• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

相似文献

1
Complete genome sequence of strain DSM 15096.菌株DSM 15096的全基因组序列
Access Microbiol. 2023 Jul 26;5(7). doi: 10.1099/acmi.0.000656.v2. eCollection 2023.
2
Complete Genome Sequence of Staphylococcus edaphicus Strain CCM 8731.食源葡萄球菌菌株CCM 8731的全基因组序列
Microbiol Resour Announc. 2022 Sep 15;11(9):e0051822. doi: 10.1128/mra.00518-22. Epub 2022 Aug 10.
3
Polishing the Oxford Nanopore long-read assemblies of bacterial pathogens with Illumina short reads to improve genomic analyses.用 Illumina 短读序列对牛津纳米孔长读序列组装的细菌病原体进行打磨，以改进基因组分析。
Genomics. 2021 May;113(3):1366-1377. doi: 10.1016/j.ygeno.2021.03.018. Epub 2021 Mar 11.
4
Complete genome sequences of Streptococcus pyogenes type strain reveal 100%-match between PacBio-solo and Illumina-Oxford Nanopore hybrid assemblies.化脓性链球菌标准株的全基因组序列揭示了 PacBio 单分子实时测序和 Illumina-Oxford Nanopore 混合组装之间的 100%匹配。
Sci Rep. 2020 Jul 15;10(1):11656. doi: 10.1038/s41598-020-68249-y.
5
The use of Oxford Nanopore native barcoding for complete genome assembly.使用牛津纳米孔原生条形码技术进行全基因组组装。
Gigascience. 2017 Mar 1;6(3):1-6. doi: 10.1093/gigascience/gix001.
6
Evaluation of the accuracy of bacterial genome reconstruction with Oxford Nanopore R10.4.1 long-read-only sequencing.评估 Oxford Nanopore R10.4.1 长读长测序技术在细菌基因组重建中的准确性。
Microb Genom. 2024 May;10(5). doi: 10.1099/mgen.0.001246.
7
De novo assembly of the Indian blue peacock (Pavo cristatus) genome using Oxford Nanopore technology and Illumina sequencing.利用 Oxford Nanopore 技术和 Illumina 测序对印度蓝孔雀（Pavo cristatus）基因组进行从头组装。
Gigascience. 2019 May 1;8(5). doi: 10.1093/gigascience/giz038.
8
Comparison of R9.4.1/Kit10 and R10/Kit12 Oxford Nanopore flowcells and chemistries in bacterial genome reconstruction.比较 R9.4.1/Kit10 和 R10/Kit12 Oxford Nanopore 流动池和化学试剂在细菌基因组重建中的应用。
Microb Genom. 2023 Jan;9(1). doi: 10.1099/mgen.0.000910.
9
Comparison of long-read sequencing technologies in the hybrid assembly of complex bacterial genomes.比较长读长测序技术在复杂细菌基因组混合组装中的应用。
Microb Genom. 2019 Sep;5(9). doi: 10.1099/mgen.0.000294. Epub 2019 Aug 30.
10
Lost in plasmids: next generation sequencing and the complex genome of the tick-borne pathogen Borrelia burgdorferi.迷失在质粒中：新一代测序与蜱传病原体伯氏疏螺旋体的复杂基因组
BMC Genomics. 2017 May 30;18(1):422. doi: 10.1186/s12864-017-3804-5.

本文引用的文献

1
Polypolish: Short-read polishing of long-read bacterial genome assemblies.多聚波兰：长读细菌基因组组装的短读抛光。
PLoS Comput Biol. 2022 Jan 24;18(1):e1009802. doi: 10.1371/journal.pcbi.1009802. eCollection 2022 Jan.
2
Homopolish: a method for the removal of systematic errors in nanopore sequencing by homologous polishing.同源修饰：一种通过同源修饰去除纳米孔测序中系统误差的方法。
Genome Biol. 2021 Mar 31;22(1):95. doi: 10.1186/s13059-021-02282-6.
3
Notification that new names of prokaryotes, new combinations, and new taxonomic opinions have appeared in volume 70, part 10 of the IJSEM.关于原核生物新名称、新组合及新分类学观点已在《国际系统与进化微生物学杂志》第70卷第10期发表的通知。
Int J Syst Evol Microbiol. 2021 Jan;71(1). doi: 10.1099/ijsem.0.004565.
4
Phylogenomic analyses of the family suggest the reclassification of five species within the genus as heterotypic synonyms, the promotion of five subspecies to novel species, the taxonomic reassignment of five species to gen. nov., and the formal assignment of to the family .系统发育基因组分析表明，属内的五个种应被重新分类为异型同义词，五个亚种提升为新种，五个种被重新分类到新属，以及正式将归入科。
Int J Syst Evol Microbiol. 2020 Nov;70(11):5926-5936. doi: 10.1099/ijsem.0.004498.
5
metaFlye: scalable long-read metagenome assembly using repeat graphs.metaFlye：使用重复图进行可扩展的长读长宏基因组组装。
Nat Methods. 2020 Nov;17(11):1103-1110. doi: 10.1038/s41592-020-00971-x. Epub 2020 Oct 5.
6
The genome polishing tool POLCA makes fast and accurate corrections in genome assemblies.基因组精修工具 POLCA 可快速准确地对基因组组装进行修正。
PLoS Comput Biol. 2020 Jun 26;16(6):e1007981. doi: 10.1371/journal.pcbi.1007981. eCollection 2020 Jun.
7
NextPolish: a fast and efficient genome polishing tool for long-read assembly.NextPolish：一种用于长读长组装的快速高效基因组精修工具。
Bioinformatics. 2020 Apr 1;36(7):2253-2255. doi: 10.1093/bioinformatics/btz891.
8
Draft Genome Sequences of 64 Type Strains of 50 Species and 25 Subspecies of the Genus Rosenbach 1884.罗森巴赫菌属（1884年）50个物种和25个亚种的64个模式菌株的基因组序列草图
Microbiol Resour Announc. 2019 Apr 25;8(17):e00062-19. doi: 10.1128/MRA.00062-19.
9
High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries.高通量 ANI 分析 9 万余组原核基因组揭示了清晰的物种界限。
Nat Commun. 2018 Nov 30;9(1):5114. doi: 10.1038/s41467-018-07641-9.
10
Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads.从长的未校正读段中进行快速且准确的从头基因组组装。
Genome Res. 2017 May;27(5):737-746. doi: 10.1101/gr.214270.116. Epub 2017 Jan 18.

菌株DSM 15096的全基因组序列

Complete genome sequence of strain DSM 15096.

作者信息

Wildsmith Caitlin, Thomas Jonathan C, Negus David

机构信息

Department of Biosciences, Nottingham Trent University, Nottingham, UK.

出版信息

Access Microbiol. 2023 Jul 26;5(7). doi: 10.1099/acmi.0.000656.v2. eCollection 2023.

DOI:10.1099/acmi.0.000656.v2
PMID:37601440
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10436019/
Abstract

We present the first complete genome sequence of the species . Strain DSM 15096 was sequenced with a hybrid approach using Oxford Nanopore Technologies long-read sequencing and Illumina short-read sequencing. The assembled sequences produced a 2 808 898 bp chromosomal molecule containing 2705 predicted genes, plus eight plasmids.

摘要

我们展示了该物种的首个完整基因组序列。菌株DSM 15096采用牛津纳米孔技术长读长测序和Illumina短读长测序相结合的方法进行测序。组装后的序列产生了一个2808898 bp的染色体分子，包含2705个预测基因，外加8个质粒。