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下一代黑素细胞数据:遗传、表观遗传和转录资源数据集和分析工具。

The next generation of melanocyte data: Genetic, epigenetic, and transcriptional resource datasets and analysis tools.

机构信息

Genetic Disease Research Branch, National Human Genome Research Institute, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA.

出版信息

Pigment Cell Melanoma Res. 2018 May;31(3):442-447. doi: 10.1111/pcmr.12687. Epub 2018 Feb 1.

DOI:10.1111/pcmr.12687
PMID:29337423
Abstract

The number of melanocyte- and melanoma-derived next generation sequence genome-scale datasets have rapidly expanded over the past several years. This resource guide provides a summary of publicly available sources of melanocyte cell derived whole genome, exome, mRNA and miRNA transcriptome, chromatin accessibility and epigenetic datasets. Also highlighted are bioinformatic resources and tools for visualization and data queries which allow researchers a genome-scale view of the melanocyte.

摘要

近年来,黑素细胞和黑色素瘤衍生的下一代测序全基因组数据集数量迅速增加。本资源指南总结了黑素细胞衍生的全基因组、外显子组、mRNA 和 miRNA 转录组、染色质可及性和表观遗传数据集的公开来源。还强调了用于可视化和数据查询的生物信息学资源和工具,这些资源和工具使研究人员能够从全基因组水平观察黑素细胞。

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引用本文的文献

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Theor Biol Med Model. 2020 May 14;17(1):8. doi: 10.1186/s12976-020-00126-7.
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Mol Med Rep. 2019 Sep;20(3):2649-2656. doi: 10.3892/mmr.2019.10492. Epub 2019 Jul 12.