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将序列和结构生物学与DAS相结合。

Integrating sequence and structural biology with DAS.

作者信息

Prlić Andreas, Down Thomas A, Kulesha Eugene, Finn Robert D, Kähäri Andreas, Hubbard Tim J P

机构信息

The Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridge, UK.

出版信息

BMC Bioinformatics. 2007 Sep 12;8:333. doi: 10.1186/1471-2105-8-333.

DOI:10.1186/1471-2105-8-333
PMID:17850653
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2031907/
Abstract

BACKGROUND

The Distributed Annotation System (DAS) is a network protocol for exchanging biological data. It is frequently used to share annotations of genomes and protein sequence.

RESULTS

Here we present several extensions to the current DAS 1.5 protocol. These provide new commands to share alignments, three dimensional molecular structure data, add the possibility for registration and discovery of DAS servers, and provide a convention how to provide different types of data plots. We present examples of web sites and applications that use the new extensions. We operate a public registry of DAS sources, which now includes entries for more than 250 distinct sources.

CONCLUSION

Our DAS extensions are essential for the management of the growing number of services and exchange of diverse biological data sets. In addition the extensions allow new types of applications to be developed and scientific questions to be addressed. The registry of DAS sources is available at http://www.dasregistry.org.

摘要

背景

分布式注释系统（DAS）是一种用于交换生物数据的网络协议。它经常用于共享基因组和蛋白质序列的注释。

结果

在此我们展示了对当前DAS 1.5协议的若干扩展。这些扩展提供了用于共享比对、三维分子结构数据的新命令，增加了DAS服务器注册和发现的可能性，并提供了一种关于如何提供不同类型数据图的约定。我们展示了使用这些新扩展的网站和应用程序示例。我们运营着一个DAS源的公共注册库，目前该注册库包含250多个不同来源的条目。

结论

我们的DAS扩展对于管理日益增多的服务以及交换多样的生物数据集至关重要。此外，这些扩展允许开发新型应用程序并解决科学问题。DAS源注册库可在http://www.dasregistry.org获取。

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