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ArrayExpress:欧洲生物信息研究所的一个基因表达数据公共数据库。

ArrayExpress: a public database of gene expression data at EBI.

作者信息

Rocca-Serra Philippe, Brazma Alvis, Parkinson Helen, Sarkans Ugis, Shojatalab Mohammadreza, Contrino Sergio, Vilo Jaak, Abeygunawardena Niran, Mukherjee Gaurab, Holloway Ele, Kapushesky Misha, Kemmeren Patrick, Lara Gonzalo Garcia, Oezcimen Ahmet, Sansone Susanna-Assunta

机构信息

EMBL Outstation-Hinxton, European Bioinformatics Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, United Kingdom.

出版信息

C R Biol. 2003 Oct-Nov;326(10-11):1075-8. doi: 10.1016/j.crvi.2003.09.026.

DOI:10.1016/j.crvi.2003.09.026
PMID:14744115
Abstract

ArrayExpress is a public repository for microarray-based gene expression data, resulting from the implementation of the MAGE object model to ensure accurate data structuring and the MIAME standard, which defines the annotation requirements. ArrayExpress accepts data as MAGE-ML files for direct submissions or data from MIAMExpress, the MIAME compliant web-based annotation and submission tool of EBI. A team of curators supports the submission process, providing assistance in data annotation. Data retrieval is performed through a dedicated web interface. Relevant results may be exported to ExpressionProfiler, the EBI based expression analysis tool available online (http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress).

摘要

ArrayExpress是一个基于微阵列的基因表达数据公共存储库,它通过实施MAGE对象模型来确保准确的数据结构,并遵循定义注释要求的MIAME标准。ArrayExpress接受以MAGE-ML文件形式直接提交的数据,或来自MIAMExpress的数据,MIAMExpress是EBI符合MIAME标准的基于网络的注释和提交工具。一组管理员支持提交过程,在数据注释方面提供帮助。数据检索通过专用的网络界面进行。相关结果可导出到ExpressionProfiler,这是EBI在线提供的基于网络的表达分析工具(http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress)。

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