• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

UniProt:2023 年的通用蛋白质知识库。

UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2023.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D523-D531. doi: 10.1093/nar/gkac1052.

DOI:10.1093/nar/gkac1052
PMID:36408920
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9825514/
Abstract

The aim of the UniProt Knowledgebase is to provide users with a comprehensive, high-quality and freely accessible set of protein sequences annotated with functional information. In this publication we describe enhancements made to our data processing pipeline and to our website to adapt to an ever-increasing information content. The number of sequences in UniProtKB has risen to over 227 million and we are working towards including a reference proteome for each taxonomic group. We continue to extract detailed annotations from the literature to update or create reviewed entries, while unreviewed entries are supplemented with annotations provided by automated systems using a variety of machine-learning techniques. In addition, the scientific community continues their contributions of publications and annotations to UniProt entries of their interest. Finally, we describe our new website (https://www.uniprot.org/), designed to enhance our users' experience and make our data easily accessible to the research community. This interface includes access to AlphaFold structures for more than 85% of all entries as well as improved visualisations for subcellular localisation of proteins.

摘要

UniProt 知识库的目标是为用户提供一套全面、高质量且免费获取的蛋白质序列,这些序列都附有功能信息注释。在本出版物中,我们描述了对我们的数据处理管道和网站所做的增强,以适应不断增长的信息量。UniProtKB 中的序列数量已超过 2.27 亿,我们正在努力为每个分类群包含一个参考蛋白质组。我们继续从文献中提取详细注释来更新或创建经过评审的条目,同时使用各种机器学习技术的自动系统提供的注释来补充未经评审的条目。此外,科学界继续向他们感兴趣的 UniProt 条目的出版物和注释做出贡献。最后,我们描述了我们的新网站(https://www.uniprot.org/),旨在增强我们用户的体验,并使我们的数据易于研究社区访问。该界面包括对超过 85%的所有条目进行 AlphaFold 结构的访问,以及对蛋白质亚细胞定位的改进可视化。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2b9/9825514/f9ac32fcee00/gkac1052fig4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2b9/9825514/e5bfd5ada95d/gkac1052fig1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2b9/9825514/1b3132739308/gkac1052fig2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2b9/9825514/75b12f023d77/gkac1052fig3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2b9/9825514/f9ac32fcee00/gkac1052fig4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2b9/9825514/e5bfd5ada95d/gkac1052fig1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2b9/9825514/1b3132739308/gkac1052fig2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2b9/9825514/75b12f023d77/gkac1052fig3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c2b9/9825514/f9ac32fcee00/gkac1052fig4.jpg

相似文献

1
UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2023.UniProt:2023 年的通用蛋白质知识库。
Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D523-D531. doi: 10.1093/nar/gkac1052.
2
UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2025.通用蛋白质知识库(UniProt):2025年的情况
Nucleic Acids Res. 2025 Jan 6;53(D1):D609-D617. doi: 10.1093/nar/gkae1010.
3
UniProt: the universal protein knowledgebase in 2021.UniProt:2021 年的通用蛋白质知识库。
Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D480-D489. doi: 10.1093/nar/gkaa1100.
4
UniProt: a worldwide hub of protein knowledge.UniProt:蛋白质知识的全球枢纽。
Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D506-D515. doi: 10.1093/nar/gky1049.
5
UniProtKB/Swiss-Prot, the Manually Annotated Section of the UniProt KnowledgeBase: How to Use the Entry View.UniProtKB/Swiss-Prot,即UniProt知识库的人工注释部分:如何使用条目视图。
Methods Mol Biol. 2016;1374:23-54. doi: 10.1007/978-1-4939-3167-5_2.
6
UniProtKB/Swiss-Prot.通用蛋白质知识库/瑞士蛋白质数据库
Methods Mol Biol. 2007;406:89-112. doi: 10.1007/978-1-59745-535-0_4.
7
Searching and Navigating UniProt Databases.搜索和浏览 UniProt 数据库。
Curr Protoc. 2023 Mar;3(3):e700. doi: 10.1002/cpz1.700.
8
UniProt: the universal protein knowledgebase.通用蛋白质知识库:UniProt
Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D158-D169. doi: 10.1093/nar/gkw1099. Epub 2016 Nov 29.
9
Plant protein annotation in the UniProt Knowledgebase.通用蛋白质数据库(UniProt Knowledgebase)中的植物蛋白质注释
Plant Physiol. 2005 May;138(1):59-66. doi: 10.1104/pp.104.058933.
10
The Universal Protein Resource (UniProt) 2009.通用蛋白质资源(UniProt)2009 版
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D169-74. doi: 10.1093/nar/gkn664. Epub 2008 Oct 4.

引用本文的文献

1
GPT2-ICC: A data-driven approach for accurate ion channel identification using pre-trained large language models.GPT2-ICC:一种使用预训练大语言模型进行准确离子通道识别的数据驱动方法。
J Pharm Anal. 2025 Aug;15(8):101302. doi: 10.1016/j.jpha.2025.101302. Epub 2025 Apr 9.
2
Effect of Ipomoeassin F on the Synthesis of Membrane and Secretory Proteins in Triple-Negative Breast Cancer Cells.异番薯素F对三阴性乳腺癌细胞中膜蛋白和分泌蛋白合成的影响
ACS Omega. 2025 Aug 19;10(34):38522-38530. doi: 10.1021/acsomega.5c02784. eCollection 2025 Sep 2.
3
The genome sequence of the Bordered Sallow moth, (Hufnagel, 1766).

本文引用的文献

1
InterPro in 2022.InterPro 在 2022 年。
Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D418-D427. doi: 10.1093/nar/gkac993.
2
SwissBioPics-an interactive library of cell images for the visualization of subcellular location data.瑞士生物图片库——一个用于可视化亚细胞定位数据的细胞图像交互库。
Database (Oxford). 2022 Apr 12;2022. doi: 10.1093/database/baac026.
3
A joint NCBI and EMBL-EBI transcript set for clinical genomics and research.临床基因组学和研究用的 NCBI 和 EMBL-EBI 联合转录本集。
缘饰浅黄蛾(Hufnagel,1766年)的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2025 Apr 23;10:208. doi: 10.12688/wellcomeopenres.24001.1. eCollection 2025.
4
The genome sequence of the Mountain Bumble Bee, Smith, 1849 (Hymenoptera: Apidae).山地熊蜂(史密斯,1849年)(膜翅目:蜜蜂科)的基因组序列
Wellcome Open Res. 2025 Jul 25;10:367. doi: 10.12688/wellcomeopenres.24577.1. eCollection 2025.
5
The genome sequence of the Dusky Meadow Brown, (Lepidoptera: Nymphalidae).暗褐蛱蝶(鳞翅目:蛱蝶科)的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2025 Jul 31;10:395. doi: 10.12688/wellcomeopenres.24656.1. eCollection 2025.
6
The genome sequence of the solitary wasp, (Fabricius, 1793).独居黄蜂(法布尔,1793年)的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2025 May 27;10:276. doi: 10.12688/wellcomeopenres.24270.1. eCollection 2025.
7
Developmental effects of sulfated thyroid hormones in sea urchin skeletogenesis suggest activation of non-canonical thyroid hormone signaling pathway.硫酸化甲状腺激素对海胆骨骼发生的发育影响表明非经典甲状腺激素信号通路被激活。
Front Endocrinol (Lausanne). 2025 Aug 21;16:1648899. doi: 10.3389/fendo.2025.1648899. eCollection 2025.
8
From large language models to multimodal AI: a scoping review on the potential of generative AI in medicine.从大语言模型到多模态人工智能:关于生成式人工智能在医学领域潜力的范围综述
Biomed Eng Lett. 2025 Aug 22;15(5):845-863. doi: 10.1007/s13534-025-00497-1. eCollection 2025 Sep.
9
Multi-omics investigation reveals unique markers in compared to closely related species.多组学研究揭示了与近缘物种相比的独特标志物。 (你提供的原文中“compared to closely related species”前缺少比较对象,我按照正常语义进行了补充翻译,如果不是你想要的,请提供完整准确的原文。)
Front Microbiol. 2025 Aug 20;16:1657680. doi: 10.3389/fmicb.2025.1657680. eCollection 2025.
10
GlycoEnzDB: A database of enzymes involved in human glycosylation.糖基化酶数据库:一个关于参与人类糖基化过程的酶的数据库。
bioRxiv. 2025 Aug 31:2025.08.30.673257. doi: 10.1101/2025.08.30.673257.
Nature. 2022 Apr;604(7905):310-315. doi: 10.1038/s41586-022-04558-8. Epub 2022 Apr 6.
4
Protein embeddings and deep learning predict binding residues for various ligand classes.蛋白质嵌入和深度学习预测各种配体类的结合残基。
Sci Rep. 2021 Dec 13;11(1):23916. doi: 10.1038/s41598-021-03431-4.
5
A crowdsourcing open platform for literature curation in UniProt.UniProt 文献整理的众包开放式平台。
PLoS Biol. 2021 Dec 6;19(12):e3001464. doi: 10.1371/journal.pbio.3001464. eCollection 2021 Dec.
6
Database resources of the national center for biotechnology information.国家生物技术信息中心数据库资源。
Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D20-D26. doi: 10.1093/nar/gkab1112.
7
The European Nucleotide Archive in 2021.2021 年的欧洲核苷酸档案库。
Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D106-D110. doi: 10.1093/nar/gkab1051.
8
The European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) in 2021.2021 年的欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)。
Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D11-D19. doi: 10.1093/nar/gkab1127.
9
Identification of Iron-Sulfur (Fe-S) Cluster and Zinc (Zn) Binding Sites Within Proteomes Predicted by DeepMind's AlphaFold2 Program Dramatically Expands the Metalloproteome.通过DeepMind的AlphaFold2程序预测蛋白质组中铁硫(Fe-S)簇和锌(Zn)结合位点,极大地扩展了金属蛋白质组。
J Mol Biol. 2022 Jan 30;434(2):167377. doi: 10.1016/j.jmb.2021.167377. Epub 2021 Nov 24.
10
Ensembl 2022.Ensembl 2022.
Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D988-D995. doi: 10.1093/nar/gkab1049.