• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

pubCounteR：一个R软件包，用于在用户定义的生物学背景下，针对通过实验得出的基因列表查询已发表文献。

pubCounteR: an R package for interrogating published literature for experimentally-derived gene lists within a user-defined biological context.

作者信息

Leer Marina, Soultoukis George A, Jähnert Markus, Oveisi Masoome, Walther Dirk, Schulz Tim J

机构信息

Department of Adipocyte Development, German Institute of Human Nutrition Potsdam-Rehbrücke (DIfE), Nuthetal, Germany.

German Center for Diabetes Research (DZD), Neuherberg, Germany.

出版信息

Front Bioinform. 2025 May 6;5:1523184. doi: 10.3389/fbinf.2025.1523184. eCollection 2025.

DOI:10.3389/fbinf.2025.1523184
PMID:40438466
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12118352/
Abstract

Basic and clinical biomedical research relies heavily on modern large-scale datasets that include genomics, transcriptomics, epigenomics, metabolomics, and proteomics, among other "Omics". These research tools very often generate lists of candidate genes that are hypothesized or shown to be responsible for the biological effect in question. To aid the biological interpretation of experimentally-obtained gene lists, we developed pubCounteR, an R-package and web-based interface that screens publications by a user-defined set of keywords representing a specific biological context for experimentally-derived gene lists.

摘要

基础和临床生物医学研究严重依赖于现代大规模数据集，这些数据集包括基因组学、转录组学、表观基因组学、代谢组学和蛋白质组学等其他“组学”。这些研究工具经常生成候选基因列表，这些基因被假设或证明与所讨论的生物学效应有关。为了帮助对实验获得的基因列表进行生物学解释，我们开发了pubCounteR，这是一个R包和基于网络的界面，它通过一组用户定义的关键词来筛选出版物，这些关键词代表了实验衍生基因列表的特定生物学背景。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4ddc/12118352/07183bf54bdc/fbinf-05-1523184-g004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4ddc/12118352/bcd451801d6b/fbinf-05-1523184-g001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4ddc/12118352/b4c379229b4d/fbinf-05-1523184-g002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4ddc/12118352/790216624f49/fbinf-05-1523184-g003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4ddc/12118352/07183bf54bdc/fbinf-05-1523184-g004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4ddc/12118352/bcd451801d6b/fbinf-05-1523184-g001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4ddc/12118352/b4c379229b4d/fbinf-05-1523184-g002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4ddc/12118352/790216624f49/fbinf-05-1523184-g003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/4ddc/12118352/07183bf54bdc/fbinf-05-1523184-g004.jpg

相似文献

1
pubCounteR: an R package for interrogating published literature for experimentally-derived gene lists within a user-defined biological context.pubCounteR：一个R软件包，用于在用户定义的生物学背景下，针对通过实验得出的基因列表查询已发表文献。
Front Bioinform. 2025 May 6;5:1523184. doi: 10.3389/fbinf.2025.1523184. eCollection 2025.
2
OmixLitMiner: A Bioinformatics Tool for Prioritizing Biological Leads from 'Omics Data Using Literature Retrieval and Data Mining.OmixLitMiner：一种生物信息学工具，用于通过文献检索和数据挖掘从 'Omics 数据中优先考虑生物学线索。
Int J Mol Sci. 2020 Feb 19;21(4):1374. doi: 10.3390/ijms21041374.
3
Translational Metabolomics of Head Injury: Exploring Dysfunctional Cerebral Metabolism with Ex Vivo NMR Spectroscopy-Based Metabolite Quantification头部损伤的转化代谢组学：基于体外核磁共振波谱的代谢物定量分析探索脑代谢功能障碍
4
Folic acid supplementation and malaria susceptibility and severity among people taking antifolate antimalarial drugs in endemic areas.在流行地区，服用抗叶酸抗疟药物的人群中，叶酸补充剂与疟疾易感性和严重程度的关系。
Cochrane Database Syst Rev. 2022 Feb 1;2(2022):CD014217. doi: 10.1002/14651858.CD014217.
5
B.E.A.R. GeneInfo: a tool for identifying gene-related biomedical publications through user modifiable queries.B.E.A.R.基因信息：一种通过用户可修改查询来识别与基因相关的生物医学出版物的工具。
BMC Bioinformatics. 2004 Apr 29;5:46. doi: 10.1186/1471-2105-5-46.
6
PubMatrix: a tool for multiplex literature mining.PubMatrix：一种用于多重文献挖掘的工具。
BMC Bioinformatics. 2003 Dec 10;4:61. doi: 10.1186/1471-2105-4-61.
7
MILANO--custom annotation of microarray results using automatic literature searches.米兰——使用自动文献检索对微阵列结果进行定制注释。
BMC Bioinformatics. 2005 Jan 20;6:12. doi: 10.1186/1471-2105-6-12.
8
The omics discovery REST interface.组学发现 REST 接口。
Nucleic Acids Res. 2020 Jul 2;48(W1):W380-W384. doi: 10.1093/nar/gkaa326.
9
A scoping review and proposed workflow for multi-omic rare disease research.多组学罕见病研究的范围综述和提出的工作流程。
Orphanet J Rare Dis. 2020 Apr 28;15(1):107. doi: 10.1186/s13023-020-01376-x.
10
An Updated Taxonomy and a Graphical Summary Tool for Optimal Classification and Comprehension of Omics Research.用于优化分类和理解组学研究的更新分类法和图形摘要工具。
OMICS. 2018 May;22(5):337-353. doi: 10.1089/omi.2017.0186.

引用本文的文献

1
Pancreatic stellate cells have adipogenic and fibrogenic potentials but only show increased pro-fibrogenic propensity upon aging.胰腺星状细胞具有脂肪生成和成纤维潜能，但仅在衰老时表现出促纤维化倾向增加。
Redox Biol. 2025 Jul 29;86:103791. doi: 10.1016/j.redox.2025.103791.

本文引用的文献

1
Rummagene: massive mining of gene sets from supporting materials of biomedical research publications.Rummagene：从生物医学研究出版物的支持材料中大规模挖掘基因集。
Commun Biol. 2024 Apr 20;7(1):482. doi: 10.1038/s42003-024-06177-7.
2
A publication-wide association study (PWAS), historical language models to prioritise novel therapeutic drug targets.全领域关联研究（PWAS），历史语言模型，以确定新型治疗药物靶点的优先级。
Sci Rep. 2023 May 24;13(1):8366. doi: 10.1038/s41598-023-35597-4.
3
The Gene Ontology knowledgebase in 2023.2023 版基因本体论知识库。
Genetics. 2023 May 4;224(1). doi: 10.1093/genetics/iyad031.
4
Database resources of the National Center for Biotechnology Information in 2023.2023 年国立生物技术信息中心的数据库资源。
Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D29-D38. doi: 10.1093/nar/gkac1032.
5
TrendyGenes, a computational pipeline for the detection of literature trends in academia and drug discovery.TrendyGenes，一个用于检测学术界和药物发现文献趋势的计算管道。
Sci Rep. 2021 Aug 3;11(1):15747. doi: 10.1038/s41598-021-94897-9.
6
BioLitMine: Advanced Mining of Biomedical and Biological Literature About Human Genes and Genes from Major Model Organisms.生物文献挖掘：人类基因和主要模式生物基因的生物医学和生物学文献的高级挖掘。
G3 (Bethesda). 2020 Dec 3;10(12):4531-4539. doi: 10.1534/g3.120.401775.
7
Adipocyte Accumulation in the Bone Marrow during Obesity and Aging Impairs Stem Cell-Based Hematopoietic and Bone Regeneration.肥胖和衰老过程中骨髓中脂肪细胞的积累会损害基于干细胞的造血和骨再生。
Cell Stem Cell. 2017 Jun 1;20(6):771-784.e6. doi: 10.1016/j.stem.2017.02.009. Epub 2017 Mar 16.
8
Reference sequence (RefSeq) database at NCBI: current status, taxonomic expansion, and functional annotation.美国国立生物技术信息中心的参考序列（RefSeq）数据库：当前状态、分类扩展及功能注释。
Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D733-45. doi: 10.1093/nar/gkv1189. Epub 2015 Nov 8.
9
How to improve your PubMed/MEDLINE searches: 3. advanced searching, MeSH and My NCBI.如何改进你的PubMed/MEDLINE检索：3. 高级检索、医学主题词表（MeSH）和我的NCBI
J Telemed Telecare. 2014 Mar;20(2):102-12. doi: 10.1177/1357633X13519036.
10
Entrez Gene: gene-centered information at NCBI.Entrez基因：美国国立医学图书馆国家生物技术信息中心的基因中心信息。
Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(Database issue):D52-7. doi: 10.1093/nar/gkq1237. Epub 2010 Nov 28.