PdbMotif——一种用于自动识别和显示蛋白质结构中基序的工具。

PdbMotif--a tool for the automatic identification and display of motifs in protein structures.

作者信息

Saqi M A, Sayle R

机构信息

Department of Biomolecular Structure, Glaxo Group Research, Greenford, Middlesex, UK.

出版信息

Comput Appl Biosci. 1994 Sep;10(5):545-6. doi: 10.1093/bioinformatics/10.5.545.

DOI:10.1093/bioinformatics/10.5.545

PMID:7828071

Abstract

A program PdbMotif, which automatically identifies protein motifs in a protein data bank file and generates a script file which can be read directly by the molecular rendering program RasMol, is described. PdbMotif accepts the standard PROSITE pattern syntax and will scan the PROSITE pattern database or a set of user defined patterns. Any motifs detected are automatically highlighted in the RasMol image.

摘要

介绍了一个名为PdbMotif的程序，它能自动识别蛋白质数据库文件中的蛋白质基序，并生成一个可由分子渲染程序RasMol直接读取的脚本文件。PdbMotif接受标准的PROSITE模式语法，并将扫描PROSITE模式数据库或一组用户定义的模式。在RasMol图像中，任何检测到的基序都会自动突出显示。