• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

MUTAGEN:用于注释基因组的多用户工具。

MUTAGEN: multi-user tool for annotating genomes.

作者信息

Brügger Kim, Redder Peter, Skovgaard Marie

机构信息

Danish Archaea Centre, Institute of Molecular Biology, University of Copenhagen, Sølvgade 83H, DK-1307 Copenhagen K, Denmark.

出版信息

Bioinformatics. 2003 Dec 12;19(18):2480-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btg336.

DOI:10.1093/bioinformatics/btg336
PMID:14668237
Abstract

SUMMARY

MUTAGEN is a free prokaryotic annotation system. It offers the advantages of genome comparison, graphical sequence browsers, search facilities and open-source for user-specific adjustments. The web-interface allows several users to access the system from standard desktop computers. The Sulfolobus acidocaldarius genome, and several plasmids and viruses have so far been analysed and annotated using MUTAGEN.

AVAILABILITY

MUTAGEN is released as open-source software under GPL. The code is available for download and/or contribution at http://dac.molbio.ku.dk/bioinformatics/MUTAGEN/

摘要

摘要

MUTAGEN是一个免费的原核生物注释系统。它具有基因组比较、图形化序列浏览器、搜索工具以及可供用户进行特定调整的开源等优势。网络界面允许多个用户通过标准台式计算机访问该系统。目前,已经使用MUTAGEN对嗜热栖热菌基因组以及多个质粒和病毒进行了分析和注释。

可用性

MUTAGEN作为开源软件依据通用公共许可证发布。代码可在http://dac.molbio.ku.dk/bioinformatics/MUTAGEN/ 下载和/或提交。

相似文献

1
MUTAGEN: multi-user tool for annotating genomes.MUTAGEN:用于注释基因组的多用户工具。
Bioinformatics. 2003 Dec 12;19(18):2480-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btg336.
2
Genquire: genome annotation browser/editor.Genquire:基因组注释浏览器/编辑器。
Bioinformatics. 2002 Oct;18(10):1398-9. doi: 10.1093/bioinformatics/18.10.1398.
3
BugView: a browser for comparing genomes.BugView:一个用于比较基因组的浏览器。
Bioinformatics. 2004 Jan 1;20(1):129-30. doi: 10.1093/bioinformatics/btg383.
4
G-language Genome Analysis Environment: a workbench for nucleotide sequence data mining.G语言基因组分析环境:一个用于核苷酸序列数据挖掘的工作台。
Bioinformatics. 2003 Jan 22;19(2):305-6. doi: 10.1093/bioinformatics/19.2.305.
5
ACGT-a comparative genomics tool.ACGT——一种比较基因组学工具。
Bioinformatics. 2003 May 22;19(8):1039-40. doi: 10.1093/bioinformatics/btg121.
6
RRE: a tool for the extraction of non-coding regions surrounding annotated genes from genomic datasets.RRE:一种用于从基因组数据集中提取注释基因周围非编码区域的工具。
Bioinformatics. 2004 Nov 1;20(16):2848-50. doi: 10.1093/bioinformatics/bth287. Epub 2004 Apr 29.
7
JDotter: a Java interface to multiple dotplots generated by dotter.JDotter:用于由dotter生成的多个点阵图的Java接口。
Bioinformatics. 2004 Jan 22;20(2):279-81. doi: 10.1093/bioinformatics/btg406.
8
Visual representation of database search results: the RHIMS Plot.数据库搜索结果的可视化表示:RHIMS 图。
Bioinformatics. 2003 May 22;19(8):1037-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btg116.
9
cMap: the comparative genetic map viewer.cMap:比较遗传图谱浏览器。
Bioinformatics. 2003 Feb 12;19(3):416-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btg012.
10
CINEMA-MX: a modular multiple alignment editor.CINEMA-MX:一款模块化多重比对编辑器。
Bioinformatics. 2002 Oct;18(10):1402-3. doi: 10.1093/bioinformatics/18.10.1402.

引用本文的文献

1
Familial relationships in hyperthermo- and acidophilic archaeal viruses.嗜热嗜酸古菌病毒中的家族关系。
J Virol. 2010 May;84(9):4747-54. doi: 10.1128/JVI.02156-09. Epub 2010 Feb 17.
2
Stygiolobus rod-shaped virus and the interplay of crenarchaeal rudiviruses with the CRISPR antiviral system.冥河球杆状病毒以及泉古菌杆状病毒与CRISPR抗病毒系统的相互作用。
J Bacteriol. 2008 Oct;190(20):6837-45. doi: 10.1128/JB.00795-08. Epub 2008 Aug 22.
3
Structure of the acidianus filamentous virus 3 and comparative genomics of related archaeal lipothrixviruses.
嗜酸热硫化叶菌丝状病毒3的结构及相关古菌脂毛病毒的比较基因组学
J Virol. 2008 Jan;82(1):371-81. doi: 10.1128/JVI.01410-07. Epub 2007 Oct 17.
4
The genome of Hyperthermus butylicus: a sulfur-reducing, peptide fermenting, neutrophilic Crenarchaeote growing up to 108 degrees C.嗜热丁酸栖热菌的基因组:一种能将硫还原、发酵肽类、嗜中性的泉古菌,最高可在108摄氏度下生长。
Archaea. 2007 May;2(2):127-35. doi: 10.1155/2007/745987.
5
The Sulfolobus database.嗜热栖热菌数据库。
Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D413-5. doi: 10.1093/nar/gkl847. Epub 2006 Nov 6.
6
A putative viral defence mechanism in archaeal cells.古细菌细胞中一种假定的病毒防御机制。
Archaea. 2006 Aug;2(1):59-72. doi: 10.1155/2006/542818.
7
The genome of Sulfolobus acidocaldarius, a model organism of the Crenarchaeota.嗜酸热硫化叶菌的基因组,泉古菌门的一种模式生物。
J Bacteriol. 2005 Jul;187(14):4992-9. doi: 10.1128/JB.187.14.4992-4999.2005.
8
Structure and genome organization of AFV2, a novel archaeal lipothrixvirus with unusual terminal and core structures.AFV2的结构与基因组组织,一种具有异常末端和核心结构的新型古菌脂毛病毒。
J Bacteriol. 2005 Jun;187(11):3855-8. doi: 10.1128/JB.187.11.3855-3858.2005.
9
Novel RepA-MCM proteins encoded in plasmids pTAU4, pORA1 and pTIK4 from Sulfolobus neozealandicus.来自新西兰硫化叶菌的质粒pTAU4、pORA1和pTIK4中编码的新型RepA-MCM蛋白。
Archaea. 2005 May;1(5):319-25. doi: 10.1155/2005/159218.
10
Genomic comparison of archaeal conjugative plasmids from Sulfolobus.来自硫化叶菌的古菌接合质粒的基因组比较
Archaea. 2004 Oct;1(4):231-9. doi: 10.1155/2004/151926.