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使用miRSM 2.0在异构数据中推断和分析miRNA海绵模块的协议。

Protocol to infer and analyze miRNA sponge modules in heterogeneous data using miRSM 2.0.

作者信息

Zhang Junpeng, Wei Xuemei, Zhao Chunwen, Yang Haolin

机构信息

School of Engineering, Dali University, Yunnan 671003, China.

School of Engineering, Dali University, Yunnan 671003, China.

出版信息

STAR Protoc. 2024 Dec 20;5(4):103317. doi: 10.1016/j.xpro.2024.103317. Epub 2024 Sep 17.

DOI:10.1016/j.xpro.2024.103317
PMID:39292559
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11424997/
Abstract

MicroRNA (miRNA) sponges synergistically modulate physiological and pathological processes in the form of modules or clusters. Here, we present a protocol for inferring and analyzing miRNA sponge modules in heterogeneous data using the R package miRSM 2.0. We describe steps for identifying gene modules, inferring miRNA sponge modules at multi-sample and single-sample levels, and performing modular analysis. From the perspective of computational biology, miRSM 2.0 has the potential to advance our understanding of the role of miRNA sponges in diseases. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Zhang et al..

摘要

微小RNA（miRNA）海绵以模块或簇的形式协同调节生理和病理过程。在此，我们展示了一种使用R包miRSM 2.0在异质数据中推断和分析miRNA海绵模块的方案。我们描述了识别基因模块、在多样本和单样本水平推断miRNA海绵模块以及进行模块分析的步骤。从计算生物学的角度来看，miRSM 2.0有潜力增进我们对miRNA海绵在疾病中作用的理解。有关此方案的使用和执行的完整详细信息，请参考Zhang等人的研究。

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