• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

通过核磁共振光谱法识别泛素的构象异质性

Ubiquitin's Conformational Heterogeneity as Discerned by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy.

作者信息

Beriashvili David, Folkers Gert E, Baldus Marc

机构信息

NMR Spectroscopy, Bijvoet Center for Biomolecular Research, Utrecht University, Padaulaan 8, 3584 CH, Utrecht, The Netherlands.

出版信息

Chembiochem. 2024 Dec 16;25(24):e202400508. doi: 10.1002/cbic.202400508. Epub 2024 Oct 17.

DOI:10.1002/cbic.202400508
PMID:39140844
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11664922/
Abstract

Visualizing a protein's molecular motions has been a long standing topic of research in the biophysics community. Largely this has been done by exploiting nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR), and arguably no protein's molecular motions have been better characterized by NMR than that of ubiquitin (Ub), a 76 amino acid polypeptide essential in ubiquitination-a key regulatory system within cells. Herein, we discuss ubiquitin's conformational plasticity as visualized, at atomic resolution, by more than 35 years of NMR work. In our discussions we point out the differences between data acquired in vitro, ex vivo, as well as in vivo and stress the need to investigate Ub's conformational plasticity in more biologically representative backgrounds.

摘要

可视化蛋白质的分子运动一直是生物物理学界长期以来的研究课题。在很大程度上，这是通过利用核磁共振光谱（NMR）来实现的，而且可以说，没有哪种蛋白质的分子运动能比泛素（Ub）通过NMR得到更好的表征，泛素是一种由76个氨基酸组成的多肽，在泛素化（细胞内一种关键的调节系统）中至关重要。在此，我们讨论通过超过35年的NMR研究在原子分辨率下所观察到的泛素的构象可塑性。在讨论中，我们指出了体外、离体以及体内所获得数据之间的差异，并强调需要在更具生物学代表性的背景下研究泛素的构象可塑性。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/03caa1389cb2/CBIC-25-e202400508-g010.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/3500a9f7b263/CBIC-25-e202400508-g002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/5a103625fe2c/CBIC-25-e202400508-g003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/b36f5f4f1c7d/CBIC-25-e202400508-g007.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/0ad8d2e03383/CBIC-25-e202400508-g005.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/87b5d6374abf/CBIC-25-e202400508-g004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/03caa1389cb2/CBIC-25-e202400508-g010.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/3500a9f7b263/CBIC-25-e202400508-g002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/5a103625fe2c/CBIC-25-e202400508-g003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/b36f5f4f1c7d/CBIC-25-e202400508-g007.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/0ad8d2e03383/CBIC-25-e202400508-g005.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/87b5d6374abf/CBIC-25-e202400508-g004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f604/11664922/03caa1389cb2/CBIC-25-e202400508-g010.jpg

相似文献

1
Ubiquitin's Conformational Heterogeneity as Discerned by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy.通过核磁共振光谱法识别泛素的构象异质性
Chembiochem. 2024 Dec 16;25(24):e202400508. doi: 10.1002/cbic.202400508. Epub 2024 Oct 17.
2
Recognition dynamics up to microseconds revealed from an RDC-derived ubiquitin ensemble in solution.溶液中由剩余偶极距耦合（RDC）得出的泛素系综揭示了直至微秒级的识别动力学。
Science. 2008 Jun 13;320(5882):1471-5. doi: 10.1126/science.1157092.
3
A designed conformational shift to control protein binding specificity.一种用于控制蛋白质结合特异性的设计构象转变。
Angew Chem Int Ed Engl. 2014 Sep 22;53(39):10367-71. doi: 10.1002/anie.201403102. Epub 2014 Aug 12.
4
DNP-Supported Solid-State NMR Spectroscopy of Proteins Inside Mammalian Cells.哺乳动物细胞内蛋白质的 DNP 支持的固态 NMR 光谱学。
Angew Chem Int Ed Engl. 2019 Sep 9;58(37):12969-12973. doi: 10.1002/anie.201903246. Epub 2019 Jul 19.
5
High-resolution heteronuclear NMR of human ubiquitin in an aqueous liquid crystalline medium.在水性液晶介质中对人泛素进行高分辨率异核核磁共振。
J Biomol NMR. 1997 Oct;10(3):289-92. doi: 10.1023/a:1018308717741.
6
Monitoring protein ubiquitination and SUMOylation in real-time by NMR.通过 NMR 实时监测蛋白质泛素化和 SUMO 化。
Chem Commun (Camb). 2020 Jun 18;56(49):6735-6738. doi: 10.1039/d0cc02252g.
7
Using NMR spectroscopy to monitor ubiquitin chain conformation and interactions with ubiquitin-binding domains.利用核磁共振光谱监测泛素链构象及其与泛素结合结构域的相互作用。
Methods Enzymol. 2005;399:177-92. doi: 10.1016/S0076-6879(05)99012-5.
8
The mechanical unfolding of ubiquitin through all-atom Monte Carlo simulation with a Go-type potential.通过具有Go型势的全原子蒙特卡罗模拟对泛素进行机械展开。
Biophys J. 2007 Mar 15;92(6):2054-61. doi: 10.1529/biophysj.106.081257. Epub 2007 Feb 9.
9
Simultaneous detection of distinct ubiquitin chain topologies by 19F NMR.通过19F核磁共振同时检测不同的泛素链拓扑结构
ACS Chem Biol. 2014 Oct 17;9(10):2229-36. doi: 10.1021/cb500589c. Epub 2014 Aug 22.
10
Polyhydroxylated [60]fullerene binds specifically to functional recognition sites on a monomeric and a dimeric ubiquitin.多羟基化[60]富勒烯特异性结合单体和二聚泛素上的功能识别位点。
Nanoscale. 2015 Apr 28;7(16):7197-205. doi: 10.1039/c5nr00539f.

本文引用的文献

1
Cellular Applications of DNP Solid-State NMR - State of the Art and a Look to the Future.DNP 固态 NMR 的细胞应用 - 现状与展望。
Chemistry. 2024 May 17;30(28):e202400323. doi: 10.1002/chem.202400323. Epub 2024 Mar 28.
2
Stress response silencing by an E3 ligase mutated in neurodegeneration.神经退行性疾病中突变的 E3 连接酶对应激反应的沉默作用。
Nature. 2024 Feb;626(8000):874-880. doi: 10.1038/s41586-023-06985-7. Epub 2024 Jan 31.
3
A high-field cellular DNP-supported solid-state NMR approach to study proteins with sub-cellular specificity.
一种用于研究具有亚细胞特异性蛋白质的高场细胞动态核极化辅助固态核磁共振方法。
Chem Sci. 2023 Sep 5;14(36):9892-9899. doi: 10.1039/d3sc02117c. eCollection 2023 Sep 20.
4
Fast viral dynamics revealed by microsecond time-resolved cryo-EM.微秒时间分辨冷冻电镜揭示的快速病毒动力学。
Nat Commun. 2023 Sep 13;14(1):5649. doi: 10.1038/s41467-023-41444-x.
5
Specifying conformational heterogeneity of multi-domain proteins at atomic resolution.在原子分辨率下指定多域蛋白质的构象异质性。
Structure. 2023 Oct 5;31(10):1259-1274.e10. doi: 10.1016/j.str.2023.07.008. Epub 2023 Aug 8.
6
Translation dynamics in human cells visualized at high resolution reveal cancer drug action.高分辨率下可视化的人类细胞内的翻译动态揭示了癌症药物的作用。
Science. 2023 Jul 7;381(6653):70-75. doi: 10.1126/science.adh1411. Epub 2023 Jul 6.
7
Direct Expression of Fluorinated Proteins in Human Cells for F In-Cell NMR Spectroscopy.直接在人细胞中表达氟化蛋白用于 F 在细胞内 NMR 光谱学。
J Am Chem Soc. 2023 Jan 18;145(2):1389-1399. doi: 10.1021/jacs.2c12086. Epub 2023 Jan 5.
8
Multi-Dimensional Structure and Dynamics Landscape of Proteins in Mammalian Cells Revealed by In-Cell NMR.在哺乳动物细胞中通过细胞内 NMR 揭示蛋白质的多维结构和动力学景观。
Angew Chem Int Ed Engl. 2023 Jan 23;62(4):e202213976. doi: 10.1002/anie.202213976. Epub 2022 Dec 14.
9
Arginine ADP-Ribosylation: Chemical Synthesis of Post-Translationally Modified Ubiquitin Proteins.精氨酸 ADP-核糖基化：翻译后修饰泛素蛋白的化学合成。
J Am Chem Soc. 2022 Nov 16;144(45):20582-20589. doi: 10.1021/jacs.2c06249. Epub 2022 Nov 1.
10
An expanded lexicon for the ubiquitin code.泛素码的扩展词汇表。
Nat Rev Mol Cell Biol. 2023 Apr;24(4):273-287. doi: 10.1038/s41580-022-00543-1. Epub 2022 Oct 25.