a freely accessible, comprehensive database that collects and summarizes experimental data for Escherichia coli K-12, the best-studied bacterial model organism. New experimental discoveries about gene products, their function and regulation, new metabolic pathways, enzymes and cofactors are regularly added to EcoCyc. New SmartTable tools allow users to browse collections of related EcoCyc content. SmartTables can also serve as repositories for user- or curator-generated lists. EcoCyc now supports running and modifying E. coli metabolic models directly on the EcoCyc website.

摘要

EcoCyc(EcoCyc.org)是一个免费访问的综合性数据库,它收集并汇总了针对经过深入研究的细菌模式生物——大肠杆菌K-12的实验数据。有关基因产物、其功能与调控、新代谢途径、酶和辅因子的新实验发现会定期添加到EcoCyc中。新的智能表格工具允许用户浏览相关EcoCyc内容的集合。智能表格还可以作为用户或管理员生成列表的存储库。EcoCyc现在支持直接在EcoCyc网站上运行和修改大肠杆菌代谢模型。

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