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太平洋金斑鸻(鸻形目,鸻科)的完整线粒体基因组。

The complete mitochondrial genome of Pacific golden plover (Charadriiformes, charadriidae).

作者信息

Ding Jingjing, Liu Wei, Zhang Yi, Chang Qing, Hu Chaochao

机构信息

Geographical Science Institute, NanJing Normal University, Nanjing, Jiangsu, China.

Jiangsu Academy of Forestry, Nanjing, Jiangsu, China.

出版信息

Mitochondrial DNA B Resour. 2016 Sep 18;1(1):701-702. doi: 10.1080/23802359.2016.1225524.

Abstract

Pacific golden plover (Charadriiformes, Scolopacidae) is obligate long-distance migrant bird breeding from northernmost Asia into western Alaska, and wintering on islands in the Pacific Ocean and Australia. In this study, we report the complete mitochondrial genome of , which is a circular molecule of 16,854 bp in size and consists of 13 protein-coding genes, 2 ribosomal RNAs, 22 transfer RNAs, and a control region. The A + T content of the overall base of the composition of H-strand is 54.88% (A: 31.48%, T: 23.40%, C: 31.48%, and G: 13.65%). It is very interesting that there are some insertions/deletions in the gene sequence (total of 10bp deletions and 5bp insertions in four positions), which may result in reading frame shift and/or internal stops. Some short microsatellite-like repeat regions (ACCACCC) are scatter in the control region. The phylogenetic analysis resolved a well-supported clade of Charadriiformes in which appears to be sister group of . This mitogenome provides a valuable resource for further study of molecular systematics, species identification, population genetics, phylogeography, and conservation genetics of Charadriiformes.

摘要

太平洋金鸻(鸻形目,鹬科)是一种 obligate 长距离候鸟,在亚洲最北部至阿拉斯加西部繁殖,并在太平洋岛屿和澳大利亚越冬。在本研究中,我们报告了 的完整线粒体基因组,其为一个大小为16,854 bp的环状分子,由13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA、22个转运RNA和一个控制区组成。H链组成的总体碱基的A + T含量为54.88%(A:31.48%,T:23.40%,C:31.48%,G:13.65%)。非常有趣的是,在 基因序列中存在一些插入/缺失(四个位置共有10bp缺失和5bp插入),这可能导致阅读框移位和/或内部终止。一些短的微卫星样重复区域(ACCACCC)散布在控制区。系统发育分析解析出一个得到充分支持的鸻形目分支,其中 似乎是 的姐妹群。这个线粒体基因组为进一步研究鸻形目的分子系统学、物种鉴定、种群遗传学、系统地理学和保护遗传学提供了宝贵资源。

原文中有些地方表述不完整,比如“报告了 的完整线粒体基因组”“在 基因序列中”“其中 似乎是 的姐妹群”,这里的空白处原文可能有具体物种名称等信息缺失。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/3afd/7800346/9d58473eacb5/TMDN_A_1225524_F0001_B.jpg

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