• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

美国加利福尼亚州2023 - 2024年多重耐药性宋内志贺菌暴发的基因组建模

Genomic Modeling of an Outbreak of Multidrug-Resistant Shigella sonnei, California, USA, 2023-2024.

作者信息

Lloyd Tyler, Khan Sana M, Heaton Dustin, Shemsu Munira, Varghese Vici, Graham Jay, Gregory Misha, Dorfman Penny, Talton Megan, DeVol Jessica, Müller Nicola F, Trivedi Kavita K

出版信息

Emerg Infect Dis. 2025 May;31(13):98-102. doi: 10.3201/eid3113.241307.

DOI:10.3201/eid3113.241307
PMID:40359092
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12078535/
Abstract

We report the detection of a Shigella sonnei outbreak from a small investigation in the San Francisco Bay area, California, USA, in 2024. By combining outbreak investigation with genomic sequencing, we show the utility of phylodynamics to aid outbreak investigations of bacterial pathogens by state or local public health departments.

摘要

我们报告了2024年在美国加利福尼亚州旧金山湾区进行的一项小型调查中检测到的一起宋内志贺菌疫情。通过将疫情调查与基因组测序相结合，我们展示了系统发育动力学在协助州或地方公共卫生部门开展细菌病原体疫情调查方面的实用性。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c0dd/12078535/c4b53b9d528a/24-1307-F5.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c0dd/12078535/c00423212585/24-1307-F1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c0dd/12078535/1adfc0f78447/24-1307-F3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c0dd/12078535/fca4729b012d/24-1307-F4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c0dd/12078535/c4b53b9d528a/24-1307-F5.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c0dd/12078535/c00423212585/24-1307-F1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c0dd/12078535/1adfc0f78447/24-1307-F3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c0dd/12078535/fca4729b012d/24-1307-F4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c0dd/12078535/c4b53b9d528a/24-1307-F5.jpg

相似文献

1
Genomic Modeling of an Outbreak of Multidrug-Resistant Shigella sonnei, California, USA, 2023-2024.美国加利福尼亚州2023 - 2024年多重耐药性宋内志贺菌暴发的基因组建模
Emerg Infect Dis. 2025 May;31(13):98-102. doi: 10.3201/eid3113.241307.
2
Molecular epidemiology of a multidrug-resistant outbreak in Tunisia (2022-2023) using whole-genome sequencing.突尼斯多药耐药性暴发（2022 - 2023年）的分子流行病学：全基因组测序研究
Microb Genom. 2025 Mar;11(3). doi: 10.1099/mgen.0.001362.
3
Travel- and Community-Based Transmission of Multidrug-Resistant Shigella sonnei Lineage among International Orthodox Jewish Communities.国际东正教犹太社区中多重耐药宋内志贺菌谱系的旅行传播和社区传播
Emerg Infect Dis. 2016 Sep;22(9):1545-53. doi: 10.3201/eid2209.151953.
4
Phylogenetic and Evolutionary Analysis Reveals the Recent Dominance of Ciprofloxacin-Resistant Shigella sonnei and Local Persistence of S. flexneri Clones in India.系统进化分析揭示了对环丙沙星具有耐药性的宋内志贺氏菌在印度的近期主导地位和福氏志贺氏菌克隆株的局部持续存在。
mSphere. 2020 Oct 7;5(5):e00569-20. doi: 10.1128/mSphere.00569-20.
5
Use of whole genome sequencing in surveillance for antimicrobial-resistant Shigella sonnei infections acquired from domestic and international sources.利用全基因组测序技术监测来自国内外的耐药性宋内志贺菌感染。
Microb Genom. 2019 May;5(5). doi: 10.1099/mgen.0.000270. Epub 2019 May 17.
6
ESBL-Producing and Macrolide-Resistant Shigella sonnei Infections among Men Who Have Sex with Men, England, 2015.2015年英国男男性行为者中产超广谱β-内酰胺酶及耐大环内酯类宋内志贺菌感染情况
Emerg Infect Dis. 2016 Nov;22(11):1948-1952. doi: 10.3201/eid2211.160653.
7
Outbreak of Shigella sonnei in a rural hotel in La Gomera, Canary Islands, Spain.西班牙加那利群岛拉戈梅拉岛一家乡村酒店发生宋内志贺菌暴发。
Int Microbiol. 2005 Jun;8(2):133-6.
8
Comparative Genomic and Phylogenetic Analysis of a Shiga Toxin Producing (STSS) Strain.产志贺毒素（STSS）菌株的比较基因组学和系统发育分析
Front Cell Infect Microbiol. 2017 May 30;7:229. doi: 10.3389/fcimb.2017.00229. eCollection 2017.
9
An outbreak of multi-resistant Shigella sonnei in Australia: possible link to the outbreak of shigellosis in Denmark associated with imported baby corn from Thailand.澳大利亚宋内志贺氏菌多重耐药性暴发：可能与丹麦因从泰国进口甜玉米引发的志贺氏菌病暴发有关。
Euro Surveill. 2007 Sep 13;12(9):E070913.1. doi: 10.2807/esw.12.37.03266-en.
10
Clinical and Genomic Investigation of an International Ceftriaxone- and Azithromycin-Resistant Shigella sonnei Cluster among Men Who Have Sex with Men, Montréal, Canada 2017-2019.2017-2019 年加拿大蒙特利尔，一组对头孢曲松和阿奇霉素均具有耐药性的宋内志贺菌在男男性行为者中的临床和基因组学研究
Microbiol Spectr. 2022 Jun 29;10(3):e0233721. doi: 10.1128/spectrum.02337-21. Epub 2022 Jun 1.

引用本文的文献

1
An Advanced Molecular Detection Roadmap for Nonlaboratorians.面向非实验室人员的高级分子检测路线图。
Emerg Infect Dis. 2025 May;31(13):3-8. doi: 10.3201/eid3113.241506.

本文引用的文献

1
Multidrug-Resistant Shigella sonnei Bacteremia among Persons Experiencing Homelessness, Vancouver, British Columbia, Canada.耐多药宋内志贺菌菌血症患者中，有经历过无家可归的人，不列颠哥伦比亚省温哥华，加拿大。
Emerg Infect Dis. 2023 Aug;29(8):1668-1671. doi: 10.3201/eid2908.230323.
2
Accelerating bioinformatics implementation in public health.加速生物信息学在公共卫生中的应用。
Microb Genom. 2023 Jul;9(7). doi: 10.1099/mgen.0.001051.
3
Shigella Bacteremia in an Immunocompetent Patient.免疫功能正常患者的志贺菌血症
Cureus. 2021 Nov 20;13(11):e19778. doi: 10.7759/cureus.19778. eCollection 2021 Nov.
4
Global population structure and genotyping framework for genomic surveillance of the major dysentery pathogen, Shigella sonnei.全球人口结构和基因分型框架，用于主要痢疾病原体志贺氏菌的基因组监测。
Nat Commun. 2021 May 11;12(1):2684. doi: 10.1038/s41467-021-22700-4.
5
Use of whole-genome sequencing to identify clusters of associated with sexual transmission in men who have sex with men in England: a validation study using linked behavioural data.使用全基因组测序鉴定与男男性行为者性传播相关的关联簇：利用关联行为数据进行验证研究。
Microb Genom. 2019 Nov;5(11). doi: 10.1099/mgen.0.000311.
6
PulseNet: Entering the Age of Next-Generation Sequencing.脉冲神经网络：迈入下一代测序时代。
Foodborne Pathog Dis. 2019 Jul;16(7):451-456. doi: 10.1089/fpd.2019.2634. Epub 2019 Jun 26.
7
BEAST 2.5: An advanced software platform for Bayesian evolutionary analysis.BEAST 2.5：一个用于贝叶斯进化分析的高级软件平台。
PLoS Comput Biol. 2019 Apr 8;15(4):e1006650. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006650. eCollection 2019 Apr.
8
MASCOT: parameter and state inference under the marginal structured coalescent approximation.最大相似度算法：边缘结构合并近似下的参数和状态推断。
Bioinformatics. 2018 Nov 15;34(22):3843-3848. doi: 10.1093/bioinformatics/bty406.