• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

相似文献

1
Saint: a lightweight integration environment for model annotation.圣：模型标注的轻量级集成环境。
Bioinformatics. 2009 Nov 15;25(22):3026-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btp523. Epub 2009 Sep 4.
2
QuickGO: a web-based tool for Gene Ontology searching.QuickGO：一个基于网络的基因本体论搜索工具。
Bioinformatics. 2009 Nov 15;25(22):3045-6. doi: 10.1093/bioinformatics/btp536. Epub 2009 Sep 10.
3
PathBuilder--open source software for annotating and developing pathway resources.PathBuilder--开源软件，用于注释和开发途径资源。
Bioinformatics. 2009 Nov 1;25(21):2860-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btp453. Epub 2009 Jul 23.
4
Payao: a community platform for SBML pathway model curation.Payao：一个用于 SBML 途径模型编纂的社区平台。
Bioinformatics. 2010 May 15;26(10):1381-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btq143. Epub 2010 Apr 5.
5
ClusterControl: a web interface for distributing and monitoring bioinformatics applications on a Linux cluster.集群控制：用于在Linux集群上分发和监控生物信息学应用程序的Web界面。
Bioinformatics. 2004 Mar 22;20(5):805-7. doi: 10.1093/bioinformatics/bth014. Epub 2004 Jan 29.
6
An active registry for bioinformatics web services.生物信息学网络服务的活动注册中心。
Bioinformatics. 2009 Aug 15;25(16):2090-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btp329. Epub 2009 May 21.
7
The design of Jemboss: a graphical user interface to EMBOSS.Jemboss的设计：一个用于EMBOSS的图形用户界面。
Bioinformatics. 2003 Sep 22;19(14):1837-43. doi: 10.1093/bioinformatics/btg251.
8
The new protein topology graph library web server.新型蛋白质拓扑结构图库网络服务器。
Bioinformatics. 2016 Feb 1;32(3):474-6. doi: 10.1093/bioinformatics/btv574. Epub 2015 Oct 6.
9
Updating annotations with the distributed annotation system and the automated sequence annotation pipeline.使用分布式注释系统和自动序列注释管道更新注释。
Bioinformatics. 2012 Nov 1;28(21):2858-9. doi: 10.1093/bioinformatics/bts530. Epub 2012 Sep 3.
10
MotifNet: a web-server for network motif analysis.MotifNet：一个用于网络基元分析的网络服务器。
Bioinformatics. 2017 Jun 15;33(12):1907-1909. doi: 10.1093/bioinformatics/btx056.

引用本文的文献

1
NLIMED: Natural Language Interface for Model Entity Discovery in Biosimulation Model Repositories.NLIMED：生物模拟模型存储库中模型实体发现的自然语言接口。
Front Physiol. 2022 Feb 24;13:820683. doi: 10.3389/fphys.2022.820683. eCollection 2022.
2
Model annotation and discovery with the Physiome Model Repository.基于 Physiome 模型知识库的模型标注和发现。
BMC Bioinformatics. 2019 Sep 6;20(1):457. doi: 10.1186/s12859-019-2987-y.
3
Harmonizing semantic annotations for computational models in biology.生物学计算模型的语义标注协调。
Brief Bioinform. 2019 Mar 22;20(2):540-550. doi: 10.1093/bib/bby087.
4
Enzyme-substrate relationships in the ubiquitin system: approaches for identifying substrates of ubiquitin ligases.泛素系统中的酶-底物关系：鉴定泛素连接酶底物的方法。
Cell Mol Life Sci. 2017 Sep;74(18):3363-3375. doi: 10.1007/s00018-017-2529-6. Epub 2017 Apr 28.
5
Annotation of rule-based models with formal semantics to enable creation, analysis, reuse and visualization.用形式语义对基于规则的模型进行注释，以实现创建、分析、重用和可视化。
Bioinformatics. 2016 Mar 15;32(6):908-17. doi: 10.1093/bioinformatics/btv660. Epub 2015 Nov 11.
6
Multiscale modeling and data integration in the virtual physiological rat project.多尺度建模和数据集成在虚拟生理大鼠项目中。
Ann Biomed Eng. 2012 Nov;40(11):2365-78. doi: 10.1007/s10439-012-0611-7. Epub 2012 Jul 18.
7
Controlled vocabularies and semantics in systems biology.系统生物学中的受控词汇和语义。
Mol Syst Biol. 2011 Oct 25;7:543. doi: 10.1038/msb.2011.77.
8
Integrating systems biology models and biomedical ontologies.整合系统生物学模型与生物医学本体论。
BMC Syst Biol. 2011 Aug 11;5:124. doi: 10.1186/1752-0509-5-124.
9
Model annotation for synthetic biology: automating model to nucleotide sequence conversion.模型注释在合成生物学中的应用：将模型自动转换为核苷酸序列。
Bioinformatics. 2011 Apr 1;27(7):973-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btr048. Epub 2011 Feb 4.
10
Annotation of SBML models through rule-based semantic integration.通过基于规则的语义集成对SBML模型进行注释。
J Biomed Semantics. 2010 Jun 22;1 Suppl 1(Suppl 1):S3. doi: 10.1186/2041-1480-1-S1-S3.

本文引用的文献

1
libAnnotationSBML: a library for exploiting SBML annotations.libAnnotationSBML：一个用于利用SBML注释的库。
Bioinformatics. 2009 Sep 1;25(17):2292-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btp392. Epub 2009 Jun 26.
2
BioMart--biological queries made easy.生物集市——轻松进行生物学查询。
BMC Genomics. 2009 Jan 14;10:22. doi: 10.1186/1471-2164-10-22.
3
STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms.STRING 8——关于630种生物中蛋白质及其功能相互作用的全局视图。
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D412-6. doi: 10.1093/nar/gkn760. Epub 2008 Oct 21.
4
The CellML Model Repository.细胞标记语言（CellML）模型库
Bioinformatics. 2008 Sep 15;24(18):2122-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btn390. Epub 2008 Jul 25.
5
LibSBML: an API library for SBML.LibSBML：一个用于系统生物学标记语言（SBML）的应用程序编程接口库。
Bioinformatics. 2008 Mar 15;24(6):880-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btn051. Epub 2008 Feb 5.
6
MIRIAM Resources: tools to generate and resolve robust cross-references in Systems Biology.MIRIAM资源：用于在系统生物学中生成和解析可靠交叉引用的工具。
BMC Syst Biol. 2007 Dec 13;1:58. doi: 10.1186/1752-0509-1-58.
7
The universal protein resource (UniProt).通用蛋白质资源（UniProt）。
Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D190-5. doi: 10.1093/nar/gkm895. Epub 2007 Nov 27.
8
Model storage, exchange and integration.模型存储、交换和集成。
BMC Neurosci. 2006 Oct 30;7 Suppl 1(Suppl 1):S11. doi: 10.1186/1471-2202-7-S1-S11.
9
Minimum information requested in the annotation of biochemical models (MIRIAM).生化模型注释中所需的最小信息（MIRIAM）。
Nat Biotechnol. 2005 Dec;23(12):1509-15. doi: 10.1038/nbt1156.
10
The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models.系统生物学标记语言（SBML）：一种用于生化网络模型表示与交换的媒介。
Bioinformatics. 2003 Mar 1;19(4):524-31. doi: 10.1093/bioinformatics/btg015.

圣：模型标注的轻量级集成环境。

Saint: a lightweight integration environment for model annotation.

机构信息

Centre for Integrated Systems Biology of Ageing and Nutrition, Newcastle University and School of Computing Science, Newcastle University, Newcastle Upon Tyne, UK.

出版信息

Bioinformatics. 2009 Nov 15;25(22):3026-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btp523. Epub 2009 Sep 4.

DOI:10.1093/bioinformatics/btp523
PMID:19734151
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2773255/
Abstract

UNLABELLED

Saint is a web application which provides a lightweight annotation integration environment for quantitative biological models. The system enables modellers to rapidly mark up models with biological information derived from a range of data sources.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

Saint is freely available for use on the web at http://www.cisban.ac.uk/saint. The web application is implemented in Google Web Toolkit and Tomcat, with all major browsers supported. The Java source code is freely available for download at http://saint-annotate.sourceforge.net. The Saint web server requires an installation of libSBML and has been tested on Linux (32-bit Ubuntu 8.10 and 9.04).

摘要

未加标签

Saint 是一个网络应用程序，它为定量生物模型提供了一个轻量级的注释集成环境。该系统使建模者能够快速地用从各种数据源获得的生物信息标记模型。

可用性和实现

Saint 可在网络上免费使用，网址为 http://www.cisban.ac.uk/saint。网络应用程序是用 Google Web Toolkit 和 Tomcat 实现的，支持所有主流浏览器。Java 源代码可在 http://saint-annotate.sourceforge.net 免费下载。Saint 网络服务器需要安装 libSBML，并且已经在 Linux（32 位 Ubuntu 8.10 和 9.04）上进行了测试。