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ViralWasm：用于病毒基因组学的客户端用户友好型网络应用程序套件。

ViralWasm: a client-side user-friendly web application suite for viral genomics.

机构信息

Department of Computer Science & Engineering, UC San Diego, La Jolla, CA 92093, United States.

Chan Zuckerberg Initiative, Redwood City, CA 94063, United States.

出版信息

Bioinformatics. 2024 Jan 2;40(1). doi: 10.1093/bioinformatics/btae018.

DOI:10.1093/bioinformatics/btae018
PMID:38200583
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10809900/
Abstract

MOTIVATION

The genomic surveillance of viral pathogens such as SARS-CoV-2 and HIV-1 has been critical to modern epidemiology and public health, but the use of sequence analysis pipelines requires computational expertise, and web-based platforms require sending potentially sensitive raw sequence data to remote servers.

RESULTS

We introduce ViralWasm, a user-friendly graphical web application suite for viral genomics. All ViralWasm tools utilize WebAssembly to execute the original command line tools client-side directly in the web browser without any user setup, with a cost of just 2-3x slowdown with respect to their command line counterparts.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

The ViralWasm tool suite can be accessed at: https://niema-lab.github.io/ViralWasm.

摘要

动机

对 SARS-CoV-2 和 HIV-1 等病毒病原体的基因组监测对于现代流行病学和公共卫生至关重要，但序列分析管道的使用需要计算专业知识，而基于网络的平台则需要将潜在敏感的原始序列数据发送到远程服务器。

结果

我们介绍了 ViralWasm，这是一个用于病毒基因组学的用户友好的图形化网络应用程序套件。所有 ViralWasm 工具都利用 WebAssembly 在网络浏览器中直接执行原始命令行工具客户端，无需任何用户设置，相对于其命令行对应物的速度仅慢 2-3 倍。

可用性和实现

ViralWasm 工具套件可在以下网址访问：https://niema-lab.github.io/ViralWasm。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/e726/10809900/a4697d78c881/btae018f3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/e726/10809900/4a52443b735e/btae018f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/e726/10809900/175016a10949/btae018f2.jpg
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