PDV：一种综合蛋白质组学数据查看器。
PDV: an integrative proteomics data viewer.
机构信息
BGI-Shenzhen, Shenzhen, China.
China National GeneBank, BGI-Shenzhen, Shenzhen, China.
出版信息
Bioinformatics. 2019 Apr 1;35(7):1249-1251. doi: 10.1093/bioinformatics/bty770.
Abstract
SUMMARY
Data visualization plays critical roles in proteomics studies, ranging from quality control of MS/MS data to validation of peptide identification results. Herein, we present PDV, an integrative proteomics data viewer that can be used to visualize a wide range of proteomics data, including database search results, de novo sequencing results, proteogenomics files, MS/MS data in mzML/mzXML format and data from public proteomics repositories. PDV is a lightweight visualization tool that enables intuitive and fast exploration of diverse, large-scale proteomics datasets on standard desktop computers in both graphical user interface and command line modes.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION
PDV software and the user manual are freely available at http://pdv.zhang-lab.org. The source code is available at https://github.com/wenbostar/PDV and is released under the GPL-3 license.
SUPPLEMENTARY INFORMATION
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
摘要
摘要
数据可视化在蛋白质组学研究中起着至关重要的作用，从 MS/MS 数据的质量控制到肽鉴定结果的验证都需要用到它。在此，我们介绍了 PDV，这是一个集成的蛋白质组学数据查看器，可用于可视化各种蛋白质组学数据，包括数据库搜索结果、从头测序结果、蛋白质基因组文件、mzML/mzXML 格式的 MS/MS 数据以及来自公共蛋白质组学存储库的数据。PDV 是一个轻量级的可视化工具，可在图形用户界面和命令行模式下在标准台式计算机上直观、快速地探索各种大规模蛋白质组学数据集。
可用性和实现
PDV 软件和用户手册可在 http://pdv.zhang-lab.org 免费获得。源代码可在 https://github.com/wenbostar/PDV 获得，并根据 GPL-3 许可证发布。
补充信息
补充数据可在 Bioinformatics 在线获得。
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