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ProFunc功能预测服务器。

The ProFunc Function Prediction Server.

作者信息

Laskowski Roman A

机构信息

European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK.

出版信息

Methods Mol Biol. 2017;1611:75-95. doi: 10.1007/978-1-4939-7015-5_7.

DOI:10.1007/978-1-4939-7015-5_7
PMID:28451973
Abstract

The ProFunc web server is a tool for helping identify the function of a given protein whose 3D coordinates have been experimentally determined or homology modeled. It uses a cocktail of both sequence- and structure-based methods to identify matches to other proteins that may, in turn, suggest the query protein's most likely function. The server was originally developed to aid the worldwide structural genomics effort at the start of the millennium. It accepts a file containing the protein's 3D coordinates in PDB format, and, when processing is complete, sends an email containing a link to the password-protected result pages. The results include an at-a-glance summary, as well as separate pages containing more detailed analyses. The server can be found at: http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/profunc .

摘要

ProFunc网络服务器是一种用于帮助识别给定蛋白质功能的工具,该蛋白质的三维坐标已通过实验确定或通过同源建模获得。它使用一系列基于序列和结构的方法来识别与其他蛋白质的匹配项,这些匹配项进而可能提示查询蛋白质最可能的功能。该服务器最初是在千禧年初为协助全球结构基因组学工作而开发的。它接受一个包含以PDB格式存储的蛋白质三维坐标的文件,处理完成后,会发送一封包含指向受密码保护的结果页面链接的电子邮件。结果包括一目了然的摘要以及包含更详细分析的单独页面。该服务器的网址为:http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/profunc 。

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