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系统生物学:生化模型的参数估计

Systems biology: parameter estimation for biochemical models.

作者信息

Ashyraliyev Maksat, Fomekong-Nanfack Yves, Kaandorp Jaap A, Blom Joke G

机构信息

Centrum voor Wiskunde en Informatica, Amsterdam, The Netherlands.

出版信息

FEBS J. 2009 Feb;276(4):886-902. doi: 10.1111/j.1742-4658.2008.06844.x.

DOI:10.1111/j.1742-4658.2008.06844.x
PMID:19215296
Abstract

Mathematical models of biological processes have various applications: to assist in understanding the functioning of a system, to simulate experiments before actually performing them, to study situations that cannot be dealt with experimentally, etc. Some parameters in the model can be directly obtained from experiments or from the literature. Others have to be inferred by comparing model results to experiments. In this minireview, we discuss the identifiability of models, both intrinsic to the model and taking into account the available data. Furthermore, we give an overview of the most frequently used approaches to search the parameter space.

摘要

生物过程的数学模型有多种应用

有助于理解系统的功能,在实际进行实验之前模拟实验,研究无法通过实验处理的情况等。模型中的一些参数可以直接从实验或文献中获得。其他参数则必须通过将模型结果与实验进行比较来推断。在这篇小型综述中,我们讨论了模型的可识别性,包括模型本身的可识别性以及考虑可用数据后的可识别性。此外,我们概述了搜索参数空间最常用的方法。

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