电子显微镜数据库网络资源。
EMDB Web Resources.
作者信息
Abbott Sanja, Iudin Andrii, Korir Paul K, Somasundharam Sriram, Patwardhan Ardan
机构信息
European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton CB10 1SD, UK.
出版信息
Curr Protoc Bioinformatics. 2018 Mar;61(1):5.10.1-5.10.12. doi: 10.1002/cpbi.48. Epub 2018 Apr 9.
The Electron Microscopy Data Bank (EMDB; http://emdb-empiar.org) is a global openly-accessible archive of biomolecular and cellular 3D reconstructions derived from electron microscopy (EM) data. EMBL-EBI develops web-based resources to facilitate the reuse of EMDB data. Here we provide protocols for how these resources can be used for searching EMDB, visualising EMDB structures, statistically analysing EMDB content and checking the validity of EMDB structures. Protocols for searching include quick link categories from the main page, links to latest entries released during the weekly cycle, filtered browsing of the entire archive and a form-based search. For visualisation, the 'Volume Slicer' enables slices of EMDB entries to be visualised interactively and in three orthogonal directions. The web service (https://emdb-empiar.org/emstats) provides up-to-date interactive statistical charts analysing EMDB. All EMDB entries have 'visual analysis' pages that provide basic validation information for the entry.
电子显微镜数据库（EMDB；http://emdb - empiar.org）是一个全球公开访问的档案库，收录了源自电子显微镜（EM）数据的生物分子和细胞三维重建数据。欧洲生物信息学研究所（EMBL - EBI）开发了基于网络的资源，以促进对EMDB数据的再利用。在此，我们提供了有关如何使用这些资源来搜索EMDB、可视化EMDB结构、对EMDB内容进行统计分析以及检查EMDB结构有效性的方案。搜索方案包括来自主页的快速链接类别、指向每周周期内发布的最新条目的链接、对整个档案库的筛选浏览以及基于表单的搜索。对于可视化，“体积切片器”可实现对EMDB条目的切片进行交互式可视化，并在三个正交方向上显示。网络服务（https://emdb - empiar.org/emstats）提供分析EMDB的最新交互式统计图。所有EMDB条目都有“可视化分析”页面，为该条目提供基本的验证信息。
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