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为何沉默密码子替换率在脊椎动物基因组内存在差异。

Why the rate of silent codon substitutions is variable within a vertebrate's genome.

作者信息

Filipski J

机构信息

Institut J. Monod, Université Paris VII, France.

出版信息

J Theor Biol. 1988 Sep 17;134(2):159-64. doi: 10.1016/s0022-5193(88)80199-1.

DOI:10.1016/s0022-5193(88)80199-1
PMID:3244279
Abstract

Different genes within the murine genome are diverging at different rates. The rate of synonymous codon substitutions in these genes is related to their base composition. It is proposed that the variabilities of rate of mutation accumulation, of codon choice and of average GC content within vertebrate genomes are caused by differences between DNA synthesis in repair and replication, as far as the frequency and compositional bias of mutations introduced by these systems are concerned. DNA repair contributes substantially to the evolution of the DNA domains, which are actively repaired in germline cells and which correspond to regions available for transcription in these cells and to Giemsa-negative bands in stained chromosomes.

摘要

小鼠基因组中的不同基因正以不同速率发生分化。这些基因中同义密码子替换的速率与其碱基组成有关。有人提出,脊椎动物基因组内突变积累速率、密码子选择以及平均GC含量的变异性,就这些系统引入突变的频率和组成偏好而言,是由修复和复制过程中DNA合成的差异所导致的。DNA修复对DNA结构域的进化有重大贡献,这些结构域在生殖细胞中被积极修复,并且对应于这些细胞中可用于转录的区域以及染色染色体中的吉姆萨阴性带。

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FEBS Lett. 1987 Jun 15;217(2):184-6. doi: 10.1016/0014-5793(87)80660-9.
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Genome Biol Evol. 2011;3:236-45. doi: 10.1093/gbe/evr011. Epub 2011 Feb 21.
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