• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

来自夏威夷火山地区的一种假定化学异养菌的宏基因组组装基因组。

Metagenome-Assembled Genome of a Putative Chemoheterotroph from Volcanic Terrain in Hawaii.

作者信息

Gadson O, Bevilacqua J G, Fishman C B, Hahn A S, McAdam A C, Bleacher J, Johnson S S

机构信息

Department of Biology, Georgetown University, Washington, DC, USA.

Gladstone Institutes, University of California San Francisco, San Francisco, California, USA.

出版信息

Microbiol Resour Announc. 2022 Nov 17;11(11):e0055622. doi: 10.1128/mra.00556-22. Epub 2022 Oct 20.

DOI:10.1128/mra.00556-22
PMID:36264256
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9671002/
Abstract

Here, we present the draft genome for a new putative species, Gaiellasilicea maunaloa, most closely related to Gaiella occulta, within the phylum This group contains Gram-negative, aerobic mesophilic species. This metagenome-assembled genome (MAG) contributes to knowledge of life in volcanic environments and may inform investigations of life beyond Earth.

摘要

在此,我们展示了一种新的假定物种——莫纳罗亚盖氏硅菌(Gaiellasilicea maunaloa)的基因组草图,它与隐秘盖氏菌(Gaiella occulta)关系最为密切,属于该门。这一分类群包含革兰氏阴性、需氧嗜温菌物种。这个宏基因组组装基因组(MAG)有助于了解火山环境中的生命情况,并可能为地球以外生命的研究提供参考。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f459/9671002/7f6049310f4e/mra.00556-22-f001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f459/9671002/7f6049310f4e/mra.00556-22-f001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f459/9671002/7f6049310f4e/mra.00556-22-f001.jpg

相似文献

1
Metagenome-Assembled Genome of a Putative Chemoheterotroph from Volcanic Terrain in Hawaii.来自夏威夷火山地区的一种假定化学异养菌的宏基因组组装基因组。
Microbiol Resour Announc. 2022 Nov 17;11(11):e0055622. doi: 10.1128/mra.00556-22. Epub 2022 Oct 20.
2
High-quality draft genome sequence of Gaiella occulta isolated from a 150 meter deep mineral water borehole and comparison with the genome sequences of other deep-branching lineages of the phylum Actinobacteria.高清晰度草案基因组序列的盖氏菌属从一个 150 米深的矿泉水钻孔中分离出来,并与其他深分枝谱系的放线菌门的基因组序列进行比较。
Microbiologyopen. 2019 Sep;8(9):e00840. doi: 10.1002/mbo3.840. Epub 2019 Apr 11.
3
Basaltic Lava Tube Hosts a Putative Novel Genus in the Family .玄武岩熔岩管中存在一个该科的假定新属。
Microbiol Resour Announc. 2022 Oct 20;11(10):e0049922. doi: 10.1128/mra.00499-22. Epub 2022 Oct 3.
4
Discovery and ecogenomic context of a global Caldiserica-related phylum active in thawing permafrost, Candidatus Cryosericota phylum nov., Ca. Cryosericia class nov., Ca. Cryosericales ord. nov., Ca. Cryosericaceae fam. nov., comprising the four species Cryosericum septentrionale gen. nov. sp. nov., Ca. C. hinesii sp. nov., Ca. C. odellii sp. nov., Ca. C. terrychapinii sp. nov.在解冻永久冻土中活跃的全球 Caldiserica 相关门的发现和生态基因组背景,Candidatus Cryosericota 门新属,Ca. Cryosericia 纲新属,Ca. Cryosericales 目新属,Ca. Cryosericaceae 科新属,包括四个种 Cryosericum septentrionale 属新种、Ca. C. hinesii 种新种、Ca. C. odellii 种新种、Ca. C. terrychapinii 种新种。
Syst Appl Microbiol. 2019 Jan;42(1):54-66. doi: 10.1016/j.syapm.2018.12.003. Epub 2018 Dec 14.
5
Reconstructing Genomes of Carbon Monoxide Oxidisers in Volcanic Deposits Including Members of the Class Ktedonobacteria.重建火山沉积物中一氧化碳氧化菌的基因组,包括Ktedonobacteria纲的成员。
Microorganisms. 2020 Nov 27;8(12):1880. doi: 10.3390/microorganisms8121880.
6
Recovery of High Quality Metagenome-Assembled Genomes From Full-Scale Activated Sludge Microbial Communities in a Tropical Climate Using Longitudinal Metagenome Sampling.利用纵向宏基因组采样从热带气候下的全规模活性污泥微生物群落中恢复高质量宏基因组组装基因组
Front Microbiol. 2022 Jun 13;13:869135. doi: 10.3389/fmicb.2022.869135. eCollection 2022.
7
Metagenome-assembled genome distribution and key functionality highlight importance of aerobic metabolism in Svalbard permafrost.宏基因组组装基因组分布及关键功能凸显有氧代谢在斯瓦尔巴永久冻土中的重要性。
FEMS Microbiol Ecol. 2020 May 1;96(5). doi: 10.1093/femsec/fiaa057.
8
Theoretical and Simulation-Based Investigation of the Relationship between Sequencing Effort, Microbial Community Richness, and Diversity in Binning Metagenome-Assembled Genomes.基于理论和模拟的分箱宏基因组组装基因组中测序工作量、微生物群落丰富度和多样性之间关系的研究
mSystems. 2019 Sep 17;4(5):e00384-19. doi: 10.1128/mSystems.00384-19.
9
Phylogeny and physiology of candidate phylum BRC1 inferred from the first complete metagenome-assembled genome obtained from deep subsurface aquifer.候选门 BRC1 的系统发育和生理学研究:基于首例从深层地下含水层中获得的全宏基因组组装基因组的研究。
Syst Appl Microbiol. 2019 Jan;42(1):67-76. doi: 10.1016/j.syapm.2018.08.013. Epub 2018 Sep 3.
10
Metagenome-Assembled Genomes of Novel Taxa from an Acid Mine Drainage Environment.从酸性矿山排水环境中分离的新型分类群的宏基因组组装基因组。
Appl Environ Microbiol. 2021 Aug 11;87(17):e0077221. doi: 10.1128/AEM.00772-21.

本文引用的文献

1
Recovering Individual Genomes from Metagenomes Using MaxBin 2.0.利用 MaxBin 2.0 从宏基因组中恢复个体基因组。
Curr Protoc. 2021 May;1(5):e128. doi: 10.1002/cpz1.128.
2
The Reliability of Metagenome-Assembled Genomes (MAGs) in Representing Natural Populations: Insights from Comparing MAGs against Isolate Genomes Derived from the Same Fecal Sample.宏基因组组装基因组(MAGs)在代表自然种群方面的可靠性:来自比较源自同一粪便样本的分离基因组的 MAGs 的见解。
Appl Environ Microbiol. 2021 Feb 26;87(6). doi: 10.1128/AEM.02593-20.
3
ATLAS: a Snakemake workflow for assembly, annotation, and genomic binning of metagenome sequence data.
ATLAS:用于宏基因组序列数据组装、注释和基因组分箱的 SnakeMake 工作流程。
BMC Bioinformatics. 2020 Jun 22;21(1):257. doi: 10.1186/s12859-020-03585-4.
4
GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.GTDB-Tk:一个使用基因组分类数据库对基因组进行分类的工具包。
Bioinformatics. 2019 Nov 15;36(6):1925-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btz848.
5
The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes - a 2019 update.代谢途径和酶的 MetaCyc 数据库——2019 年更新。
Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D445-D453. doi: 10.1093/nar/gkz862.
6
MetaBAT 2: an adaptive binning algorithm for robust and efficient genome reconstruction from metagenome assemblies.MetaBAT 2:一种用于从宏基因组组装中进行稳健且高效的基因组重建的自适应分箱算法。
PeerJ. 2019 Jul 26;7:e7359. doi: 10.7717/peerj.7359. eCollection 2019.
7
UniProt: a worldwide hub of protein knowledge.UniProt:蛋白质知识的全球枢纽。
Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D506-D515. doi: 10.1093/nar/gky1049.
8
Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy.通过去重、聚合和评分策略从宏基因组中恢复基因组。
Nat Microbiol. 2018 Jul;3(7):836-843. doi: 10.1038/s41564-018-0171-1. Epub 2018 May 28.
9
MUMmer4: A fast and versatile genome alignment system.MUMmer4:一种快速且通用的基因组比对系统。
PLoS Comput Biol. 2018 Jan 26;14(1):e1005944. doi: 10.1371/journal.pcbi.1005944. eCollection 2018 Jan.
10
dRep: a tool for fast and accurate genomic comparisons that enables improved genome recovery from metagenomes through de-replication.dRep:一种用于快速准确基因组比较的工具,可通过去重复从宏基因组中实现更好的基因组恢复。
ISME J. 2017 Dec;11(12):2864-2868. doi: 10.1038/ismej.2017.126. Epub 2017 Jul 25.