• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

腺苷钴胺素核糖开关的配体结合和基因表达控制的结构见解。

Structural insights into ligand binding and gene expression control by an adenosylcobalamin riboswitch.

机构信息

Department of Biochemistry and Molecular Pharmacology, New York University School of Medicine, New York, New York, USA.

出版信息

Nat Struct Mol Biol. 2012 Nov;19(11):1182-4. doi: 10.1038/nsmb.2405. Epub 2012 Oct 14.

DOI:10.1038/nsmb.2405
PMID:23064646
Abstract

Coenzyme B(12) has a key role in various enzymatic reactions and controls expression of bacterial genes through riboswitches. Here we report the crystal structure of the Symbiobacterium thermophilum B(12) riboswitch bound to its ligand adenosylcobalamin. The riboswitch forms a unique junctional structure with a large ligand-binding pocket tailored for specific recognition of the adenosyl moiety and flanked by structural elements that stabilize the regulatory region and enable control of gene expression.

摘要

辅酶 B(12) 在各种酶反应中起着关键作用,并通过核糖体开关控制细菌基因的表达。在这里,我们报告了与配体腺苷钴胺素结合的嗜热栖热菌 B(12) 核糖体开关的晶体结构。该核糖体开关形成了一个独特的连接结构,具有一个大型配体结合口袋,专门用于对腺苷部分进行特异性识别,并由稳定调节区域和控制基因表达的结构元件侧翼。

相似文献

1
Structural insights into ligand binding and gene expression control by an adenosylcobalamin riboswitch.腺苷钴胺素核糖开关的配体结合和基因表达控制的结构见解。
Nat Struct Mol Biol. 2012 Nov;19(11):1182-4. doi: 10.1038/nsmb.2405. Epub 2012 Oct 14.
2
Ancient, giant riboswitches at atomic resolution.原子分辨率下的古老巨型核糖开关。
Nat Struct Mol Biol. 2012 Dec;19(12):1208-9. doi: 10.1038/nsmb.2453. Epub 2012 Nov 11.
3
A kissing loop is important for btuB riboswitch ligand sensing and regulatory control.接吻环对于btuB核糖开关的配体感知和调控控制很重要。
J Biol Chem. 2015 Oct 30;290(44):26739-51. doi: 10.1074/jbc.M115.684134. Epub 2015 Sep 14.
4
Riboswitches. A riboswitch-containing sRNA controls gene expression by sequestration of a response regulator.核糖开关。一种含有核糖开关的小 RNA 通过隔离一个响应调节剂来控制基因表达。
Science. 2014 Aug 22;345(6199):937-40. doi: 10.1126/science.1255091.
5
Transcriptional pausing coordinates folding of the aptamer domain and the expression platform of a riboswitch.转录暂停协调适体结构域和核酶表达平台的折叠。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Feb 28;109(9):3323-8. doi: 10.1073/pnas.1113086109. Epub 2012 Feb 13.
6
Cobalamin riboswitches exhibit a broad range of ability to discriminate between methylcobalamin and adenosylcobalamin.钴胺素核糖开关在区分甲基钴胺素和腺苷钴胺素方面表现出广泛的能力。
J Biol Chem. 2017 Jul 14;292(28):11650-11658. doi: 10.1074/jbc.M117.787176. Epub 2017 May 8.
7
Structural insights into ligand recognition by a sensing domain of the cooperative glycine riboswitch.合作型甘氨酸核糖开关感应结构域识别配体的结构见解。
Mol Cell. 2010 Dec 10;40(5):774-86. doi: 10.1016/j.molcel.2010.11.026.
8
Preparation and Crystallization of Riboswitches.核糖开关的制备与结晶
Methods Mol Biol. 2016;1320:21-36. doi: 10.1007/978-1-4939-2763-0_3.
9
Molecular mechanism for preQ1-II riboswitch function revealed by molecular dynamics.分子动力学揭示的preQ1-II核糖开关功能的分子机制
RNA. 2015 Nov;21(11):1898-907. doi: 10.1261/rna.051367.115. Epub 2015 Sep 14.
10
SAM-VI riboswitch structure and signature for ligand discrimination.SAM-VI 核糖开关的结构及其对配体的识别特征。
Nat Commun. 2019 Dec 16;10(1):5728. doi: 10.1038/s41467-019-13600-9.

引用本文的文献

1
Designing small molecules targeting a cryptic RNA binding site through base displacement.通过碱基置换设计靶向隐蔽RNA结合位点的小分子。
Nat Chem Biol. 2025 Aug 29. doi: 10.1038/s41589-025-02018-8.
2
The Corrinoid Model for Dissecting Microbial Community Interactions Across Scales.用于剖析跨尺度微生物群落相互作用的类咕啉模型。
Annu Rev Microbiol. 2025 Jun 27. doi: 10.1146/annurev-micro-051024-044734.
3
Designing small molecules that target a cryptic RNA binding site via base displacement.通过碱基置换设计靶向隐蔽RNA结合位点的小分子。

本文引用的文献

1
Features and development of Coot.Coot的特点与发展
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2010 Apr;66(Pt 4):486-501. doi: 10.1107/S0907444910007493. Epub 2010 Mar 24.
2
PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.PHENIX:一个基于Python的用于大分子结构解析的综合系统。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2010 Feb;66(Pt 2):213-21. doi: 10.1107/S0907444909052925. Epub 2010 Jan 22.
3
A trans-acting riboswitch controls expression of the virulence regulator PrfA in Listeria monocytogenes.
Res Sq. 2025 Jan 29:rs.3.rs-5836924. doi: 10.21203/rs.3.rs-5836924/v1.
4
A novel regulatory interplay between atypical B12 riboswitches and uORF translation in Mycobacterium tuberculosis.新型非典型 B12 核糖开关与结核分枝杆菌 uORF 翻译的调控相互作用。
Nucleic Acids Res. 2024 Jul 22;52(13):7876-7892. doi: 10.1093/nar/gkae338.
5
RmsdXNA: RMSD prediction of nucleic acid-ligand docking poses using machine-learning method.RmsdXNA:使用机器学习方法预测核酸-配体对接构象的 RMSD。
Brief Bioinform. 2024 Mar 27;25(3). doi: 10.1093/bib/bbae166.
6
Single-Molecule X-ray Scattering Used to Visualize the Conformation Distribution of Biological Molecules via Single-Object Scattering Sampling.单分子 X 射线散射用于通过单物体散射采样可视化生物分子的构象分布。
Int J Mol Sci. 2023 Dec 5;24(24):17135. doi: 10.3390/ijms242417135.
7
Targeting Riboswitches with Beta-Axial-Substituted Cobalamins.靶向核糖开关的β-轴向取代钴胺素
ACS Chem Biol. 2023 May 19;18(5):1136-1147. doi: 10.1021/acschembio.2c00939. Epub 2023 Apr 24.
8
Context-dependence of T-loop Mediated Long-range RNA Tertiary Interactions.T 环介导的长距离 RNA 三级相互作用的上下文相关性。
J Mol Biol. 2023 May 15;435(10):168070. doi: 10.1016/j.jmb.2023.168070. Epub 2023 Mar 31.
9
Cobalamin Riboswitches Are Broadly Sensitive to Corrinoid Cofactors to Enable an Efficient Gene Regulatory Strategy.钴胺素核糖开关广泛感知类咕啉辅因子,以实现高效的基因调控策略。
mBio. 2022 Oct 26;13(5):e0112122. doi: 10.1128/mbio.01121-22. Epub 2022 Aug 22.
10
Regulation of Gene Expression Through Effector-dependent Conformational Switching by Cobalamin Riboswitches.通过钴胺素核糖开关的效应子依赖性构象转换调控基因表达。
J Mol Biol. 2022 Sep 30;434(18):167585. doi: 10.1016/j.jmb.2022.167585. Epub 2022 Apr 12.
一种反式作用核糖开关控制单核细胞增生李斯特菌中毒力调节因子PrfA的表达。
Cell. 2009 Nov 13;139(4):770-9. doi: 10.1016/j.cell.2009.08.046.
4
Preparation and crystallization of riboswitch-ligand complexes.核糖开关-配体复合物的制备与结晶
Methods Mol Biol. 2009;540:115-28. doi: 10.1007/978-1-59745-558-9_9.
5
Coenzyme recognition and gene regulation by a flavin mononucleotide riboswitch.黄素单核苷酸核糖开关对辅酶的识别与基因调控
Nature. 2009 Mar 12;458(7235):233-7. doi: 10.1038/nature07642. Epub 2009 Jan 25.
6
The UA_handle: a versatile submotif in stable RNA architectures.UA_handle:稳定RNA结构中的一种通用亚基序。
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(1):215-30. doi: 10.1093/nar/gkn911. Epub 2008 Nov 26.
7
Structural insights into amino acid binding and gene control by a lysine riboswitch.赖氨酸核糖开关对氨基酸结合和基因控制的结构洞察。
Nature. 2008 Oct 30;455(7217):1263-7. doi: 10.1038/nature07326. Epub 2008 Sep 10.
8
The corrin moiety of coenzyme B12 is the determinant for switching the btuB riboswitch of E. coli.辅酶B12的咕啉部分是大肠杆菌btuB核糖开关转换的决定因素。
Chembiochem. 2008 Jun 16;9(9):1408-14. doi: 10.1002/cbic.200800099.
9
A riboswitch regulates expression of the coenzyme B12-independent methionine synthase in Mycobacterium tuberculosis: implications for differential methionine synthase function in strains H37Rv and CDC1551.一种核糖开关调控结核分枝杆菌中不依赖辅酶B12的甲硫氨酸合酶的表达:对H37Rv和CDC1551菌株中甲硫氨酸合酶差异功能的影响。
J Bacteriol. 2007 May;189(9):3655-9. doi: 10.1128/JB.00040-07. Epub 2007 Feb 16.
10
Coenzyme B12 controls transcription of the Streptomyces class Ia ribonucleotide reductase nrdABS operon via a riboswitch mechanism.辅酶B12通过核糖开关机制控制链霉菌I类核糖核苷酸还原酶nrdABS操纵子的转录。
J Bacteriol. 2006 Apr;188(7):2512-20. doi: 10.1128/JB.188.7.2512-2520.2006.