系统发育骨架：用于系统发育基因组学的分类群选择、数据检索和标记识别
phyloSkeleton: taxon selection, data retrieval and marker identification for phylogenomics.
作者信息
Guy Lionel
出版信息
Bioinformatics. 2017 Apr 15;33(8):1230-1232. doi: 10.1093/bioinformatics/btw824.
Abstract
SUMMARY
With the wealth of available genome sequences, a difficult and tedious part of inferring phylogenomic trees is now to select genomes with an appropriate taxon density in the different parts of the tree. The package described here offers tools to easily select the most representative organisms, following a set of simple rules based on taxonomy and assembly quality, to retrieve the genomes from public databases (NCBI, JGI), to annotate them if necessary, to identify given markers in these, and to prepare files for multiple sequence alignment.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION
phyloSkeleton is a Perl module and is freely available under GPLv3 at https://bitbucket.org/lionelguy/phyloskeleton/ .
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摘要
摘要
随着可用基因组序列的丰富，推断系统发育基因组树的一个困难且繁琐的部分现在是在树的不同部分选择具有适当分类群密度的基因组。这里描述的软件包提供了工具，可根据基于分类学和组装质量的一组简单规则轻松选择最具代表性的生物体，从公共数据库（NCBI、JGI）检索基因组，必要时对其进行注释，在这些基因组中识别给定的标记，并为多序列比对准备文件。
可用性和实现方式
phyloSkeleton是一个Perl模块，可在https://bitbucket.org/lionelguy/phyloskeleton/上根据GPLv3免费获取。
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