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ACNUC——一种用于核酸序列数据库的便携式检索系统:逻辑与物理设计及使用方法

ACNUC--a portable retrieval system for nucleic acid sequence databases: logical and physical designs and usage.

作者信息

Gouy M, Gautier C, Attimonelli M, Lanave C, di Paola G

机构信息

Laboratoire de Biométrie, Université Claude Bernard, Villeurbanne, France.

出版信息

Comput Appl Biosci. 1985 Sep;1(3):167-72. doi: 10.1093/bioinformatics/1.3.167.

DOI:10.1093/bioinformatics/1.3.167
PMID:3880341
Abstract

ACNUC is a database structure and retrieval software for use with either the GenBank or EMBL nucleic acid sequence data collections. The nucleotide and textual data furnished by both collections are each restructured into a database that allows sequence retrieval on a multi-criterion basis. The main selection criteria are: species (or higher order taxon), keyword, reference, journal, author, and organelle; all logical combinations of these criteria can be used. Direct access to sequence regions that code for a specific product (protein, tRNA or rRNA) is provided. A versatile extraction procedure copies selected sequences, or fragments of them, from the database to user files suitable to be analysed by user-supplied application programs. A detailed help mechanism is provided to aid the user at any time during the retrieval session. All software has been written in FORTRAN 77 which guarantees a high degree of transportability to minicomputers or mainframes.

摘要

ACNUC是一种数据库结构和检索软件,可用于GenBank或EMBL核酸序列数据集合。这两个集合提供的核苷酸和文本数据分别被重新构建到一个数据库中,该数据库允许基于多标准进行序列检索。主要选择标准包括:物种(或更高级别的分类单元)、关键词、参考文献、期刊、作者和细胞器;这些标准的所有逻辑组合都可以使用。提供了对编码特定产物(蛋白质、tRNA或rRNA)的序列区域的直接访问。一个通用的提取程序将选定的序列或其片段从数据库复制到适合由用户提供的应用程序进行分析的用户文件中。提供了详细的帮助机制,以在检索过程中的任何时候帮助用户。所有软件均用FORTRAN 77编写,这保证了高度的可移植性,可移植到小型计算机或大型主机上。

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