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蛋白质圆二色性数据库中的 DichroMatch(DM@PCDDB):一种利用圆二色光谱识别蛋白质最近邻的基于网络的工具。

DichroMatch at the protein circular dichroism data bank (DM@PCDDB): A web-based tool for identifying protein nearest neighbors using circular dichroism spectroscopy.

作者信息

Whitmore Lee, Mavridis Lazaros, Wallace B A, Janes Robert W

机构信息

Institute of Structural and Molecular Biology, Birkbeck College, University of London, London, United Kingdom.

School of Biological and Chemical Sciences, Queen Mary University of London, London, United Kingdom.

出版信息

Protein Sci. 2018 Jan;27(1):10-13. doi: 10.1002/pro.3207. Epub 2017 Oct 25.

DOI:10.1002/pro.3207
PMID:28580679
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5734389/
Abstract

Circular dichroism spectroscopy is a well-used, but simple method in structural biology for providing information on the secondary structure and folds of proteins. DichroMatch (DM@PCDDB) is an online tool that is newly available in the Protein Circular Dichroism Data Bank (PCDDB), which takes advantage of the wealth of spectral and metadata deposited therein, to enable identification of spectral nearest neighbors of a query protein based on four different methods of spectral matching. DM@PCDDB can potentially provide novel information about structural relationships between proteins and can be used in comparison studies of protein homologs and orthologs.

摘要

圆二色光谱法是结构生物学中一种常用但简单的方法,用于提供有关蛋白质二级结构和折叠的信息。DichroMatch(DM@PCDDB)是蛋白质圆二色数据库(PCDDB)中新推出的在线工具,它利用存储在其中的大量光谱和元数据,基于四种不同的光谱匹配方法来识别查询蛋白质的光谱最近邻。DM@PCDDB有可能提供有关蛋白质之间结构关系的新信息,并可用于蛋白质同源物和直系同源物的比较研究。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/7dbb/5734389/d8921153d5f6/PRO-27-10-g001.jpg
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