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LTR分类器：一个用于快速对植物中结构LTR逆转座子进行分类的网站。

LTRclassifier: A website for fast structural LTR retrotransposons classification in plants.

作者信息

Monat Cecile, Tando Ndomassi, Tranchant-Dubreuil Christine, Sabot Francois

机构信息

UMR DIADE IRD/UM, IRD , Montpellier Cedex 5 , France.

出版信息

Mob Genet Elements. 2016 Sep 26;6(6):e1241050. doi: 10.1080/2159256X.2016.1241050. eCollection 2016.

DOI:10.1080/2159256X.2016.1241050
PMID:28090381
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5173273/
Abstract

Automatic classification of LTR retrotransposons is a big challenge in the area of massive genomics. Many tools were developed to detect them but automatic classification is somehow challenging. Here we propose a simple approach, , based on recognition followed by analyses () to classify plant LTR retrotransposons in their respective superfamily, and () to provide automatically a basic functional annotation of these elements. The method was tested on various TE databases, and shown to be robust and fast. This tool is available as a web service implemented at IRD bioinformatics facility, http://LTRclassifier.ird.fr/.

摘要

长末端重复序列（LTR）逆转录转座子的自动分类是大规模基因组学领域的一项重大挑战。人们开发了许多工具来检测它们，但自动分类在某种程度上具有挑战性。在此，我们提出一种简单的方法，该方法基于识别，随后进行分析，以将植物LTR逆转录转座子分类到它们各自的超家族中，并自动提供这些元件的基本功能注释。该方法在各种转座元件（TE）数据库上进行了测试，结果表明它既稳健又快速。此工具作为一项网络服务，在法国国家农业研究院（IRD）生物信息学设施网站http://LTRclassifier.ird.fr/ 上提供。