Scool：一种用于单细胞 Hi-C 数据的新型数据存储格式。
Scool: a new data storage format for single-cell Hi-C data.
机构信息
Bioinformatics Group, Department of Computer Science, University of Freiburg, Freiburg 79110, Germany.
Institute for Medical Engineering and Science, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA.
出版信息
Bioinformatics. 2021 Aug 4;37(14):2053-2054. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa924.
MOTIVATION
Single-cell Hi-C research currently lacks an efficient, easy to use and shareable data storage format. Recent studies have used a variety of sub-optimal solutions: publishing raw data only, text-based interaction matrices, or reusing established Hi-C storage formats for single interaction matrices. These approaches are storage and pre-processing intensive, require long labour time and are often error-prone.
RESULTS
The single-cell cooler file format (scool) provides an efficient, user-friendly and storage-saving approach for single-cell Hi-C data. It is a flavour of the established cooler format and guarantees stable API support.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION
The single-cell cooler format is part of the cooler file format as of API version 0.8.9. It is available via pip, conda and github: https://github.com/mirnylab/cooler.
SUPPLEMENTARY INFORMATION
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
动机
单细胞 Hi-C 研究目前缺乏一种高效、易用且可共享的数据存储格式。最近的研究使用了各种不太理想的解决方案：仅发布原始数据、基于文本的交互矩阵，或重新使用现有的 Hi-C 存储格式来存储单个交互矩阵。这些方法在存储和预处理方面很密集，需要很长的时间，并且常常容易出错。
结果
单细胞 cooler 文件格式 (scool) 为单细胞 Hi-C 数据提供了一种高效、用户友好且节省存储空间的方法。它是已建立的 cooler 格式的一个变体，并保证了稳定的 API 支持。
可用性和实现
单细胞 cooler 格式是自 API 版本 0.8.9 起 cooler 文件格式的一部分。它可以通过 pip、conda 和 github（https://github.com/mirnylab/cooler）获得。
补充信息
补充数据可在《Bioinformatics》在线获取。
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