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万维网查询:一种用于生物序列库的在线检索系统。

WWW-query: an on-line retrieval system for biological sequence banks.

作者信息

Perrière G, Gouy M

机构信息

Laboratoire de Biométrie, Génétique et Biologie des Populations, Université Claude-Bernard Lyon-1, Villeurbanne, France.

出版信息

Biochimie. 1996;78(5):364-9. doi: 10.1016/0300-9084(96)84768-7.

DOI:10.1016/0300-9084(96)84768-7
PMID:8905155
Abstract

We have developed a World Wide Web (WWW) version of the sequence retrieval system Query: WWW-Query. This server allows to query nucleotide sequence banks in the EMBL/GenBank/DDBJ formats and protein sequence banks in the NBRF/PIR format. WWW-Query includes all the features of the on-line sequences browsers already available: possibility to build complex queries, integration of cross-references with different data banks, and access to the functional zones of biological interest. It also provides original services not available elsewhere: introduction of the notion of re-usable sequence lists, integration of dedicated helper applications for visualizing alignments and phylogenetic trees and links with multivariate methods for studying codon usage or for complementing phylogenies.

摘要

我们开发了序列检索系统Query的万维网(WWW)版本:WWW-Query。该服务器允许查询EMBL/GenBank/DDBJ格式的核苷酸序列库以及NBRF/PIR格式的蛋白质序列库。WWW-Query具备现有在线序列浏览器的所有功能:能够构建复杂查询、整合与不同数据库的交叉引用以及访问生物学相关的功能区域。它还提供了其他地方无法获得的原创服务:引入可重复使用序列列表的概念、整合用于可视化比对和系统发育树的专用辅助应用程序以及与用于研究密码子使用或补充系统发育的多变量方法的链接。

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