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使用MesoRD进行随机反应扩散模拟。

Stochastic reaction-diffusion simulation with MesoRD.

作者信息

Hattne Johan, Fange David, Elf Johan

机构信息

Department of Cell and Molecular Biology, BMC, Uppsala University, 75124 Uppsala, Sweden.

出版信息

Bioinformatics. 2005 Jun 15;21(12):2923-4. doi: 10.1093/bioinformatics/bti431. Epub 2005 Apr 7.

DOI:10.1093/bioinformatics/bti431
PMID:15817692
Abstract

UNLABELLED

MesoRD is a tool for stochastic simulation of chemical reactions and diffusion. In particular, it is an implementation of the next subvolume method, which is an exact method to simulate the Markov process corresponding to the reaction-diffusion master equation.

AVAILABILITY

MesoRD is free software, written in C++ and licensed under the GNU general public license (GPL). MesoRD runs on Linux, Mac OS X, NetBSD, Solaris and Windows XP. It can be downloaded from http://mesord.sourceforge.net.

CONTACT

johan.elf@icm.uu.se; johan.hattne@embl-hamburg.de

SUPPLEMENTARY INFORMATION

'MesoRD User's Guide' and other documents are available at http://mesord.sourceforge.net.

摘要

未标注

MesoRD是一种用于化学反应和扩散随机模拟的工具。具体而言,它是下一子体积方法的一种实现,该方法是模拟与反应扩散主方程相对应的马尔可夫过程的精确方法。

可用性

MesoRD是免费软件,用C++编写,遵循GNU通用公共许可证(GPL)。MesoRD可在Linux、Mac OS X、NetBSD、Solaris和Windows XP上运行。可从http://mesord.sourceforge.net下载。

联系方式

johan.elf@icm.uu.se;johan.hattne@embl-hamburg.de

补充信息

“MesoRD用户指南”及其他文档可在http://mesord.sourceforge.net获取。

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