• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

SINE 反转录转座子、Pol III-Pol II 转录和染色质组织之间的基因组关系:从垃圾到珍宝的旅程。

Genomic relationship between SINE retrotransposons, Pol III-Pol II transcription, and chromatin organization: the journey from junk to jewel.

机构信息

Buck Institute for Age Research, Novato, CA 94945, USA.

出版信息

Biochem Cell Biol. 2011 Oct;89(5):495-504. doi: 10.1139/o11-046. Epub 2011 Sep 14.

DOI:10.1139/o11-046
PMID:21916613
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3660135/
Abstract

A typical eukaryotic genome harbors a rich variety of repetitive elements. The most abundant are retrotransposons, mobile retroelements that utilize reverse transcriptase and an RNA intermediate to relocate to a new location within the cellular genomes. A vast majority of the repetitive mammalian genome content has originated from the retrotransposition of SINE (100-300 bp short interspersed nuclear elements that are derived from the structural 7SL RNA or tRNA), LINE (7kb long interspersed nuclear element), and LTR (2-3 kb long terminal repeats) transposable element superfamilies. Broadly labeled as "evolutionary junkyard" or "fossils", this enigmatic "dark matter" of the genome possesses many yet to be discovered properties.

摘要

真核生物基因组中蕴藏着丰富多样的重复元件。其中最丰富的是逆转录转座子,它们是利用逆转录酶和 RNA 中间体将自身转移到细胞基因组中新位置的移动反转录元件。哺乳动物基因组中绝大多数重复序列都来源于 SINE(100-300bp 短散在核元件,来源于结构 7SL RNA 或 tRNA)、LINE(7kb 长散在核元件)和 LTR(2-3kb 长末端重复)转座元件超家族的逆转录转座。这些重复元件被广泛标记为“进化垃圾场”或“化石”,基因组中这些神秘的“暗物质”具有许多尚未被发现的特性。

相似文献

1
Genomic relationship between SINE retrotransposons, Pol III-Pol II transcription, and chromatin organization: the journey from junk to jewel.SINE 反转录转座子、Pol III-Pol II 转录和染色质组织之间的基因组关系:从垃圾到珍宝的旅程。
Biochem Cell Biol. 2011 Oct;89(5):495-504. doi: 10.1139/o11-046. Epub 2011 Sep 14.
2
Transposable B2 SINE elements can provide mobile RNA polymerase II promoters.可转座的B2短散在核元件可提供移动的RNA聚合酶II启动子。
Nat Genet. 2001 May;28(1):77-81. doi: 10.1038/ng0501-77.
3
A novel class of SINE elements derived from 5S rRNA.一类源自5S rRNA的新型短散在重复元件。
Mol Biol Evol. 2003 May;20(5):694-702. doi: 10.1093/molbev/msg075. Epub 2003 Apr 2.
4
Expression of Retroelements in Mammalian Gametes and Embryos.哺乳动物配子和胚胎中逆转录元件的表达。
In Vivo. 2021 Jul-Aug;35(4):1921-1927. doi: 10.21873/invivo.12458.
5
Analysis of SINE Families B2, Dip, and Ves with Special Reference to Polyadenylation Signals and Transcription Terminators.SINE 家族 B2、Dip 和 Ves 的分析,特别关注多聚腺苷酸化信号和转录终止子。
Int J Mol Sci. 2021 Sep 13;22(18):9897. doi: 10.3390/ijms22189897.
6
Epigenetic regulation of transcription and possible functions of mammalian short interspersed elements, SINEs.转录的表观遗传调控以及哺乳动物短散在元件(SINEs)的可能功能
Genes Genet Syst. 2013;88(1):19-29. doi: 10.1266/ggs.88.19.
7
The evolution of two partner LINE/SINE families and a full-length chromodomain-containing Ty3/Gypsy LTR element in the first reptilian genome of Anolis carolinensis.卡罗莱纳安乐蜥首个爬行动物基因组中两个伙伴LINE/SINE家族及一个含全长染色质结构域的Ty3/Gypsy LTR元件的进化。
Gene. 2009 Jul 15;441(1-2):111-8. doi: 10.1016/j.gene.2008.11.030. Epub 2008 Dec 14.
8
Exceptional diversity, non-random distribution, and rapid evolution of retroelements in the B73 maize genome.玉米 B73 基因组中的逆转座子具有丰富的多样性、非随机分布和快速进化。
PLoS Genet. 2009 Nov;5(11):e1000732. doi: 10.1371/journal.pgen.1000732. Epub 2009 Nov 20.
9
Identification of non-autonomous non-LTR retrotransposons in the genome of Trypanosoma cruzi.克氏锥虫基因组中非自主非长末端重复反转录转座子的鉴定
Mol Biochem Parasitol. 2002 Sep-Oct;124(1-2):73-8. doi: 10.1016/s0166-6851(02)00167-6.
10
The non-LTR retrotransposons of Entamoeba histolytica: genomic organization and biology.溶组织内阿米巴非 LTR 反转录转座子:基因组组织和生物学。
Mol Genet Genomics. 2022 Jan;297(1):1-18. doi: 10.1007/s00438-021-01843-5. Epub 2022 Jan 9.

引用本文的文献

1
PIF/harbinger transposon-derived protein promotes 7SL expression to enhance pathogen resistance.PIF/先驱转座子衍生蛋白促进7SL表达以增强病原体抗性。
EMBO Rep. 2025 Mar;26(5):1196-1211. doi: 10.1038/s44319-025-00379-8. Epub 2025 Jan 30.
2
Cytogenetic bands and sharp peaks of Alu underlie large-scale segmental regulation of nuclear genome architecture.着丝粒区带和 Alu 短散在重复序列的尖锐峰是核基因组结构的大范围节段性调控的基础。
Nucleus. 2024 Dec;15(1):2400525. doi: 10.1080/19491034.2024.2400525. Epub 2024 Oct 8.
3
Decryption of sequence, structure, and functional features of SINE repeat elements in SINEUP non-coding RNA-mediated post-transcriptional gene regulation.SINEUP 非编码 RNA 介导的转录后基因调控中 SINE 重复元件序列、结构和功能特征的解密。
Nat Commun. 2024 Feb 21;15(1):1400. doi: 10.1038/s41467-024-45517-3.
4
Differences in Alu vs L1-rich chromosome bands underpin architectural reorganization of the inactive-X chromosome and SAHFs.富含Alu与富含L1的染色体带的差异是失活X染色体和衰老相关异染色质聚集体结构重组的基础。
bioRxiv. 2024 Jan 9:2024.01.09.574742. doi: 10.1101/2024.01.09.574742.
5
Plant Regulomics Portal (PRP): a comprehensive integrated regulatory information and analysis portal for plant genomes.植物调控组学门户(PRP):一个全面的综合调控信息和分析植物基因组门户。
Database (Oxford). 2019 Jan 1;2019. doi: 10.1093/database/baz130.
6
Linkage disequilibrium and functional analysis of PRE1 insertion together with SNPs in the promoter region of IGFBP7 gene in different pig breeds.不同猪种中IGFBP7基因启动子区域PRE1插入与单核苷酸多态性的连锁不平衡及功能分析
J Appl Genet. 2018 May;59(2):231-241. doi: 10.1007/s13353-018-0430-0. Epub 2018 Mar 25.
7
The 3D folding of metazoan genomes correlates with the association of similar repetitive elements.后生动物基因组的三维折叠与相似重复元件的关联相关。
Nucleic Acids Res. 2016 Jan 8;44(1):245-55. doi: 10.1093/nar/gkv1292. Epub 2015 Nov 24.
8
Identification of a recently active mammalian SINE derived from ribosomal RNA.源自核糖体RNA的近期活跃的哺乳动物短散在重复元件的鉴定。
Genome Biol Evol. 2015 Jan 29;7(3):775-88. doi: 10.1093/gbe/evv015.
9
Growth signals employ CGGBP1 to suppress transcription of Alu-SINEs.生长信号利用CGGBP1抑制Alu短散在核元件的转录。
Cell Cycle. 2016 Jun 17;15(12):1558-71. doi: 10.4161/15384101.2014.967094.
10
RNAs nonspecifically inhibit RNA polymerase II by preventing binding to the DNA template.非特异性 RNA 可通过阻止 RNA 聚合酶 II 与 DNA 模板结合来抑制其活性。
RNA. 2014 May;20(5):644-55. doi: 10.1261/rna.040444.113. Epub 2014 Mar 10.

本文引用的文献

1
Dioxin receptor and SLUG transcription factors regulate the insulator activity of B1 SINE retrotransposons via an RNA polymerase switch.二恶英受体和 SLUG 转录因子通过 RNA 聚合酶转换调节 B1 SINE 反转录转座子的绝缘子活性。
Genome Res. 2011 Mar;21(3):422-32. doi: 10.1101/gr.111203.110. Epub 2011 Feb 3.
2
Cell growth- and differentiation-dependent regulation of RNA polymerase III transcription.细胞生长和分化依赖性调节 RNA 聚合酶 III 转录。
Cell Cycle. 2010 Sep 15;9(18):3687-99. doi: 10.4161/cc.9.18.13203. Epub 2010 Sep 1.
3
LINE-1 activity in facultative heterochromatin formation during X chromosome inactivation.LINE-1 活性在 X 染色体失活过程中形成兼性异染色质。
Cell. 2010 Jun 11;141(6):956-69. doi: 10.1016/j.cell.2010.04.042.
4
Condensin and cohesin complexity: the expanding repertoire of functions.凝聚素和黏合素的复杂性:功能不断扩展。
Nat Rev Genet. 2010 Jun;11(6):391-404. doi: 10.1038/nrg2794. Epub 2010 May 5.
5
Insulators and promoters: closer than we think.绝缘子和启动子:比我们想象的更接近。
Nat Rev Genet. 2010 Jun;11(6):439-46. doi: 10.1038/nrg2765. Epub 2010 May 5.
6
Genomic binding profiles of functionally distinct RNA polymerase III transcription complexes in human cells.人类细胞中功能不同的 RNA 聚合酶 III 转录复合物的基因组结合图谱。
Nat Struct Mol Biol. 2010 May;17(5):635-40. doi: 10.1038/nsmb.1794. Epub 2010 Apr 25.
7
Human RNA polymerase III transcriptomes and relationships to Pol II promoter chromatin and enhancer-binding factors.人类 RNA 聚合酶 III 转录组及其与 Pol II 启动子染色质和增强子结合因子的关系。
Nat Struct Mol Biol. 2010 May;17(5):620-8. doi: 10.1038/nsmb.1801. Epub 2010 Apr 25.
8
Pol II and its associated epigenetic marks are present at Pol III-transcribed noncoding RNA genes.Pol II 及其相关的表观遗传标记存在于 Pol III 转录的非编码 RNA 基因中。
Nat Struct Mol Biol. 2010 May;17(5):629-34. doi: 10.1038/nsmb.1806. Epub 2010 Apr 25.
9
Genomic gems: SINE RNAs regulate mRNA production.基因组瑰宝:SINE RNA 调控 mRNA 的生成。
Curr Opin Genet Dev. 2010 Apr;20(2):149-55. doi: 10.1016/j.gde.2010.01.004. Epub 2010 Feb 20.
10
Nuclear receptor-induced chromosomal proximity and DNA breaks underlie specific translocations in cancer.核受体诱导的染色体接近和 DNA 断裂是癌症中特定易位的基础。
Cell. 2009 Dec 11;139(6):1069-83. doi: 10.1016/j.cell.2009.11.030.