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使用DIALIGN对基因组序列进行比对。

Alignment of genomic sequences using DIALIGN.

作者信息

Morgenstern Burkhard

机构信息

Institute of Microbiology & Genetics, University of Göttingen.

出版信息

Methods Mol Biol. 2007;395:195-204. doi: 10.1007/978-1-59745-514-5_12.

DOI:10.1007/978-1-59745-514-5_12
PMID:17993675
Abstract

DIALIGN is a software program for multiple alignment of DNA or protein sequences that combines global and local alignment features. During the last years, the program has been used extensively to compare syntenic regions in genomic sequences. An anchoring option speeds up the alignment procedure and makes it possible to use user-defined constraints to improve the quality of the program output. This chapter explains features of DIALIGN that are useful if genomic sequences are to be aligned. The program is online available through Göttingen Bioinformatics Compute Server at http://dialign.gobics.de/.

摘要

DIALIGN是一款用于DNA或蛋白质序列多重比对的软件程序,它结合了全局比对和局部比对的功能。在过去几年中,该程序被广泛用于比较基因组序列中的同线区域。一个锚定选项加快了比对过程,并使得利用用户定义的限制条件来提高程序输出质量成为可能。本章将解释DIALIGN在比对基因组序列时有用的一些功能。该程序可通过哥廷根生物信息学计算服务器在线获取,网址为http://dialign.gobics.de/ 。

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