• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

十年蛋白质组学数据标准化:HUPO-PSI 春季研讨会报告:2012 年 4 月 12-14 日,美国圣地亚哥。

Ten years of standardizing proteomic data: a report on the HUPO-PSI Spring Workshop: April 12-14th, 2012, San Diego, USA.

机构信息

EMBL Outstation - European Bioinformatics Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK.

出版信息

Proteomics. 2012 Sep;12(18):2767-72. doi: 10.1002/pmic.201270126.

DOI:10.1002/pmic.201270126
PMID:22969026
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3895333/
Abstract

The Human Proteome Organisation Proteomics Standards Initiative (HUPO-PSI) was established in 2002 with the aim of defining community standards for data representation in proteomics and facilitating data comparison, exchange and verification. Over the last 10 years significant advances have been made, with common data standards now published and implemented in the field of both mass spectrometry and molecular interactions. The 2012 meeting further advanced this work, with the mass spectrometry groups finalising approaches to capturing the output from recent developments in the field, such as quantitative proteomics and SRM. The molecular interaction group focused on improving the integration of data from multiple resources. Both groups united with a guest work track, organized by the HUPO Technology/Standards Committee, to formulate proposals for data submissions from the HUPO Human Proteome Project and to start an initiative to collect standard experimental protocols.

摘要

人类蛋白质组组织蛋白质组学标准倡议(HUPO-PSI)成立于 2002 年,旨在定义蛋白质组学中数据表示的社区标准,并促进数据比较、交换和验证。在过去的 10 年中,已经取得了重大进展,目前在质谱和分子相互作用领域都发布和实施了通用数据标准。2012 年的会议进一步推进了这项工作,质谱组最终确定了如何捕获该领域最新发展的结果,如定量蛋白质组学和 SRM。分子相互作用组则专注于改进来自多个资源的数据的整合。这两个组与一个由 HUPO 技术/标准委员会组织的客座工作组一起,提出了 HUPO 人类蛋白质组计划的数据提交建议,并启动了一项收集标准实验方案的倡议。

相似文献

1
Ten years of standardizing proteomic data: a report on the HUPO-PSI Spring Workshop: April 12-14th, 2012, San Diego, USA.十年蛋白质组学数据标准化:HUPO-PSI 春季研讨会报告:2012 年 4 月 12-14 日,美国圣地亚哥。
Proteomics. 2012 Sep;12(18):2767-72. doi: 10.1002/pmic.201270126.
2
Preparing to work with big data in proteomics - a report on the HUPO-PSI Spring Workshop: April 15-17, 2013, Liverpool, UK.准备在蛋白质组学中使用大数据 - HUPO-PSI 春季研讨会报告:2013 年 4 月 15-17 日,英国利物浦。
Proteomics. 2013 Oct;13(20):2931-7. doi: 10.1002/pmic.201370166.
3
Data standardization by the HUPO-PSI: how has the community benefitted?人类蛋白质组组织蛋白质组学标准倡议(HUPO-PSI)的数据标准化:该领域如何从中受益?
Methods Mol Biol. 2011;696:149-60. doi: 10.1007/978-1-60761-987-1_9.
4
Development of data representation standards by the human proteome organization proteomics standards initiative.人类蛋白质组组织蛋白质组学标准倡议组织的数据表示标准的制定。
J Am Med Inform Assoc. 2015 May;22(3):495-506. doi: 10.1093/jamia/ocv001. Epub 2015 Feb 28.
5
The HUPO pre-congress Proteomics Standards Initiative workshop. HUPO 5th annual World Congress. Long Beach, CA, USA 28 October-1 November 2006.国际人类蛋白质组组织会前蛋白质组学标准倡议研讨会。国际人类蛋白质组组织第五届年度世界大会。美国加利福尼亚州长滩,2006年10月28日至11月1日。
Proteomics. 2007 Apr;7(7):1006-8. doi: 10.1002/pmic.200700014.
6
The HUPO proteomics standards initiative--overcoming the fragmentation of proteomics data.人类蛋白质组组织蛋白质组学标准计划——克服蛋白质组学数据的碎片化问题
Proteomics. 2006 Sep;6 Suppl 2:34-8. doi: 10.1002/pmic.200600537.
7
Autumn 2005 Workshop of the Human Proteome Organisation Proteomics Standards Initiative (HUPO-PSI) Geneva, September, 4-6, 2005.人类蛋白质组组织蛋白质组学标准倡议(HUPO-PSI)2005年秋季研讨会,2005年9月4日至6日于日内瓦召开。
Proteomics. 2006 Feb;6(3):738-41. doi: 10.1002/pmic.200500868.
8
Meeting new challenges: The 2014 HUPO-PSI/COSMOS Workshop: 13-15 April 2014, Frankfurt, Germany.迎接新挑战:2014年HUPO-PSI/COSMOS研讨会:2014年4月13日至15日,德国法兰克福
Proteomics. 2014 Nov;14(21-22):2363-8. doi: 10.1002/pmic.201470164. Epub 2014 Oct 9.
9
Guidelines for reporting quantitative mass spectrometry based experiments in proteomics.蛋白质组学中基于定量质谱实验报告的指南。
J Proteomics. 2013 Dec 16;95:84-8. doi: 10.1016/j.jprot.2013.02.026. Epub 2013 Mar 14.
10
The work of the Human Proteome Organisation's Proteomics Standards Initiative (HUPO PSI).人类蛋白质组组织蛋白质组学标准倡议(HUPO PSI)的工作。
OMICS. 2006 Summer;10(2):145-51. doi: 10.1089/omi.2006.10.145.

引用本文的文献

1
Human biomarker interpretation: the importance of intra-class correlation coefficients (ICC) and their calculations based on mixed models, ANOVA, and variance estimates.人体生物标志物解读:组内相关系数(ICC)的重要性及其基于混合模型、方差分析和方差估计的计算。
J Toxicol Environ Health B Crit Rev. 2018;21(3):161-180. doi: 10.1080/10937404.2018.1490128. Epub 2018 Aug 1.
2
Harnessing Integrative Omics to Facilitate Molecular Imaging of the Human Epidermal Growth Factor Receptor Family for Precision Medicine.利用整合组学促进人类表皮生长因子受体家族的分子成像以实现精准医学
Theranostics. 2017 May 27;7(7):2111-2133. doi: 10.7150/thno.17934. eCollection 2017.
3
YPED: an integrated bioinformatics suite and database for mass spectrometry-based proteomics research.YPED:一个用于基于质谱的蛋白质组学研究的综合生物信息学套件和数据库。
Genomics Proteomics Bioinformatics. 2015 Feb;13(1):25-35. doi: 10.1016/j.gpb.2014.11.002. Epub 2015 Feb 21.
4
qcML: an exchange format for quality control metrics from mass spectrometry experiments.qcML:一种用于质谱实验质量控制指标的交换格式。
Mol Cell Proteomics. 2014 Aug;13(8):1905-13. doi: 10.1074/mcp.M113.035907. Epub 2014 Apr 23.
5
Hands-on workshops as an effective means of learning advanced technologies including genomics, proteomics and bioinformatics.动手实践工作坊是学习基因组学、蛋白质组学和生物信息学等先进技术的有效手段。
Genomics Proteomics Bioinformatics. 2013 Dec;11(6):368-77. doi: 10.1016/j.gpb.2013.10.002. Epub 2013 Dec 6.
6
Differential expression of serum/plasma proteins in various infectious diseases: specific or nonspecific signatures.各种感染性疾病血清/血浆蛋白质的差异表达:特异性或非特异性特征。
Proteomics Clin Appl. 2014 Feb;8(1-2):53-72. doi: 10.1002/prca.201300074. Epub 2013 Dec 27.
7
InterMOD: integrated data and tools for the unification of model organism research.InterMOD:用于整合模式生物研究数据和工具的集成系统。
Sci Rep. 2013;3:1802. doi: 10.1038/srep01802.
8
The mzQuantML data standard for mass spectrometry-based quantitative studies in proteomics.基于质谱的蛋白质组学定量研究的 mzQuantML 数据标准。
Mol Cell Proteomics. 2013 Aug;12(8):2332-40. doi: 10.1074/mcp.O113.028506. Epub 2013 Apr 18.

本文引用的文献

1
Protein interaction data curation: the International Molecular Exchange (IMEx) consortium.蛋白质相互作用数据编纂:国际分子交换(IMEx)联盟。
Nat Methods. 2012 Apr;9(4):345-50. doi: 10.1038/nmeth.1931.
2
The mzIdentML data standard for mass spectrometry-based proteomics results.基于质谱的蛋白质组学结果的 mzIdentML 数据标准。
Mol Cell Proteomics. 2012 Jul;11(7):M111.014381. doi: 10.1074/mcp.M111.014381. Epub 2012 Feb 27.
3
TraML--a standard format for exchange of selected reaction monitoring transition lists.TraML--一种用于交换选择反应监测转换列表的标准格式。
Mol Cell Proteomics. 2012 Apr;11(4):R111.015040. doi: 10.1074/mcp.R111.015040. Epub 2011 Dec 12.
4
The human proteome project: current state and future direction.人类蛋白质组计划:现状与未来方向。
Mol Cell Proteomics. 2011 Jul;10(7):M111.009993. doi: 10.1074/mcp.M111.009993.
5
PSICQUIC and PSISCORE: accessing and scoring molecular interactions.PSICQUIC和PSISCORE:获取和评分分子相互作用。
Nat Methods. 2011 Jun 29;8(7):528-9. doi: 10.1038/nmeth.1637.
6
Data standardization by the HUPO-PSI: how has the community benefitted?人类蛋白质组组织蛋白质组学标准倡议(HUPO-PSI)的数据标准化:该领域如何从中受益?
Methods Mol Biol. 2011;696:149-60. doi: 10.1007/978-1-60761-987-1_9.
7
ProteoWizard: open source software for rapid proteomics tools development.ProteoWizard:用于快速蛋白质组学工具开发的开源软件。
Bioinformatics. 2008 Nov 1;24(21):2534-6. doi: 10.1093/bioinformatics/btn323. Epub 2008 Jul 7.