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Ensembl基因组数据库项目。

The Ensembl genome database project.

作者信息

Hubbard T, Barker D, Birney E, Cameron G, Chen Y, Clark L, Cox T, Cuff J, Curwen V, Down T, Durbin R, Eyras E, Gilbert J, Hammond M, Huminiecki L, Kasprzyk A, Lehvaslaiho H, Lijnzaad P, Melsopp C, Mongin E, Pettett R, Pocock M, Potter S, Rust A, Schmidt E, Searle S, Slater G, Smith J, Spooner W, Stabenau A, Stalker J, Stupka E, Ureta-Vidal A, Vastrik I, Clamp M

机构信息

The Wellcome Trust Sanger Institute and European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridgeshire CB10 1SA, UK.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2002 Jan 1;30(1):38-41. doi: 10.1093/nar/30.1.38.

DOI:10.1093/nar/30.1.38
PMID:11752248
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC99161/
Abstract

The Ensembl (http://www.ensembl.org/) database project provides a bioinformatics framework to organise biology around the sequences of large genomes. It is a comprehensive source of stable automatic annotation of the human genome sequence, with confirmed gene predictions that have been integrated with external data sources, and is available as either an interactive web site or as flat files. It is also an open source software engineering project to develop a portable system able to handle very large genomes and associated requirements from sequence analysis to data storage and visualisation. The Ensembl site is one of the leading sources of human genome sequence annotation and provided much of the analysis for publication by the international human genome project of the draft genome. The Ensembl system is being installed around the world in both companies and academic sites on machines ranging from supercomputers to laptops.

摘要

Ensembl(http://www.ensembl.org/)数据库项目提供了一个生物信息学框架,以便围绕大型基因组序列来组织生物学研究。它是人类基因组序列稳定自动注释的全面来源,其经过确认的基因预测已与外部数据源整合,并且既可以作为交互式网站提供,也可以作为平面文件提供。它还是一个开源软件工程项目,旨在开发一个能够处理非常大的基因组以及从序列分析到数据存储和可视化等相关需求的便携式系统。Ensembl网站是人类基因组序列注释的主要来源之一,为国际人类基因组计划公布的基因组草图提供了大量分析。Ensembl系统正在全球范围内的公司和学术机构中安装,安装的机器范围从超级计算机到笔记本电脑。