• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

非监督算法在微阵列样本分层中的应用。

Unsupervised Algorithms for Microarray Sample Stratification.

机构信息

Faculty of Medicine and Health Technology, Tampere University, Tampere, Finland.

BioMediTech Institute, Tampere University, Tampere, Finland.

出版信息

Methods Mol Biol. 2022;2401:121-146. doi: 10.1007/978-1-0716-1839-4_9.

DOI:10.1007/978-1-0716-1839-4_9
PMID:34902126
Abstract

The amount of data made available by microarrays gives researchers the opportunity to delve into the complexity of biological systems. However, the noisy and extremely high-dimensional nature of this kind of data poses significant challenges. Microarrays allow for the parallel measurement of thousands of molecular objects spanning different layers of interactions. In order to be able to discover hidden patterns, the most disparate analytical techniques have been proposed. Here, we describe the basic methodologies to approach the analysis of microarray datasets that focus on the task of (sub)group discovery.

摘要

微阵列提供的数据量使研究人员有机会深入研究生物系统的复杂性。然而,这种数据的嘈杂和极高维度的性质带来了重大的挑战。微阵列允许对跨越不同相互作用层的数千个分子对象进行并行测量。为了能够发现隐藏的模式,已经提出了最不同的分析技术。在这里,我们描述了基本的方法来处理微阵列数据集的分析,这些方法集中于(子)组发现的任务。

相似文献

1
Unsupervised Algorithms for Microarray Sample Stratification.非监督算法在微阵列样本分层中的应用。
Methods Mol Biol. 2022;2401:121-146. doi: 10.1007/978-1-0716-1839-4_9.
2
Exploring matrix factorization techniques for significant genes identification of Alzheimer's disease microarray gene expression data.探索矩阵分解技术在阿尔茨海默病基因表达数据中显著基因识别中的应用。
BMC Bioinformatics. 2011;12 Suppl 5(Suppl 5):S7. doi: 10.1186/1471-2105-12-S5-S7. Epub 2011 Jul 27.
3
Clustering Methods for Microarray Data Sets.基于微阵列数据集的聚类方法。
Methods Mol Biol. 2022;2401:249-261. doi: 10.1007/978-1-0716-1839-4_16.
4
An iterative data mining approach for mining overlapping coexpression patterns in noisy gene expression data.一种用于在嘈杂基因表达数据中挖掘重叠共表达模式的迭代数据挖掘方法。
IEEE Trans Nanobioscience. 2009 Sep;8(3):252-8. doi: 10.1109/TNB.2009.2026747. Epub 2009 Jul 14.
5
Biclustering of microarray data with MOSPO based on crowding distance.基于拥挤距离使用MOSPO对微阵列数据进行双聚类分析。
BMC Bioinformatics. 2009 Apr 29;10 Suppl 4(Suppl 4):S9. doi: 10.1186/1471-2105-10-S4-S9.
6
Combining Pareto-optimal clusters using supervised learning for identifying co-expressed genes.使用监督学习组合帕累托最优聚类以识别共表达基因。
BMC Bioinformatics. 2009 Jan 20;10:27. doi: 10.1186/1471-2105-10-27.
7
Clustering algorithms and other exploratory methods for microarray data analysis.用于微阵列数据分析的聚类算法及其他探索性方法。
Methods Inf Med. 2005;44(3):444-8.
8
A novel approach to the clustering of microarray data via nonparametric density estimation.一种基于非参数密度估计的微阵列数据聚类新方法。
BMC Bioinformatics. 2011 Feb 8;12:49. doi: 10.1186/1471-2105-12-49.
9
Unsupervised pattern recognition: an introduction to the whys and wherefores of clustering microarray data.无监督模式识别:聚类微阵列数据的原理与应用介绍
Brief Bioinform. 2005 Dec;6(4):331-43. doi: 10.1093/bib/6.4.331.
10
Binary state pattern clustering: a digital paradigm for class and biomarker discovery in gene microarray studies of cancer.二元状态模式聚类:癌症基因微阵列研究中用于类别和生物标志物发现的数字范式。
J Comput Biol. 2006 Jun;13(5):1114-30. doi: 10.1089/cmb.2006.13.1114.

引用本文的文献

1
A Python Clustering Analysis Protocol of Genes Expression Data Sets.基于基因表达数据集的 Python 聚类分析方案。
Genes (Basel). 2022 Oct 12;13(10):1839. doi: 10.3390/genes13101839.

本文引用的文献

1
Integrative Network Fusion: A Multi-Omics Approach in Molecular Profiling.整合网络融合:分子谱分析中的多组学方法
Front Oncol. 2020 Jun 30;10:1065. doi: 10.3389/fonc.2020.01065. eCollection 2020.
2
Clustering algorithms: A comparative approach.聚类算法:一种比较方法。
PLoS One. 2019 Jan 15;14(1):e0210236. doi: 10.1371/journal.pone.0210236. eCollection 2019.
3
Prediction of pesticide acute toxicity using two-dimensional chemical descriptors and target species classification.利用二维化学描述符和目标物种分类预测农药急性毒性
SAR QSAR Environ Res. 2017 Jun;28(6):525-539. doi: 10.1080/1062936X.2017.1343204. Epub 2017 Jul 13.
4
Network-aided Bi-Clustering for discovering cancer subtypes.基于网络的双聚类分析用于发现癌症亚型。
Sci Rep. 2017 Apr 21;7(1):1046. doi: 10.1038/s41598-017-01064-0.
5
Principal components analysis and the reported low intrinsic dimensionality of gene expression microarray data.主成分分析与基因表达微阵列数据所报道的低内在维度
Sci Rep. 2016 Jun 2;6:25696. doi: 10.1038/srep25696.
6
A Comparison Study on Similarity and Dissimilarity Measures in Clustering Continuous Data.连续数据聚类中相似性和相异性度量的比较研究
PLoS One. 2015 Dec 11;10(12):e0144059. doi: 10.1371/journal.pone.0144059. eCollection 2015.
7
Methods for biological data integration: perspectives and challenges.生物数据整合方法:观点与挑战
J R Soc Interface. 2015 Nov 6;12(112). doi: 10.1098/rsif.2015.0571.
8
Comparing the performance of biomedical clustering methods.比较生物医学聚类方法的性能。
Nat Methods. 2015 Nov;12(11):1033-8. doi: 10.1038/nmeth.3583. Epub 2015 Sep 21.
9
Shifting-and-Scaling Correlation Based Biclustering Algorithm.基于移位-缩放相关性的双聚类算法
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2014 Nov-Dec;11(6):1239-52. doi: 10.1109/TCBB.2014.2323054.
10
MVDA: a multi-view genomic data integration methodology.MVDA:一种多视图基因组数据整合方法
BMC Bioinformatics. 2015 Aug 19;16:261. doi: 10.1186/s12859-015-0680-3.