• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

利用样本身份的数字编码进行大规模转座元件插入位点的绘制。

Large-scale mapping of transposable element insertion sites using digital encoding of sample identity.

机构信息

Department of Neurobiology, Stanford University, Stanford, California 94305.

出版信息

Genetics. 2014 Mar;196(3):615-23. doi: 10.1534/genetics.113.159483. Epub 2013 Dec 27.

DOI:10.1534/genetics.113.159483
PMID:24374352
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3948795/
Abstract

Determining the genomic locations of transposable elements is a common experimental goal. When mapping large collections of transposon insertions, individualized amplification and sequencing is both time consuming and costly. We describe an approach in which large numbers of insertion lines can be simultaneously mapped in a single DNA sequencing reaction by using digital error-correcting codes to encode line identity in a unique set of barcoded pools.

摘要

确定转座元件的基因组位置是一个常见的实验目标。当绘制大量转座子插入的图谱时,单独的扩增和测序既耗时又昂贵。我们描述了一种方法,通过使用数字纠错码将线的身份编码在一组独特的带条码的池中来在单个 DNA 测序反应中同时映射大量的插入线。

相似文献

1
Large-scale mapping of transposable element insertion sites using digital encoding of sample identity.利用样本身份的数字编码进行大规模转座元件插入位点的绘制。
Genetics. 2014 Mar;196(3):615-23. doi: 10.1534/genetics.113.159483. Epub 2013 Dec 27.
2
Transposon Insertion Finder (TIF): a novel program for detection of de novo transpositions of transposable elements.转座子插入查找器(TIF):一种用于检测新出现的转座子转座的新型程序。
BMC Bioinformatics. 2014 Mar 14;15:71. doi: 10.1186/1471-2105-15-71.
3
Testing the palindromic target site model for DNA transposon insertion using the Drosophila melanogaster P-element.使用黑腹果蝇P因子测试DNA转座子插入的回文靶位点模型。
Nucleic Acids Res. 2008 Nov;36(19):6199-208. doi: 10.1093/nar/gkn563. Epub 2008 Oct 1.
4
Minos as a genetic and genomic tool in Drosophila melanogaster.米诺斯作为黑腹果蝇中的一种遗传和基因组工具。
Genetics. 2005 Oct;171(2):571-81. doi: 10.1534/genetics.105.041848. Epub 2005 Jun 21.
5
Unique transposon landscapes are pervasive across Drosophila melanogaster genomes.独特的转座子图谱在黑腹果蝇基因组中普遍存在。
Nucleic Acids Res. 2015 Dec 15;43(22):10655-72. doi: 10.1093/nar/gkv1193. Epub 2015 Nov 17.
6
Sequencing of pooled DNA samples (Pool-Seq) uncovers complex dynamics of transposable element insertions in Drosophila melanogaster.对 DNA 混合样本进行测序(Pool-Seq)揭示了黑腹果蝇中转座元件插入的复杂动态。
PLoS Genet. 2012 Jan;8(1):e1002487. doi: 10.1371/journal.pgen.1002487. Epub 2012 Jan 26.
7
An inverse PCR screen for the detection of P element insertions in cloned genomic intervals in Drosophila melanogaster.用于检测黑腹果蝇克隆基因组区间中P因子插入的反向PCR筛选。
Genetics. 1995 Feb;139(2):757-66. doi: 10.1093/genetics/139.2.757.
8
Mapping and identification of essential gene functions on the X chromosome of Drosophila.果蝇X染色体上必需基因功能的定位与鉴定。
EMBO Rep. 2002 Jan;3(1):34-8. doi: 10.1093/embo-reports/kvf012. Epub 2001 Dec 19.
9
Genome-Wide Estimates of Transposable Element Insertion and Deletion Rates in Drosophila Melanogaster.黑腹果蝇转座元件插入和缺失率的全基因组估计
Genome Biol Evol. 2017 May 1;9(5):1329-1340. doi: 10.1093/gbe/evx050.
10
Genomic Structural Variations Within Five Continental Populations of .五个大陆群体中的基因组结构变异。 (原文不完整,此为根据现有内容的完整译文)
G3 (Bethesda). 2018 Oct 3;8(10):3247-3253. doi: 10.1534/g3.118.200631.

引用本文的文献

1
Ultra-sensitive detection of transposon insertions across multiple families by transposable element display sequencing.通过转座元件展示测序对多个家族中转座子插入进行超灵敏检测。
Genome Biol. 2025 Mar 6;26(1):48. doi: 10.1186/s13059-025-03512-x.
2
Comprehensive Functional Analysis of the Enterococcus faecalis Core Genome Using an Ordered, Sequence-Defined Collection of Insertional Mutations in Strain OG1RF.利用OG1RF菌株中有序的、序列定义的插入突变文库对粪肠球菌核心基因组进行综合功能分析。
mSystems. 2018 Sep 11;3(5). doi: 10.1128/mSystems.00062-18. eCollection 2018 Sep-Oct.

本文引用的文献

1
Modular use of peripheral input channels tunes motion-detecting circuitry.外周输入通道的模块化使用调整运动检测电路。
Neuron. 2013 Jul 10;79(1):111-27. doi: 10.1016/j.neuron.2013.04.029.
2
Transposable elements as tools for reshaping the genome: it is a huge world after all!转座元件作为重塑基因组的工具:毕竟这是一个广阔的世界!
Methods Mol Biol. 2012;859:1-28. doi: 10.1007/978-1-61779-603-6_1.
3
Advances in bacterial transcriptome and transposon insertion-site profiling using second-generation sequencing.利用第二代测序技术研究细菌转录组和转座子插入位点的进展。
Trends Biotechnol. 2011 Nov;29(11):586-94. doi: 10.1016/j.tibtech.2011.06.004. Epub 2011 Jul 20.
4
The Drosophila gene disruption project: progress using transposons with distinctive site specificities.果蝇基因敲除项目:利用具有独特位点特异性的转座子取得的进展。
Genetics. 2011 Jul;188(3):731-43. doi: 10.1534/genetics.111.126995. Epub 2011 Apr 21.
5
A versatile in vivo system for directed dissection of gene expression patterns.一种用于定向解析基因表达模式的多功能体内系统。
Nat Methods. 2011 Mar;8(3):231-7. doi: 10.1038/nmeth.1561.
6
Natural mutagenesis of human genomes by endogenous retrotransposons.内源性逆转录转座子对人类基因组的自然突变。
Cell. 2010 Jun 25;141(7):1253-61. doi: 10.1016/j.cell.2010.05.020.
7
Illumina sequencing library preparation for highly multiplexed target capture and sequencing.用于高度多重目标捕获和测序的Illumina测序文库制备。
Cold Spring Harb Protoc. 2010 Jun;2010(6):pdb.prot5448. doi: 10.1101/pdb.prot5448.
8
Splinkerette PCR for mapping transposable elements in Drosophila.利用 Splinkerette PCR 技术绘制果蝇中转座元件的图谱
PLoS One. 2010 Apr 13;5(4):e10168. doi: 10.1371/journal.pone.0010168.
9
Identifying genetic determinants needed to establish a human gut symbiont in its habitat.确定在其栖息地建立人类肠道共生体所需的遗传决定因素。
Cell Host Microbe. 2009 Sep 17;6(3):279-89. doi: 10.1016/j.chom.2009.08.003.
10
A high-throughput splinkerette-PCR method for the isolation and sequencing of retroviral insertion sites.一种用于分离和测序逆转录病毒插入位点的高通量连接子介导PCR方法。
Nat Protoc. 2009;4(5):789-98. doi: 10.1038/nprot.2009.64. Epub 2009 Apr 30.