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RNA动态影像:可视化RNA二级结构空间

RNA movies: visualizing RNA secondary structure spaces.

作者信息

Evers D, Giegerich R

机构信息

Technische Fakultät, Universität Bielefeld, Postfach 100 131, 33501 Bielefeld,

出版信息

Bioinformatics. 1999 Jan;15(1):32-7. doi: 10.1093/bioinformatics/15.1.32.

DOI:10.1093/bioinformatics/15.1.32
PMID:10068690
Abstract

MOTIVATION

RNA Movies is a system for the visualization of RNA secondary structure spaces. Its input is a script consisting of primary and secondary structure information. From this script, the system fully automatically generates animated graphical structure representations. In this way, it creates the impression of an RNA molecule exploring its own two-dimensional structure space.

RESULTS

RNA Movies has been used to generate animations of a switching structure in the spliced leader RNA of Leptomonas collosoma and sequential foldings of potato spindle tuber viroid transcripts.

AVAILABILITY

Demonstrations of the animations mentioned in this paper can be viewed on our Bioinformatics web server under the following address: http://BiBiServ.TechFak.Uni-Bielefeld. DE/rnamovies/. The RNA Movies software is available upon request from the authors.

摘要

动机

RNA Movies是一个用于可视化RNA二级结构空间的系统。其输入是一个由一级和二级结构信息组成的脚本。系统根据此脚本全自动生成动画图形结构表示。通过这种方式,它营造出RNA分子探索自身二维结构空间的印象。

结果

RNA Movies已被用于生成粗线巴贝斯虫剪接前导RNA中开关结构的动画以及马铃薯纺锤块茎类病毒转录本的连续折叠动画。

可用性

本文提及的动画演示可在我们的生物信息学网络服务器上通过以下地址查看:http://BiBiServ.TechFak.Uni-Bielefeld.DE/rnamovies/。RNA Movies软件可向作者索取。

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