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淡水海绵（林奈，1759年）、绿藻共生体 sp. 的染色体水平基因组序列以及相关的微生物宏基因组序列。

The chromosome-level genome sequences of the freshwater sponge, (Linnaeus, 1759) and the chlorophyte cobiont sp., and the associated microbial metagenome sequences.

作者信息

Leys Sally P, Hentschel Ute, Oatley Graeme, Sinclair Elizabeth, Aunin Eerik, Gettle Noah, Santos Camilla, Paulini Michael, Erpenbeck Dirk, Niu Haoyu, McKenna Victoria

机构信息

University of Alberta Department of Biological Sciences, Edmonton, Alberta, Canada.

RU Marine Symbioses, Helmholtz Centre for Ocean Research, Kiel, Schleswig-Holstein, Germany.

出版信息

Wellcome Open Res. 2025 Apr 25;10:222. doi: 10.12688/wellcomeopenres.23988.1. eCollection 2025.

DOI:10.12688/wellcomeopenres.23988.1
PMID:40487152
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12141999/
Abstract

We present a genome assembly from an individual (freshwater sponge; Porifera; Demospongiae; Spongillida; Spongillidae). The genome sequence is 248.7 megabases in span. Most of the assembly is scaffolded into 23 chromosomal pseudomolecules. The mitochondrial genome has also been assembled and is 28.04 kilobases in length. A 14.6-megabase genome assembly of the green algal cobiont sp. (Chlorophyta; Trebouxiophyceae) was scaffolded into 16 chromosomal pseudomolecules. Additionally, three bacterial metagenome bins were recovered from the same sample. Gene annotation of this assembly at Ensembl identified 30,435 protein coding genes.

摘要

我们展示了一个来自个体（淡水海绵；多孔动物门；寻常海绵纲；海绵目；海绵科）的基因组组装。基因组序列跨度为248.7兆碱基。大部分组装序列被构建成23条染色体假分子。线粒体基因组也已组装完成，长度为28.04千碱基。绿藻共生体sp.（绿藻门；小球藻纲）的一个14.6兆碱基的基因组组装被构建成16条染色体假分子。此外，从同一样本中获得了三个细菌宏基因组 bins。在Ensembl对该组装进行的基因注释鉴定出30435个蛋白质编码基因。

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