• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

一个都不落下的启动子（NPLB）：从全基因组转录起始位点学习全新的启动子结构。

No Promoter Left Behind (NPLB): learn de novo promoter architectures from genome-wide transcription start sites.

作者信息

Mitra Sneha, Narlikar Leelavati

机构信息

Chemical Engineering Division, CSIR-National Chemical Laboratory, Pune 411008, India.

出版信息

Bioinformatics. 2016 Mar 1;32(5):779-81. doi: 10.1093/bioinformatics/btv645. Epub 2015 Nov 2.

DOI:10.1093/bioinformatics/btv645
PMID:26530723
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4795619/
Abstract

UNLABELLED

Promoters have diverse regulatory architectures and thus activate genes differently. For example, some have a TATA-box, many others do not. Even the ones with it can differ in its position relative to the transcription start site (TSS). No Promoter Left Behind (NPLB) is an efficient, organism-independent method for characterizing such diverse architectures directly from experimentally identified genome-wide TSSs, without relying on known promoter elements. As a test case, we show its application in identifying novel architectures in the fly genome.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

Web-server at http://nplb.ncl.res.in Standalone also at https://github.com/computationalBiology/NPLB/ (Mac OSX/Linux).

CONTACT

l.narlikar@ncl.res.in

SUPPLEMENTARY INFORMATION

Supplementary data are available at Bioinformatics online.

摘要

未标注

启动子具有多样的调控结构，因此以不同方式激活基因。例如，有些启动子有TATA框，而许多其他启动子则没有。即使是有TATA框的启动子，其相对于转录起始位点（TSS）的位置也可能不同。“一个都不能少”（NPLB）是一种高效的、不依赖生物体的方法，可直接从实验确定的全基因组TSS中表征这种多样的结构，而无需依赖已知的启动子元件。作为一个测试案例，我们展示了它在鉴定果蝇基因组中新型结构方面的应用。

可用性与实现方式

网页服务器位于http://nplb.ncl.res.in 独立版本也可在https://github.com/computationalBiology/NPLB/ （适用于Mac OSX/Linux）获取。

联系方式

l.narlikar@ncl.res.in

补充信息

补充数据可在《生物信息学》在线获取。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/fb1f/4795619/6475be12b501/btv645f1p.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/fb1f/4795619/6475be12b501/btv645f1p.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/fb1f/4795619/6475be12b501/btv645f1p.jpg

相似文献

1
No Promoter Left Behind (NPLB): learn de novo promoter architectures from genome-wide transcription start sites.一个都不落下的启动子（NPLB）：从全基因组转录起始位点学习全新的启动子结构。
Bioinformatics. 2016 Mar 1;32(5):779-81. doi: 10.1093/bioinformatics/btv645. Epub 2015 Nov 2.
2
Multiple novel promoter-architectures revealed by decoding the hidden heterogeneity within the genome.通过解码基因组内隐藏的异质性揭示了多种新型启动子结构。
Nucleic Acids Res. 2014 Nov 10;42(20):12388-403. doi: 10.1093/nar/gku924. Epub 2014 Oct 17.
3
iPromoter-Seqvec: identifying promoters using bidirectional long short-term memory and sequence-embedded features.iPromoter-Seqvec：使用双向长短时记忆和序列嵌入特征识别启动子。
BMC Genomics. 2022 Oct 3;23(Suppl 5):681. doi: 10.1186/s12864-022-08829-6.
4
Distinct core promoter codes drive transcription initiation at key developmental transitions in a marine chordate.独特的核心启动子代码在海洋脊索动物的关键发育转变中驱动转录起始。
BMC Genomics. 2018 Feb 26;19(1):164. doi: 10.1186/s12864-018-4504-5.
5
Genome-wide identification and characterization of transcription start sites and promoters in the tunicate Ciona intestinalis.海鞘肠道中转录起始位点和启动子的全基因组鉴定与表征
Genome Res. 2016 Jan;26(1):140-50. doi: 10.1101/gr.184648.114. Epub 2015 Dec 14.
6
Genome-wide transcription start site mapping of Bradyrhizobium japonicum grown free-living or in symbiosis - a rich resource to identify new transcripts, proteins and to study gene regulation.日本慢生根瘤菌在自由生活或共生状态下的全基因组转录起始位点定位——这是鉴定新转录本、蛋白质以及研究基因调控的丰富资源。
BMC Genomics. 2016 Apr 23;17:302. doi: 10.1186/s12864-016-2602-9.
7
Using RAMPAGE to Identify and Annotate Promoters in Insect Genomes.利用RAMPAGE鉴定和注释昆虫基因组中的启动子。
Methods Mol Biol. 2019;1858:99-116. doi: 10.1007/978-1-4939-8775-7_9.
8
Genome-Wide Prediction of Transcription Start Sites in Conifers.全基因组预测针叶树转录起始位点。
Int J Mol Sci. 2022 Feb 3;23(3):1735. doi: 10.3390/ijms23031735.
9
Transcriptional and structural impact of TATA-initiation site spacing in mammalian core promoters.TATA起始位点间距对哺乳动物核心启动子的转录和结构影响
Genome Biol. 2006;7(8):R78. doi: 10.1186/gb-2006-7-8-R78. Epub 2006 Aug 17.
10
TSS seq based core promoter architecture in blood feeding Tsetse fly (Glossina morsitans morsitans) vector of Trypanosomiasis.基于TSS序列的采采蝇（冈比亚采采蝇）核心启动子结构，采采蝇是锥虫病的传播媒介。
BMC Genomics. 2015 Sep 22;16(1):722. doi: 10.1186/s12864-015-1921-6.

引用本文的文献

1
Identifying promoter sequence architectures via a chunking-based algorithm using non-negative matrix factorisation.通过基于分块的算法和非负矩阵分解来识别启动子序列结构。
PLoS Comput Biol. 2023 Nov 20;19(11):e1011491. doi: 10.1371/journal.pcbi.1011491. eCollection 2023 Nov.
2
Disentangling transcription factor binding site complexity.解析转录因子结合位点的复杂性。
Nucleic Acids Res. 2018 Nov 16;46(20):e121. doi: 10.1093/nar/gky683.
3
THiCweed: fast, sensitive detection of sequence features by clustering big datasets.THiCweed：通过对大数据集进行聚类实现快速、灵敏的序列特征检测。

本文引用的文献

1
Multiple novel promoter-architectures revealed by decoding the hidden heterogeneity within the genome.通过解码基因组内隐藏的异质性揭示了多种新型启动子结构。
Nucleic Acids Res. 2014 Nov 10;42(20):12388-403. doi: 10.1093/nar/gku924. Epub 2014 Oct 17.
2
Comparative validation of the D. melanogaster modENCODE transcriptome annotation.黑腹果蝇modENCODE转录组注释的比较验证。
Genome Res. 2014 Jul;24(7):1209-23. doi: 10.1101/gr.159384.113.
3
The UCSC Genome Browser database: 2014 update.UCSC 基因组浏览器数据库：2014 年更新。
Nucleic Acids Res. 2018 Mar 16;46(5):e29. doi: 10.1093/nar/gkx1251.
Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D764-70. doi: 10.1093/nar/gkt1168. Epub 2013 Nov 21.
4
The TCT motif, a key component of an RNA polymerase II transcription system for the translational machinery.TCT 基序，翻译机器中转录系统中 RNA 聚合酶 II 的关键组件。
Genes Dev. 2010 Sep 15;24(18):2013-8. doi: 10.1101/gad.1951110. Epub 2010 Aug 27.
5
A paired-end sequencing strategy to map the complex landscape of transcription initiation.一种用于绘制转录起始复杂景观的配对末端测序策略。
Nat Methods. 2010 Jul;7(7):521-7. doi: 10.1038/nmeth.1464. Epub 2010 May 23.
6
Promoting developmental transcription.促进发育转录。
Development. 2010 Jan;137(1):15-26. doi: 10.1242/dev.035493.
7
Computational methods for the detection of cis-regulatory modules.用于检测顺式调控模块的计算方法。
Brief Bioinform. 2009 Sep;10(5):509-24. doi: 10.1093/bib/bbp025. Epub 2009 Jun 4.
8
The RNA polymerase II core promoter - the gateway to transcription.RNA聚合酶II核心启动子——转录的门户。
Curr Opin Cell Biol. 2008 Jun;20(3):253-9. doi: 10.1016/j.ceb.2008.03.003. Epub 2008 Apr 22.
9
DAVID Bioinformatics Resources: expanded annotation database and novel algorithms to better extract biology from large gene lists.DAVID生物信息学资源：扩展注释数据库和新颖算法，以便从大型基因列表中更好地提取生物学信息。
Nucleic Acids Res. 2007 Jul;35(Web Server issue):W169-75. doi: 10.1093/nar/gkm415. Epub 2007 Jun 18.
10
WebLogo: a sequence logo generator.WebLogo：一个序列图生成器。
Genome Res. 2004 Jun;14(6):1188-90. doi: 10.1101/gr.849004.