• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

Q&A: ChIP-seq technologies and the study of gene regulation.

作者信息

Liu Edison T, Pott Sebastian, Huss Mikael

机构信息

Genome Institute of Singapore, 60 Biopolis Street, Number 02-01, Genome, Singapore 138672.

出版信息

BMC Biol. 2010 May 14;8:56. doi: 10.1186/1741-7007-8-56.

DOI:10.1186/1741-7007-8-56
PMID:20529237
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2871264/
Abstract
摘要
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8976/2871264/31a522823b66/1741-7007-8-56-2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8976/2871264/fefdb6d7c512/1741-7007-8-56-1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8976/2871264/31a522823b66/1741-7007-8-56-2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8976/2871264/fefdb6d7c512/1741-7007-8-56-1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8976/2871264/31a522823b66/1741-7007-8-56-2.jpg

相似文献

1
Q&A: ChIP-seq technologies and the study of gene regulation.问答：染色质免疫沉淀测序技术与基因调控研究
BMC Biol. 2010 May 14;8:56. doi: 10.1186/1741-7007-8-56.
2
ChIP-Seq data analysis: identification of protein-DNA binding sites with SISSRs peak-finder.染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）数据分析：使用SISSRs峰检测工具鉴定蛋白质-DNA结合位点
Methods Mol Biol. 2012;802:305-22. doi: 10.1007/978-1-61779-400-1_20.
3
ChIPulate: A comprehensive ChIP-seq simulation pipeline.ChIPulate：一个全面的 ChIP-seq 模拟管道。
PLoS Comput Biol. 2019 Mar 21;15(3):e1006921. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006921. eCollection 2019 Mar.
4
Genome-wide identification of DNA-protein interactions using chromatin immunoprecipitation coupled with flow cell sequencing.利用染色质免疫沉淀结合流动池测序进行全基因组DNA-蛋白质相互作用的鉴定。
J Endocrinol. 2009 Apr;201(1):1-13. doi: 10.1677/JOE-08-0526. Epub 2009 Jan 9.
5
ChIP-seq and beyond: new and improved methodologies to detect and characterize protein-DNA interactions.ChIP-seq 及其他方法：检测和描述蛋白质-DNA 相互作用的新方法和改进方法。
Nat Rev Genet. 2012 Dec;13(12):840-52. doi: 10.1038/nrg3306. Epub 2012 Oct 23.
6
ChIP-Seq: Library Preparation and Sequencing.染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）：文库制备与测序
Methods Mol Biol. 2016;1402:101-117. doi: 10.1007/978-1-4939-3378-5_9.
7
ChIP-Seq Data Analysis to Define Transcriptional Regulatory Networks.用于定义转录调控网络的染色质免疫沉淀测序数据分析
Adv Biochem Eng Biotechnol. 2017;160:1-14. doi: 10.1007/10_2016_43.
8
Identifying Direct Downstream Targets: WT1 ChIP-Seq Analysis.鉴定直接下游靶点：WT1染色质免疫沉淀测序分析
Methods Mol Biol. 2016;1467:177-88. doi: 10.1007/978-1-4939-4023-3_15.
9
Modeling ChIP sequencing in silico with applications.在计算机上模拟染色质免疫沉淀测序及其应用
PLoS Comput Biol. 2008 Aug 22;4(8):e1000158. doi: 10.1371/journal.pcbi.1000158.
10
ChIP-seq Analysis of Human Chronic Myeloid Leukemia Cells.人类慢性粒细胞白血病细胞的染色质免疫沉淀测序分析
Methods Mol Biol. 2016;1465:129-38. doi: 10.1007/978-1-4939-4011-0_11.

引用本文的文献

1
Next-Generation Sequencing Technology: Current Trends and Advancements.下一代测序技术：当前趋势与进展
Biology (Basel). 2023 Jul 13;12(7):997. doi: 10.3390/biology12070997.
2
Characterization of Arbuscular Mycorrhizal Effector Proteins.丛枝菌根效应蛋白的特性。
Int J Mol Sci. 2023 May 23;24(11):9125. doi: 10.3390/ijms24119125.
3
Molecular and computational approaches to map regulatory elements in 3D chromatin structure.分子和计算方法在 3D 染色质结构中绘制调控元件。

本文引用的文献

1
A signal-noise model for significance analysis of ChIP-seq with negative control.ChIP-seq 阴性对照信号噪声模型的显著性分析
Bioinformatics. 2010 May 1;26(9):1199-204. doi: 10.1093/bioinformatics/btq128. Epub 2010 Apr 5.
2
A practical comparison of methods for detecting transcription factor binding sites in ChIP-seq experiments.在 ChIP-seq 实验中检测转录因子结合位点的方法的实际比较。
BMC Genomics. 2009 Dec 18;10:618. doi: 10.1186/1471-2164-10-618.
3
Chromatin profiling by directly sequencing small quantities of immunoprecipitated DNA.
Epigenetics Chromatin. 2021 Mar 19;14(1):14. doi: 10.1186/s13072-021-00390-y.
4
Analysis of Co-Associated Transcription Factors via Ordered Adjacency Differences on Motif Distribution.通过 motif 分布上的有序邻接差异分析共关联转录因子。
Sci Rep. 2017 Feb 27;7:43597. doi: 10.1038/srep43597.
5
Visual Omics Explorer (VOE): a cross-platform portal for interactive data visualization.视觉组学浏览器（VOE）：一个用于交互式数据可视化的跨平台门户。
Bioinformatics. 2016 Jul 1;32(13):2050-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btw119. Epub 2016 Mar 7.
6
Bacterial histone-like proteins: roles in stress resistance.细菌类组蛋白：在抗逆性中的作用。
Curr Genet. 2015 Nov;61(4):489-92. doi: 10.1007/s00294-015-0478-x. Epub 2015 Feb 13.
7
The sex chromosomes of frogs: variability and tolerance offer clues to genome evolution and function.青蛙的性染色体：变异性和耐受性为基因组进化及功能提供线索
J Genomics. 2014 Mar 20;2:68-76. doi: 10.7150/jgen.8044. eCollection 2014.
8
De novo detection of differentially bound regions for ChIP-seq data using peaks and windows: controlling error rates correctly.利用峰和窗口对ChIP-seq数据进行差异结合区域的从头检测：正确控制错误率。
Nucleic Acids Res. 2014 Jun;42(11):e95. doi: 10.1093/nar/gku351. Epub 2014 May 22.
9
Inhibition of factor-dependent transcription termination in Escherichia coli might relieve xenogene silencing by abrogating H-NS-DNA interactions in vivo.在大肠杆菌中抑制因子依赖性转录终止可能通过体内消除 H-NS-DNA 相互作用来缓解异种沉默。
J Biosci. 2014 Mar;39(1):53-61. doi: 10.1007/s12038-014-9413-4.
10
DROMPA: easy-to-handle peak calling and visualization software for the computational analysis and validation of ChIP-seq data.DROMPA：用于ChIP-seq数据计算分析和验证的易于操作的峰检测与可视化软件。
Genes Cells. 2013 Jul;18(7):589-601. doi: 10.1111/gtc.12058. Epub 2013 May 15.
通过直接测序少量免疫沉淀 DNA 进行染色质分析。
Nat Methods. 2010 Jan;7(1):47-9. doi: 10.1038/nmeth.1404. Epub 2009 Nov 29.
4
An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome.一个与雌激素受体α结合的人类染色质相互作用组。
Nature. 2009 Nov 5;462(7269):58-64. doi: 10.1038/nature08497.
5
Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies.染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）和RNA测序（RNA-seq）研究的计算
Nat Methods. 2009 Nov;6(11 Suppl):S22-32. doi: 10.1038/nmeth.1371.
6
Genome-wide mapping of HATs and HDACs reveals distinct functions in active and inactive genes.全基因组范围内对组蛋白乙酰转移酶（HATs）和组蛋白去乙酰化酶（HDACs）的图谱绘制揭示了它们在活跃基因和非活跃基因中的不同功能。
Cell. 2009 Sep 4;138(5):1019-31. doi: 10.1016/j.cell.2009.06.049. Epub 2009 Aug 20.
7
Impact of chromatin structures on DNA processing for genomic analyses.染色质结构对基因组分析中 DNA 处理的影响。
PLoS One. 2009 Aug 20;4(8):e6700. doi: 10.1371/journal.pone.0006700.
8
Comparative study on ChIP-seq data: normalization and binding pattern characterization.ChIP-seq 数据的比较研究：标准化和结合模式特征分析。
Bioinformatics. 2009 Sep 15;25(18):2334-40. doi: 10.1093/bioinformatics/btp384. Epub 2009 Jun 26.
9
A clustering approach for identification of enriched domains from histone modification ChIP-Seq data.一种基于聚类的方法，用于从组蛋白修饰 ChIP-Seq 数据中识别富集结构域。
Bioinformatics. 2009 Aug 1;25(15):1952-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btp340. Epub 2009 Jun 8.
10
Inherent signals in sequencing-based Chromatin-ImmunoPrecipitation control libraries.基于测序的染色质免疫沉淀对照文库中的固有信号。
PLoS One. 2009;4(4):e5241. doi: 10.1371/journal.pone.0005241. Epub 2009 Apr 15.