• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

利用高通量液滴单细胞染色质免疫沉淀测序进行单细胞表观基因组分析

Single-cell Epigenomic Profiling with High-throughput Droplet scChIP-seq.

作者信息

Marsolier Justine, Moutaux Eve, Grosselin Kevin, Griffiths Andrew, Vallot Céline

机构信息

CNRS UMR3244, Institut Curie, PSL University, Paris, France.

Translational Research Department, Institut Curie, PSL University, Paris, France.

出版信息

Methods Mol Biol. 2025;2919:213-239. doi: 10.1007/978-1-0716-4486-7_12.

DOI:10.1007/978-1-0716-4486-7_12
PMID:40257565
Abstract

Our high-throughput scChIP-seq approach combines droplet microfluidics with single-cell DNA barcoding to study the heterogeneity of epigenomes (H3K27me3, H3K4me3, H3K27Ac, H3K4me1) in a cellular population of several thousand cells with a coverage of up to 10,000 unique loci per cell.

摘要

我们的高通量单细胞染色质免疫沉淀测序(scChIP-seq)方法将微滴微流控技术与单细胞DNA条形码技术相结合,以研究数千个细胞群体中表观基因组(H3K27me3、H3K4me3、H3K27Ac、H3K4me1)的异质性,每个细胞的覆盖范围高达10000个独特位点。

相似文献

1
Single-cell Epigenomic Profiling with High-throughput Droplet scChIP-seq.利用高通量液滴单细胞染色质免疫沉淀测序进行单细胞表观基因组分析
Methods Mol Biol. 2025;2919:213-239. doi: 10.1007/978-1-0716-4486-7_12.
2
MOWChIP-seq for low-input and multiplexed profiling of genome-wide histone modifications.微量样本 MOWChIP-seq 测序技术可用于低投入、多重检测的全基因组组蛋白修饰谱分析。
Nat Protoc. 2019 Dec;14(12):3366-3394. doi: 10.1038/s41596-019-0223-x. Epub 2019 Oct 30.
3
Droplet-based combinatorial indexing for massive-scale single-cell chromatin accessibility.基于液滴的组合索引技术用于大规模单细胞染色质可及性分析。
Nat Biotechnol. 2019 Aug;37(8):916-924. doi: 10.1038/s41587-019-0147-6. Epub 2019 Jun 24.
4
MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets.MobiChIP:一种基于液滴的单细胞ChIP-seq兼容文库构建方法。
Mol Omics. 2025 Jan 13;21(1):32-37. doi: 10.1039/d4mo00111g.
5
Practical Guidelines for High-Resolution Epigenomic Profiling of Nucleosomal Histones in Postmortem Human Brain Tissue.死后人类脑组织中核小体组蛋白的高分辨率表观基因组分析实用指南
Biol Psychiatry. 2017 Jan 15;81(2):162-170. doi: 10.1016/j.biopsych.2016.03.1048. Epub 2016 Mar 9.
6
Characterization of the human thyroid epigenome.人类甲状腺表观基因组的特征分析。
J Endocrinol. 2017 Nov;235(2):153-165. doi: 10.1530/JOE-17-0145. Epub 2017 Aug 14.
7
Histone ChIP-Seq identifies differential enhancer usage during chondrogenesis as critical for defining cell-type specificity.组蛋白 ChIP-Seq 鉴定了软骨发生过程中差异增强子的使用,这对于定义细胞类型特异性至关重要。
FASEB J. 2020 Apr;34(4):5317-5331. doi: 10.1096/fj.201902061RR. Epub 2020 Feb 14.
8
Single-cell joint profiling of multiple epigenetic proteins and gene transcription.单细胞联合分析多种表观遗传蛋白和基因转录。
Sci Adv. 2024 Jan 5;10(1):eadi3664. doi: 10.1126/sciadv.adi3664. Epub 2024 Jan 3.
9
Low-input and multiplexed microfluidic assay reveals epigenomic variation across cerebellum and prefrontal cortex.低投入和多重微流控分析揭示了小脑和前额叶皮层的表观基因组变化。
Sci Adv. 2018 Apr 18;4(4):eaar8187. doi: 10.1126/sciadv.aar8187. eCollection 2018 Apr.
10
CoBATCH for High-Throughput Single-Cell Epigenomic Profiling.高通量单细胞表观基因组分析的 CoBATCH
Mol Cell. 2019 Oct 3;76(1):206-216.e7. doi: 10.1016/j.molcel.2019.07.015. Epub 2019 Aug 27.

本文引用的文献

1
Single-cell CUT&Tag analysis of chromatin modifications in differentiation and tumor progression.单细胞 CUT&Tag 分析分化和肿瘤进展过程中的染色质修饰。
Nat Biotechnol. 2021 Jul;39(7):819-824. doi: 10.1038/s41587-021-00865-z. Epub 2021 Apr 12.
2
Single-cell CUT&Tag profiles histone modifications and transcription factors in complex tissues.单细胞 CUT&Tag 技术可描绘复杂组织中的组蛋白修饰和转录因子。
Nat Biotechnol. 2021 Jul;39(7):825-835. doi: 10.1038/s41587-021-00869-9. Epub 2021 Apr 12.
3
Mapping chromatin modifications at the single cell level.
在单细胞水平上绘制染色质修饰图。
Development. 2019 Jun 27;146(12):dev170217. doi: 10.1242/dev.170217.
4
Droplet-based combinatorial indexing for massive-scale single-cell chromatin accessibility.基于液滴的组合索引技术用于大规模单细胞染色质可及性分析。
Nat Biotechnol. 2019 Aug;37(8):916-924. doi: 10.1038/s41587-019-0147-6. Epub 2019 Jun 24.
5
High-throughput single-cell ChIP-seq identifies heterogeneity of chromatin states in breast cancer.高通量单细胞 ChIP-seq 鉴定乳腺癌染色质状态的异质性。
Nat Genet. 2019 Jun;51(6):1060-1066. doi: 10.1038/s41588-019-0424-9. Epub 2019 May 31.
6
CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells.CUT&Tag 技术可高效地对小样本和单细胞进行表观基因组分析。
Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. doi: 10.1038/s41467-019-09982-5.
7
Single-cell chromatin immunocleavage sequencing (scChIC-seq) to profile histone modification.单细胞染色质免疫共切割测序(scChIC-seq)用于分析组蛋白修饰。
Nat Methods. 2019 Apr;16(4):323-325. doi: 10.1038/s41592-019-0361-7. Epub 2019 Mar 28.
8
Droplet barcoding for single-cell transcriptomics applied to embryonic stem cells.应用于胚胎干细胞的单细胞转录组学的液滴条形码技术。
Cell. 2015 May 21;161(5):1187-1201. doi: 10.1016/j.cell.2015.04.044.
9
Single-cell analysis and sorting using droplet-based microfluidics.基于液滴的微流控技术进行单细胞分析和分选。
Nat Protoc. 2013 May;8(5):870-91. doi: 10.1038/nprot.2013.046. Epub 2013 Apr 4.
10
Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types.绘制和分析九种人类细胞类型中的染色质状态动态。
Nature. 2011 May 5;473(7345):43-9. doi: 10.1038/nature09906. Epub 2011 Mar 23.