• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

相似文献

1
DIAL: a web-based server for the automatic identification of structural domains in proteins.DIAL：一个用于自动识别蛋白质结构域的基于网络的服务器。
Nucleic Acids Res. 2005 Jul 1;33(Web Server issue):W130-2. doi: 10.1093/nar/gki427.
2
iMOT: an interactive package for the selection of spatially interacting motifs.iMOT：一个用于选择空间相互作用基序的交互式软件包。
Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W602-5. doi: 10.1093/nar/gkh375.
3
SMotif: a server for structural motifs in proteins.SMotif：一个蛋白质结构基序服务器。
Bioinformatics. 2007 Mar 1;23(5):637-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btl679. Epub 2007 Jan 19.
4
DDBASE2.0: updated domain database with improved identification of structural domains.DDBASE2.0：更新后的结构域数据库，结构域识别能力得到提升。
Bioinformatics. 2003 Sep 22;19(14):1760-4. doi: 10.1093/bioinformatics/btg233.
5
GenDiS: Genomic Distribution of protein structural domain Superfamilies.GenDiS：蛋白质结构域超家族的基因组分布
Nucleic Acids Res. 2005 Jan 1;33(Database issue):D252-5. doi: 10.1093/nar/gki087.
6
Protein Peeling 2: a web server to convert protein structures into series of protein units.蛋白质剥离2：一个将蛋白质结构转换为一系列蛋白质单元的网络服务器。
Nucleic Acids Res. 2006 Jul 1;34(Web Server issue):W75-8. doi: 10.1093/nar/gkl292.
7
SCANMOT: searching for similar sequences using a simultaneous scan of multiple sequence motifs.SCANMOT：通过同时扫描多个序列基序来搜索相似序列。
Nucleic Acids Res. 2005 Jul 1;33(Web Server issue):W274-6. doi: 10.1093/nar/gki493.
8
NIAS-Server: Neighbors Influence of Amino acids and Secondary Structures in Proteins.NIAS服务器：蛋白质中氨基酸和二级结构的邻域影响
J Comput Biol. 2017 Mar;24(3):255-265. doi: 10.1089/cmb.2016.0074. Epub 2016 Aug 5.
9
PASS2: an automated database of protein alignments organised as structural superfamilies.PASS2：一个以结构超家族形式组织的蛋白质比对自动化数据库。
BMC Bioinformatics. 2004 Apr 2;5:35. doi: 10.1186/1471-2105-5-35.
10
SCRATCH: a protein structure and structural feature prediction server.SCRATCH：一个蛋白质结构和结构特征预测服务器。
Nucleic Acids Res. 2005 Jul 1;33(Web Server issue):W72-6. doi: 10.1093/nar/gki396.

引用本文的文献

1
Hierarchical Analysis of Protein Structures: From Secondary Structures to Protein Units and Domains.蛋白质结构的层次分析：从二级结构到蛋白质单元和结构域。
Methods Mol Biol. 2025;2870:357-370. doi: 10.1007/978-1-0716-4213-9_18.
2
Res-Dom: predicting protein domain boundary from sequence using deep residual network and Bi-LSTM.Res-Dom：使用深度残差网络和双向长短期记忆网络从序列预测蛋白质结构域边界
Bioinform Adv. 2022 Sep 1;2(1):vbac060. doi: 10.1093/bioadv/vbac060. eCollection 2022.
3
Protein domain identification methods and online resources.蛋白质结构域鉴定方法及在线资源。
Comput Struct Biotechnol J. 2021 Feb 2;19:1145-1153. doi: 10.1016/j.csbj.2021.01.041. eCollection 2021.
4
IpdAB, a virulence factor in , is a cholesterol ring-cleaving hydrolase.IpdAB 是 中的一种毒力因子，是一种胆固醇环裂解水解酶。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Apr 10;115(15):E3378-E3387. doi: 10.1073/pnas.1717015115. Epub 2018 Mar 26.
5
Extending Protein Domain Boundary Predictors to Detect Discontinuous Domains.扩展蛋白质结构域边界预测器以检测不连续结构域。
PLoS One. 2015 Oct 26;10(10):e0141541. doi: 10.1371/journal.pone.0141541. eCollection 2015.
6
Structural basis for the regulatory function of a complex zinc-binding domain in a replicative arterivirus helicase resembling a nonsense-mediated mRNA decay helicase.复制型动脉病毒解旋酶类似无意义介导的 mRNA 降解解旋酶中复杂锌结合结构域的调控功能的结构基础。
Nucleic Acids Res. 2014 Mar;42(5):3464-77. doi: 10.1093/nar/gkt1310. Epub 2013 Dec 24.
7
Urinary lipocalin protein in a female rodent with correlation to phases in the estrous cycle: an experimental study accompanied by in silico analysis.雌性啮齿动物尿液中脂钙蛋白与动情周期各阶段的相关性：一项伴有计算机分析的实验研究。
PLoS One. 2013 Aug 14;8(8):e71357. doi: 10.1371/journal.pone.0071357. eCollection 2013.
8
Structure-function analysis reveals a novel mechanism for regulation of histone demethylase LSD2/AOF1/KDM1b.结构-功能分析揭示了组蛋白去甲基酶 LSD2/AOF1/KDM1b 调控的新机制。
Cell Res. 2013 Feb;23(2):225-41. doi: 10.1038/cr.2012.177. Epub 2012 Dec 25.
9
3DSwap: curated knowledgebase of proteins involved in 3D domain swapping.3DSwap：涉及三维结构域交换的蛋白质的精选知识库。
Database (Oxford). 2011 Sep 29;2011:bar042. doi: 10.1093/database/bar042. Print 2011.
10
Insights into Protein Sequence and Structure-Derived Features Mediating 3D Domain Swapping Mechanism using Support Vector Machine Based Approach.利用基于支持向量机的方法深入了解介导三维结构域交换机制的蛋白质序列和结构衍生特征。
Bioinform Biol Insights. 2010 Jun 17;4:33-42. doi: 10.4137/bbi.s4464.

本文引用的文献

1
GenDiS: Genomic Distribution of protein structural domain Superfamilies.GenDiS：蛋白质结构域超家族的基因组分布
Nucleic Acids Res. 2005 Jan 1;33(Database issue):D252-5. doi: 10.1093/nar/gki087.
2
CDD: a Conserved Domain Database for protein classification.CDD：用于蛋白质分类的保守结构域数据库。
Nucleic Acids Res. 2005 Jan 1;33(Database issue):D192-6. doi: 10.1093/nar/gki069.
3
High-throughput computational and experimental techniques in structural genomics.结构基因组学中的高通量计算与实验技术。
Genome Res. 2004 Oct;14(10B):2145-54. doi: 10.1101/gr.2537904.
4
iPfam: visualization of protein-protein interactions in PDB at domain and amino acid resolutions.iPfam：在结构域和氨基酸分辨率下对蛋白质数据库中蛋白质-蛋白质相互作用的可视化。
Bioinformatics. 2005 Feb 1;21(3):410-2. doi: 10.1093/bioinformatics/bti011. Epub 2004 Sep 7.
5
iMOT: an interactive package for the selection of spatially interacting motifs.iMOT：一个用于选择空间相互作用基序的交互式软件包。
Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W602-5. doi: 10.1093/nar/gkh375.
6
CHOP: parsing proteins into structural domains.CHOP：将蛋白质解析为结构域。
Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W569-71. doi: 10.1093/nar/gkh481.
7
SH3 domain protein-binding arrays.SH3结构域蛋白结合阵列
Methods Mol Biol. 2004;264:183-9. doi: 10.1385/1-59259-759-9:183.
8
The distribution and query systems of the RCSB Protein Data Bank.RCSB蛋白质数据库的分布与查询系统。
Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D223-5. doi: 10.1093/nar/gkh096.
9
The Pfam protein families database.Pfam蛋白质家族数据库。
Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D138-41. doi: 10.1093/nar/gkh121.
10
DDBASE2.0: updated domain database with improved identification of structural domains.DDBASE2.0：更新后的结构域数据库，结构域识别能力得到提升。
Bioinformatics. 2003 Sep 22;19(14):1760-4. doi: 10.1093/bioinformatics/btg233.

DIAL：一个用于自动识别蛋白质结构域的基于网络的服务器。

DIAL: a web-based server for the automatic identification of structural domains in proteins.

作者信息

Pugalenthi Ganesan, Archunan Govindaraju, Sowdhamini Ramanathan

机构信息

National Centre for Biological Sciences, Tata Institute of Fundamental Research UAS-GKVK campus, Bellary Road, Bangalore 560 065, Karnataka, India.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2005 Jul 1;33(Web Server issue):W130-2. doi: 10.1093/nar/gki427.

DOI:10.1093/nar/gki427
PMID:15980441
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1160188/
Abstract

DIAL is a web server for the automatic identification of structural domains given the 3D coordinates of a protein. Delineation of the structural domains and their exact boundaries are the starting points for the better realization of distantly related members of the domain families, for the rational design of the experiments and for clearer understanding of the biological function. The current server can examine crystallographic multiple chains and provide structural domain solutions that can also describe domain swapping events. The server can be accessed from http://www.ncbs.res.in/~faculty/mini/DIAL/home.html. The Supplementary data can be accessed from http://www.ncbs.res.in/~faculty/mini/DIAL/supplement.html.

摘要

DIAL是一个网络服务器，用于在已知蛋白质三维坐标的情况下自动识别结构域。结构域的划分及其精确边界是更好地认识结构域家族中远距离相关成员、合理设计实验以及更清晰理解生物学功能的起点。当前的服务器能够检测晶体学中的多条链，并提供能够描述结构域交换事件的结构域解决方案。可通过http://www.ncbs.res.in/~faculty/mini/DIAL/home.html访问该服务器。补充数据可通过http://www.ncbs.res.in/~faculty/mini/DIAL/supplement.html获取。