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(芸香科)完整叶绿体基因组的组装与系统发育分析。

Assembly and phylogenetic analysis of the complete chloroplast genome of (Rutaceae).

作者信息

Lin Haifeng, Li Xinyi, Bai Di

机构信息

College of Information Science and Technology, Nanjing Forestry University, Nanjing, Jiangsu, China.

College of Art and Design, Nanjing Forestry University, Nanjing, Jiangsu, China.

出版信息

Mitochondrial DNA B Resour. 2020 Jun 1;5(3):2250-2251. doi: 10.1080/23802359.2020.1771228. eCollection 2020.

DOI:10.1080/23802359.2020.1771228
PMID:33366994
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7510620/
Abstract

(), belonging to the family Rutaceae, is usually utilized as a flavoring and acidifying agent for food. This study assembled and characterized the complete chloroplast (cp) genome of . The cp genome was 160,140 bp in length, containing a pair of inverted repeats (IRs, 26,996 bp each), which is separated by a large single-copy (LSC, 87,763 bp) region and a small single copy (SSC, 18,385 bp) region. The cp genome has overall GC content of 38.48% and 135 genes, composing of 90 protein-coding genes, 37 tRNA genes and 8 rRNA genes. Phylogenetic analysis based on 25 cp genomes highly supported that was evolutionarily close to ().

摘要

()属于芸香科,通常用作食品的调味剂和酸化剂。本研究组装并表征了()的完整叶绿体(cp)基因组。该cp基因组长度为160,140 bp,包含一对反向重复序列(IRs,各26,996 bp),由一个大单拷贝(LSC,87,763 bp)区域和一个小单拷贝(SSC,18,385 bp)区域隔开。该cp基因组的总体GC含量为38.48%,有135个基因,包括90个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因。基于25个cp基因组的系统发育分析强烈支持()在进化上与()接近。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/6483/7510620/7c24a8ab8327/TMDN_A_1771228_F0001_B.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/6483/7510620/7c24a8ab8327/TMDN_A_1771228_F0001_B.jpg
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