Zharkikh A
Center for Demographic and Population Genetics, University of Texas, Houston 77225.
J Mol Evol. 1994 Sep;39(3):315-29. doi: 10.1007/BF00160155.
A formal mathematical analysis of the substitution process in nucleotide sequence evolution was done in terms of the Markov process. By using matrix algebra theory, the theoretical foundation of Barry and Hartigan's (Stat. Sci. 2:191-210, 1987) and Lanave et al.'s (J. Mol. Evol. 20:86-93, 1984) methods was provided. Extensive computer simulation was used to compare the accuracy and effectiveness of various methods for estimating the evolutionary distance between two nucleotide sequences. It was shown that the multiparameter methods of Lanave et al.'s (J. Mol. Evol. 20:86-93, 1984), Gojobori et al.'s (J. Mol. Evol. 18:414-422, 1982), and Barry and Hartigan's (Stat. Sci. 2:191-210, 1987) are preferable to others for the purpose of phylogenetic analysis when the sequences are long. However, when sequences are short and the evolutionary distance is large, Tajima and Nei's (Mol. Biol. Evol. 1:269-285, 1984) method is superior to others.
基于马尔可夫过程对核苷酸序列进化中的替换过程进行了形式化的数学分析。通过运用矩阵代数理论，为巴里和哈蒂根（《统计科学》2:191 - 210，1987年）以及拉纳韦等人（《分子进化杂志》20:86 - 93，1984年）的方法提供了理论基础。运用广泛的计算机模拟来比较各种估计两个核苷酸序列之间进化距离方法的准确性和有效性。结果表明，当序列较长时，对于系统发育分析而言，拉纳韦等人（《分子进化杂志》20:86 - 93，1984年）、古乔博里等人（《分子进化杂志》18:414 - 422，1982年）以及巴里和哈蒂根（《统计科学》2:191 - 210，1987年）的多参数方法比其他方法更可取。然而，当序列较短且进化距离较大时，田岛和内的（《分子生物学与进化》1:269 - 285，1984年）方法优于其他方法。
