• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

寡核苷酸靶向共价 3′末端衍生化小 RNA 链用于富集和可视化。

Oligonucleotide-Addressed Covalent 3'-Terminal Derivatization of Small RNA Strands for Enrichment and Visualization.

机构信息

Institute of Biotechnology, Vilnius University, 10257, Vilnius, Lithuania.

Faculty of Chemistry and Geosciences, Vilnius University, 03225, Vilnius, Lithuania.

出版信息

Angew Chem Int Ed Engl. 2017 Jun 1;56(23):6507-6510. doi: 10.1002/anie.201701448. Epub 2017 May 4.

DOI:10.1002/anie.201701448
PMID:28471013
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5554592/
Abstract

The HEN1 RNA 2'-O-methyltransferase plays important roles in the biogenesis of small non-coding RNAs in plants and proved a valuable tool for selective transfer of functional groups from cofactor analogues onto miRNA and siRNA duplexes in vitro. Herein, we demonstrate the versatile HEN1-mediated methylation and alkylation of small RNA strands in heteroduplexes with a range of complementary synthetic DNA oligonucleotides carrying user-defined moieties such as internal or 3'-terminal extensions or chemical reporter groups. The observed DNA-guided covalent functionalization of RNA broadens our understanding of the substrate specificity of HEN1 and paves the way for the development of novel chemo-enzymatic tools with potential applications in miRNomics, synthetic biology, and nanomedicine.

摘要

HEN1 RNA 2'-O-甲基转移酶在植物中小非编码 RNA 的生物发生中起着重要作用,并已被证明是一种在体外将功能基团从辅因子类似物选择性转移到 miRNA 和 siRNA 双链体上的有价值的工具。在此,我们证明了在具有一系列互补合成 DNA 寡核苷酸的异双链体中,小 RNA 链的多功能 HEN1 介导的甲基化和烷基化作用,这些寡核苷酸带有用户定义的部分,如内部或 3'-末端延伸或化学报告基团。观察到的 DNA 指导的 RNA 共价功能化拓宽了我们对 HEN1 和 p 的底物特异性的理解,为开发新型化学酶工具铺平了道路,这些工具具有在 miRNA 组学、合成生物学和纳米医学中的潜在应用。

相似文献

1
Oligonucleotide-Addressed Covalent 3'-Terminal Derivatization of Small RNA Strands for Enrichment and Visualization.寡核苷酸靶向共价 3′末端衍生化小 RNA 链用于富集和可视化。
Angew Chem Int Ed Engl. 2017 Jun 1;56(23):6507-6510. doi: 10.1002/anie.201701448. Epub 2017 May 4.
2
Selective covalent labeling of miRNA and siRNA duplexes using HEN1 methyltransferase.使用 HEN1 甲基转移酶对 miRNA 和 siRNA 双链体进行选择性共价标记。
J Am Chem Soc. 2014 Oct 1;136(39):13550-3. doi: 10.1021/ja507390s. Epub 2014 Sep 19.
3
HEN1 recognizes 21-24 nt small RNA duplexes and deposits a methyl group onto the 2' OH of the 3' terminal nucleotide.HEN1识别21 - 24个核苷酸的小RNA双链体,并在3'末端核苷酸的2'羟基上添加一个甲基基团。
Nucleic Acids Res. 2006 Jan 30;34(2):667-75. doi: 10.1093/nar/gkj474. Print 2006.
4
Animal Hen1 2'-O-methyltransferases as tools for 3'-terminal functionalization and labelling of single-stranded RNAs.动物 Hen1 2'-O-甲基转移酶作为单链 RNA 3'-末端功能化和标记的工具。
Nucleic Acids Res. 2018 Sep 28;46(17):e104. doi: 10.1093/nar/gky514.
5
Functional mapping of the plant small RNA methyltransferase: HEN1 physically interacts with HYL1 and DICER-LIKE 1 proteins.植物小RNA甲基转移酶的功能图谱:HEN1与HYL1和Dicer样1蛋白发生物理相互作用。
Nucleic Acids Res. 2015 Mar 11;43(5):2802-12. doi: 10.1093/nar/gkv102. Epub 2015 Feb 12.
6
Kinetic and functional analysis of the small RNA methyltransferase HEN1: the catalytic domain is essential for preferential modification of duplex RNA.小分子 RNA 甲基转移酶 HEN1 的动力学和功能分析:催化结构域对于双链 RNA 的优先修饰是必需的。
RNA. 2010 Oct;16(10):1935-42. doi: 10.1261/rna.2281410. Epub 2010 Aug 12.
7
Recombinant mammalian DNA methyltransferase activity on model transcriptional gene silencing short RNA-DNA heteroduplex substrates.重组哺乳动物 DNA 甲基转移酶对模型转录基因沉默短 RNA-DNA 杂合双链底物的活性。
Biochem J. 2010 Dec 1;432(2):323-32. doi: 10.1042/BJ20100579.
8
Approaches for studying microRNA and small interfering RNA methylation in vitro and in vivo.体外和体内研究微小RNA和小干扰RNA甲基化的方法。
Methods Enzymol. 2007;427:139-54. doi: 10.1016/S0076-6879(07)27008-9.
9
Mechanistic insights into small RNA recognition and modification by the HEN1 methyltransferase.HEN1 甲基转移酶识别和修饰小 RNA 的机制见解。
Biochem J. 2013 Jul 15;453(2):281-90. doi: 10.1042/BJ20121699.
10
Methylation as a crucial step in plant microRNA biogenesis.甲基化作为植物微小RNA生物合成中的关键步骤。
Science. 2005 Feb 11;307(5711):932-5. doi: 10.1126/science.1107130.

引用本文的文献

1
A SAM analogue-utilizing ribozyme for site-specific RNA alkylation in living cells.一种利用 SAM 的核酶,可在活细胞中进行特定位置的 RNA 烷基化。
Nat Chem. 2023 Nov;15(11):1523-1531. doi: 10.1038/s41557-023-01320-z. Epub 2023 Sep 4.
2
Chemical biology and medicinal chemistry of RNA methyltransferases.RNA 甲基转移酶的化学生物学和药物化学。
Nucleic Acids Res. 2022 May 6;50(8):4216-4245. doi: 10.1093/nar/gkac224.
3
Selective chemical tracking of Dnmt1 catalytic activity in live cells.选择性化学追踪活细胞中的 Dnmt1 催化活性。

本文引用的文献

1
New AdoMet Analogues as Tools for Enzymatic Transfer of Photo-Cross-Linkers and Capturing RNA-Protein Interactions.新型S-腺苷甲硫氨酸类似物作为光交联剂酶促转移及捕获RNA-蛋白质相互作用的工具
Chemistry. 2017 May 2;23(25):5988-5993. doi: 10.1002/chem.201605663. Epub 2017 Jan 31.
2
Cell-free microRNAs in blood and other body fluids, as cancer biomarkers.血液及其他体液中的游离微小RNA作为癌症生物标志物。
Cell Prolif. 2016 Jun;49(3):281-303. doi: 10.1111/cpr.12262.
3
Degradation dynamics of microRNAs revealed by a novel pulse-chase approach.
Mol Cell. 2022 Mar 3;82(5):1053-1065.e8. doi: 10.1016/j.molcel.2022.02.008.
4
Methyltransferase-directed orthogonal tagging and sequencing of miRNAs and bacterial small RNAs.甲基转移酶定向正交标记和 miRNA 及细菌小 RNA 的测序。
BMC Biol. 2021 Jun 22;19(1):129. doi: 10.1186/s12915-021-01053-w.
5
Strategies for Covalent Labeling of Long RNAs.长 RNA 的共价标记策略。
Chembiochem. 2021 Oct 1;22(19):2826-2847. doi: 10.1002/cbic.202100161. Epub 2021 Jun 17.
6
Enzyme-mediated bioorthogonal technologies: catalysts, chemoselective reactions and recent methyltransferase applications.酶介导的生物正交技术:催化剂、化学选择性反应及近期甲基转移酶的应用。
Curr Opin Biotechnol. 2021 Jun;69:290-298. doi: 10.1016/j.copbio.2021.02.010. Epub 2021 Apr 24.
7
Tag-Free Internal RNA Labeling and Photocaging Based on mRNA Methyltransferases.基于 mRNA 甲基转移酶的无标签内 RNA 标记和光笼技术。
Angew Chem Int Ed Engl. 2021 Feb 19;60(8):4098-4103. doi: 10.1002/anie.202013936. Epub 2020 Dec 22.
8
Covalent labeling of nucleic acids.核酸的共价标记。
Chem Soc Rev. 2020 Dec 7;49(23):8749-8773. doi: 10.1039/d0cs00600a. Epub 2020 Oct 21.
9
Nucleoside-modified AdoMet analogues for differential methyltransferase targeting.核苷修饰的 AdoMet 类似物用于差异化甲基转移酶靶向。
Chem Commun (Camb). 2020 Feb 18;56(14):2115-2118. doi: 10.1039/c9cc07807j. Epub 2020 Jan 23.
10
Repurposing enzymatic transferase reactions for targeted labeling and analysis of DNA and RNA.重新利用酶转移酶反应进行 DNA 和 RNA 的靶向标记和分析。
Curr Opin Biotechnol. 2019 Feb;55:114-123. doi: 10.1016/j.copbio.2018.09.008. Epub 2018 Oct 6.
一种新型脉冲追踪方法揭示的微小RNA降解动力学
Genome Res. 2016 Apr;26(4):554-65. doi: 10.1101/gr.198788.115. Epub 2016 Jan 28.
4
A Biocatalytic Cascade for Versatile One-Pot Modification of mRNA Starting from Methionine Analogues.一种基于甲硫氨酸类似物的从起始即可对 mRNA 进行多功能一锅式修饰的生物催化级联反应。
Angew Chem Int Ed Engl. 2016 Jan 26;55(5):1917-20. doi: 10.1002/anie.201507577. Epub 2015 Dec 22.
5
The structural diversity of artificial genetic polymers.人工遗传聚合物的结构多样性。
Nucleic Acids Res. 2016 Feb 18;44(3):1007-21. doi: 10.1093/nar/gkv1472. Epub 2015 Dec 15.
6
Specific labeling: An effective tool to explore the RNA world.特异性标记:探索RNA世界的有效工具。
Bioessays. 2016 Feb;38(2):192-200. doi: 10.1002/bies.201500119. Epub 2015 Dec 14.
7
Functional mapping of the plant small RNA methyltransferase: HEN1 physically interacts with HYL1 and DICER-LIKE 1 proteins.植物小RNA甲基转移酶的功能图谱:HEN1与HYL1和Dicer样1蛋白发生物理相互作用。
Nucleic Acids Res. 2015 Mar 11;43(5):2802-12. doi: 10.1093/nar/gkv102. Epub 2015 Feb 12.
8
Characterization of the mammalian miRNA turnover landscape.哺乳动物微小RNA周转情况的表征
Nucleic Acids Res. 2015 Feb 27;43(4):2326-41. doi: 10.1093/nar/gkv057. Epub 2015 Feb 4.
9
Catalysts for RNA and DNA modification.RNA和DNA修饰的催化剂。
Curr Opin Chem Biol. 2015 Apr;25:110-4. doi: 10.1016/j.cbpa.2014.12.025. Epub 2015 Jan 12.
10
Current approaches for RNA labeling in vitro and in cells based on click reactions.基于点击反应的体外和细胞内RNA标记的当前方法。
Chembiochem. 2014 Nov 3;15(16):2342-7. doi: 10.1002/cbic.201402240. Epub 2014 Sep 15.