• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

GoFigure:自动基因本体注释

GoFigure: automated Gene Ontology annotation.

作者信息

Khan Salim, Situ Gang, Decker Keith, Schmidt Carl J

机构信息

Department of Computer and Information Sciences, University of Delaware, Newark, DE 19717, USA.

出版信息

Bioinformatics. 2003 Dec 12;19(18):2484-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btg338.

DOI:10.1093/bioinformatics/btg338
PMID:14668239
Abstract

SUMMARY

We have developed a web tool to predict Gene Ontology (GO) terms. The tool accepts an input DNA or protein sequence, and uses BLAST to identify homologous sequences in GO annotated databases. A graph is returned to the user via email.

AVAILABILITY

The tool is freely available at: http://udgenome.ags.udel.edu/frm_go.html/

摘要

摘要

我们开发了一种用于预测基因本体(GO)术语的网络工具。该工具接受输入的DNA或蛋白质序列,并使用BLAST在带有GO注释的数据库中识别同源序列。通过电子邮件向用户返回一个图表。

可用性

该工具可在以下网址免费获取:http://udgenome.ags.udel.edu/frm_go.html/

相似文献

1
GoFigure: automated Gene Ontology annotation.GoFigure:自动基因本体注释
Bioinformatics. 2003 Dec 12;19(18):2484-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btg338.
2
Web-based interface facilitating sequence-to-structure analysis of BLAST alignment reports.基于网络的界面,便于对BLAST比对报告进行序列到结构的分析。
Biotechniques. 2005 Aug;39(2):186, 188. doi: 10.2144/05392BM05.
3
GOAnno: GO annotation based on multiple alignment.GOAnno:基于多重比对的基因本体论注释
Bioinformatics. 2005 May 1;21(9):2095-6. doi: 10.1093/bioinformatics/bti252. Epub 2005 Jan 12.
4
MuSiC: a tool for multiple sequence alignment with constraints.MuSiC:一种用于带约束条件的多序列比对的工具。
Bioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2309-11. doi: 10.1093/bioinformatics/bth220. Epub 2004 Apr 1.
5
GeConT: gene context analysis.GeConT:基因上下文分析。
Bioinformatics. 2004 Sep 22;20(14):2307-8. doi: 10.1093/bioinformatics/bth216. Epub 2004 Apr 8.
6
Protein family annotation in a multiple alignment viewer.多重比对查看器中的蛋白质家族注释。
Bioinformatics. 2003 Mar 1;19(4):544-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btg021.
7
Tracker: continuous HMMER and BLAST searching.追踪器:连续进行HMMER和BLAST搜索。
Bioinformatics. 2005 Feb 1;21(3):388-9. doi: 10.1093/bioinformatics/bti012. Epub 2004 Sep 3.
8
wEMBOSS: a web interface for EMBOSS.wEMBOSS:EMBOSS的网络界面。
Bioinformatics. 2005 Feb 15;21(4):540-1. doi: 10.1093/bioinformatics/bti031. Epub 2004 Sep 23.
9
IPPRED: server for proteins interactions inference.IPPRED:蛋白质相互作用推断服务器。
Bioinformatics. 2003 May 1;19(7):903-4. doi: 10.1093/bioinformatics/btg091.
10
PLAN: a web platform for automating high-throughput BLAST searches and for managing and mining results.PLAN:一个用于自动化高通量BLAST搜索以及管理和挖掘结果的网络平台。
BMC Bioinformatics. 2007 Feb 9;8:53. doi: 10.1186/1471-2105-8-53.

引用本文的文献

1
A Gated Recurrent Unit based architecture for recognizing ontology concepts from biological literature.一种基于门控循环单元的架构,用于从生物文献中识别本体概念。
BioData Min. 2022 Sep 28;15(1):22. doi: 10.1186/s13040-022-00310-0.
2
Protein function prediction with gene ontology: from traditional to deep learning models.利用基因本体进行蛋白质功能预测:从传统模型到深度学习模型
PeerJ. 2021 Aug 24;9:e12019. doi: 10.7717/peerj.12019. eCollection 2021.
3
Gene ontology improves template selection in comparative protein docking.基因本体论改进了比较蛋白质对接中的模板选择。
Proteins. 2019 Mar;87(3):245-253. doi: 10.1002/prot.25645. Epub 2018 Dec 27.
4
Exploring Mouse Protein Function via Multiple Approaches.通过多种方法探索小鼠蛋白质功能。
PLoS One. 2016 Nov 15;11(11):e0166580. doi: 10.1371/journal.pone.0166580. eCollection 2016.
5
The PFP and ESG protein function prediction methods in 2014: effect of database updates and ensemble approaches.2014年的PFP和ESG蛋白质功能预测方法:数据库更新和集成方法的影响。
Gigascience. 2015 Sep 14;4:43. doi: 10.1186/s13742-015-0083-4. eCollection 2015.
6
Using phylogenetically-informed annotation (PIA) to search for light-interacting genes in transcriptomes from non-model organisms.利用系统发育信息注释(PIA)在非模式生物的转录组中搜索光相互作用基因。
BMC Bioinformatics. 2014 Nov 19;15(1):350. doi: 10.1186/s12859-014-0350-x.
7
Computational prediction of protein function based on weighted mapping of domains and GO terms.基于结构域和基因本体术语加权映射的蛋白质功能计算预测
Biomed Res Int. 2014;2014:641469. doi: 10.1155/2014/641469. Epub 2014 Apr 23.
8
Predicting gene ontology annotations of orphan GWAS genes using protein-protein interactions.利用蛋白质-蛋白质相互作用预测孤儿全基因组关联研究(GWAS)基因的基因本体注释
Algorithms Mol Biol. 2014 Apr 3;9(1):10. doi: 10.1186/1748-7188-9-10.
9
Usage of U7 small nuclear ribonucleic acid in gene therapy of hemoglobin D Punjab disorder: Rationale?U7小核核糖核酸在血红蛋白D旁遮普紊乱症基因治疗中的应用:理论依据?
Indian J Hum Genet. 2013 Jul;19(3):291-2. doi: 10.4103/0971-6866.120812.
10
In-depth performance evaluation of PFP and ESG sequence-based function prediction methods in CAFA 2011 experiment.在 CAFA 2011 实验中深入评估 PFP 和 ESG 基于序列的功能预测方法的性能。
BMC Bioinformatics. 2013;14 Suppl 3(Suppl 3):S2. doi: 10.1186/1471-2105-14-S3-S2. Epub 2013 Feb 28.